A história do Santo André, está estreitamente ligada à colonização da Capital Paulista. Após a descoberta do Brasil, numerosas foram as expedições aqui enviadas, vindas de Portugal e Espanha, entre elas a que trouxe João Ramalho
Estabelecido no planalto, entre 1500 e 1510, João Ramalho casou-se com uma filha do Cacique Tibiriçá, chefe dos Guaianases: Bartira.
Honrado e respeitado por portugueses e gentios, vivendo entre numerosa escravaria, em pouco tempo se tornou grande potentado.
Quando Martim Afonso de Souza, iniciou a colonização de São Vicente, em 1532, já encontrou João Ramalho que foi ao litoral para recebe-lo, acompanhado dos primeiros mamelucos.
Fundada São Vicente, Martim Afonso de Souza transpôs a Serra  para oficializar o povoado do Santo André da Borda do Campo,  que por sua posição geográfica teria papel predominante no desenvolvimento do território paulista. Nomeou então João Ramalho Capitão Mor dos Campos de Piratininga.
Decorridos cerca do vinte anos, Tomé de Souza, primeiro governador geral do Brasil, visitou São Vicente, acompanhado do padre  Manoel do Nóbrega, primeiro provincial da Companhia do Jesus no Brasil. Palmilha serra acima o caminho antes percorrido por Martim Afonso do Souza e encontra na orla do Campo do Piratininga a povoação fundada sob a invocação de Santo André.
Para suportar Os constantes ataques dos selvagens das margens do Paraíba, João Ramalho já havia construído, à sua custa muros defensivos. Levantara Paço Municipal, bem como a primeira ermida dedicada a Santo André, em 1550.
A esse primeiro núcleo de civilização, Tomé de Souza outorgou o predicamento de vila, instalando-se a primeira Câmara Municipal a 8 de abril de 1553.
A esta época, precária era a situação do Colégio Vicentino. Nóbrega resolveu fundar outro colégio, no Campo de Piratininga e a 29 de agosto de 1553, escolheu o local da instalação do colégio no planalto: o chamado pátio do colégio, onde se reuniram os primeiros cinquenta catecúmenos para serem doutrinados.
Padre Manoel de Paiva celebrou a missa inaugural a 25 de janeiro de 1554.
Em começos de fevereiro chegou o Padre Anchieta, a quem Nóbrega confiou a incumbência de ser seu secretário.
O fundador do Colégio de Piratininga, depois de decorridos quatro anos, verificou que, apesar de uma assistência permanente, não conseguia fazê-lo sobreviver pois os índios eram "andejos, irrequietos e instáveis". Verificou-se então a necessidade de trazer os portugueses de Santo André para junto do estabelecimento.
Por outro lado os ataques dos tamoios aos habitantes de Santo André também vinham sendo mais constante, o que também aconselhava essa mudança.
Para que a colonização portuguesa e a catequese não fossem destruídas, urgia mudar o Município de Santo André para junto do Colégio. Padre Nóbrega conversou então com João Ramalho à respeito sobre esta perspectiva.
Padre Nóbrega foi a Bahia logo a seguir e de lá regressou, em 1560, com Mem de Sá, terceiro Governador Geral do Brasil. Em Santo André, a primeira autoridade do Brasil, o primeiro Provincial da Companhia de Jesus e a primeira autoridade civil do planalto resolveram a mudança da Câmara  Municipal de Santo André da Borda do Campo e sua população para junto do Páteo do Colégio, onde foi levantado o Pelourinho Andreense.
Durante muitos anos permaneceu Santo André em completo abandono. Mas os itinerantes que faziam a jornada através da estrada do mar, sob a orientação do paulista Antônio Pires Santiago, edificaram a 2 de dezembro de 1735, em território de Piratininga, uma pequena capela sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição, onde faziam suas paradas e orações.
Ao redor da capela começaram a se concentrar numerosos habitantes e já em dezembro de 1805 a capela era elevada a curato.
Em 23 de dezembro de 1812 o Marquês de Alegrete elevou a localidade à categoria de freguesia, dando-lhe o nome de São Bernardo, nome da fazenda ali existente. O município de São Bernardo nasceu nas proximidades do próprio local da antiga Vila de Santo André da Borda do Campo, extinta em 1560.
Com a passagem da São Paulo Raiway (Estrada de ferro ligando Santos à Jundiaí, construída em meados do século XIX), a localidade tomou impulso, vindo a ser procurada por novos moradores. Em 1889 surgia o município, com sede em São Bernardo e os distritos de Santo André, São Caetano do Sul, Ribeirão Pires e Paranapiacaba. Destes distritos o que mais prosperou foi Santo André.
Em 1938 a sede Municipal foi transferida para o distrito de Santo André em virtude de estarem aí instaladas as repartições publicas bem como as maiores industrias do Município, além de grande densidade demográfica. O Município passou então a chamar-se Santo André, ficando São Bernardo reduzido à condição de distrito de Paz.
Três foram os fatores que contribuíram para que Santo André enveredasse pelo caminho do progresso, atingindo altos índices econômicos: a vinda de imigrantes, a Estrada de Ferro e a construção da represa Billings.
A passagem do leito da velha São Paulo Railway, despertou de largo sono a região desbravada por João Ramalho. Próximo às paradas dos trens foram sendo construídas residências e instaladas algumas casas comerciais, dando origem a inúmeros núcleos populacionais. A parada denominada de São Bernardo desenvolvia-se como centro da região, conhecida como Bairro da Estação, mais tarde, distrito de Santo André.
No ano de 1889 o município contava com área de 850 quilômetros quadrados e uma população de 10.124 habitantes, que se dedicavam à agricultura, exploração de carvão e lenha além das poucas olarias da localidade e pequenas oficinas de consertos de carros e carroças de transporte das mercadorias aí produzidas.
A contribuição da estrada de ferro, que ligava a capital ao porto de Santos, no período áureo do ciclo cafeeiro, adicionado outro fator importante, a construção da represa Billings, que produzindo energia elétrica permite a instalação de industrias na região, foram, portanto, cruciais para o desenvolvimento de Santo André.
Com a energia elétrica vieram as indústrias. Em 1897 foi fundada a Cia. Streiff, grande fábrica de cadeiras e pequenos móveis. Em 1898 a firma Bergman, Kowarick e Cia. fundam e constroem a fábrica de casimiras ao lado da Estação de Santo André, e assim outras grandes empresas foram se instalando. Em 1907 a Casa Publicadora Brasileira, em 1908, Fiação e tecelagem Santo André, em 1920, Rhodia, Industrias Químicas e Têxteis, em 1923    Pirelli S.A. , em  1924, Atlantis do Brasil, em 1936, Laminação Nacional de Metais, em 1938, Swift-Armour S.A. em 1939, Firestone, em 1940, Companhia Brasileira de Cartuchos, isto para citar os grandes nomes... Até o final da década de 1960 esse crescimento não arrefeceu.
A população local era insuficiente para a necessidade de mão de obra de tantas empresas, vieram então as grandes migrações, de Minas Gerais e do nordeste e já na década de 1950 a população beira a 100.000 habitantes.
Atualmente Santo André conta com cerca de 1.000.000 de habitantes.
 
