El conjunto del área se halla ubicado en el anticlinal de Arcabuco, serranía que tiene un curso nordeste-suroeste, al este de Villa de Leiva y sur de Arcabuco.
 

La importancia del Santuario radica en que, por hallarse concentrado en la cordillera Oriental, posee una biota rica estimulada por las abundantes corrientes de agua que surten los acueductos de Sáchica, San Pedro de Iguaque, Santa Sofia, Gachantivá y Arcabuco.

El anticlinal de Arcabuco registra dos sectores: el septentrional y el meridional. El primero presenta elevaciones superiores a los 3.800 m dando amparo a lagunas de origen glacial como la de Cazadera, Empedrada, El Monte, Ojo de Agua e Iguaque, que forman parte de la cuenca del río Suárez.

Esta última es la más grande de todas, pero se puede abarcar en toda su extensión utilizando las laderas como miradores. Está regida por una temperatura de 7 grados centígrados. Para los Muiscas llegar a la laguna de Iguaque era un rito religioso, un ascenso místico, un deber sagrado con que tributaban a Bachué, diosa de la fecundidad y madre de la Humanidad.

En este aspecto, el paisaje, los espacios y los panoramas parecen haber perpetuado el sentido sublime e inefable que le atribuyó aquella nación precolombina y que los misioneros españoles rebautizaron con el nombre de San Pedro de Iguaque para "catolizar" este rito Muisca.
 

El Santuario presenta cuatro biomasas:

1. Pastizales y frutícetos litoquersófitos. Que ocupa fundamentalmente las laderas de la porción meridional de la serranía. Los fruticetos incluyen arbustos y arbolitos de hayuclo, gaque, pegamosco y arbustos y subarbustos de jarifia.

2. Bosques húmedos de piso térmico frío. Se trata de bosques nublados presentes en las laderas interiores de la porción norte de la serranía. Robles con un dosel de 25 m. asociados a diversas comunidades de epífitas.

3. Sub-páramo. Constituido por bosques y matorrales de pequeño porte con predominio del tobo (Escallonia myrtilloides).

4. Páramo. Pajonal con frailejones y mortiño.
 

Incluye especies de murciélagos frugívoros (Artibeus lituratus, Sturnina erythromus y Vampyrops sp.), micos nocturnos (Aotus lemurinus), conejos de monte (Sylvilagus brasiliensis),  ardillas (Microsciuruspucherani y Sciurus granatensis), ratones silvestres (Sigmodon hispidus y Thomasomys laniger),  curíes (Cavia porcellus), zorro perruno (Cerdocyom thos), zorro gatuno ( Urocyon cinereoargenteus),  tigrillo (Felis ti ,grina), venado soche (Mazama rufina) y venado de páramo (Odocoileus virginianus).

La diversidad de la avifauna convoca la presencia de por lo menos 30 especies, entre las que se destacan: palomas (Zenaida auriculata), tiránida (Muscisaxicola maculirostris), la hanerita (Eremophila alp), alondras (Anthus bogotensis), chirlobirlos y jaquecos (Sturnolla magna),  chisgas (Carduelis spinescens), pavas guacharacas (Penelope monta ,gni),  yátaros (Aulacorhyncbus prasinus),  carpinteros (Piculus tivolii) y Azulejos (Thraupis spp.), entre otras especies.