Em 11 de junho de 1865 travou-se no rio Paraná a batalha do Riachuelo, em que a esquadra brasileira, comandada por Francisco Manuel Barroso da Silva, futuro barão do Amazonas, aniquilou a paraguaia, comandada por Pedro Inacio Meza. A vitória do Riachuelo teve notável influência nos rumos da guerra: impediu a invasão da província argentina de Entre Ríos e cortou a marcha, até então triunfante, de López. Desse momento até a derrota final, o Paraguai teve de recorrer à guerra defensiva.

Quase ao mesmo tempo, as tropas imperiais repeliam o Exército paraguaio que invadira o Rio Grande do Sul. Os paraguaios, sob o comando do tenente-coronel Antonio de la Cruz Estigarribia, haviam atravessado o rio Uruguai e ocupado sucessivamente, de junho a agosto, as povoações de São Borja, Itaqui e Uruguaiana. Outra coluna, que, sob as ordens do major Pedro Duarte, pretendia chegar ao Uruguai, foi detida por Flores, em 17 de agosto, na batalha de Jataí.