 
 

São Bernardo do Campo em 30 de novembro de 1944.
São Caetano do Sul, em 24 de dezembro 1948.
Mauá e Ribeirão Pires em 30 de dezembro de 1953.
Em 1967, parte do Subdstrito de Utinga (Vila Prosperidade) foi anexada ao município de São Caetano do Sul.
A área atual do município reduziu-se atualmente, em virtude dos desmembramentos à 180 quilômetros quadrados.
 
                   

Com letra do Professor José Amaral Wagner e música do Senhor Luiz Carlos da Fonseca e Castro, foi o Hino a Santo André oficializado pela Lei Municipal número 541, de 16 de fevereiro de 1950, com os seguintes versos:
 

Santo André, livre terra querida,
Forja ardente de amor e trabalho,
Em teu solo semeias a vida,
Em teus lares ha pão e agasalho.

Estribilho
Salve, salve, torrão Andreense
Gigantesco viveiro industrial!
Teu formoso destino pertence
Aos que lutam por um ideal!

Três figuras de heróis bandeirantes
Isabel, 0 Cacique e 0 Reinol
Constituíram Os troncos gigantes
Das famílias paulistas de escol.

Estribilho
Salve, Salve, torrão Andreense etc.

Se tu foste, no início, um castigo
Hoje es benção dos céus sobre nos.
Santo André , 0 teu nome bendigo,
Berço e tumba de nossos avós.

Estribilho
Salve, Salve, torrão Andreense etc.

Eia, pois, a caminho da glória,
Santo André  do herói quinhentista!
Tu serás para sempre na história
Marco zero da história Paulista!

Estribilho
Salve, Salve, torrão Andreense etc.