Tokyo, 1879. Ein Wanderer mit Namen Himura Kenshin kommt in die Stadt. Eine X-förmige Narbe auf der linken Wange und ein Schwert sind alles, was er bei sich trägt.

Er begegnet einem jungen Mädchen, Kamiya Kaoru, der stellvertretenden Lehrerin der Kamiya Kasshin Kenjutsu Schule. Seit dem Tod ihres Vaters, dem Meister, führt sie diese Schule allein. Zwei Ganoven versuchen ihr das Anwesen zu stehlen, doch Kenshin kann sie in letzter Sekunde retten. Er wollte seine Reise schon fortsetzen, als Kaoru ihn aus Dankbarkeit bittet, zu bleiben.
Während seines Aufenthaltes gewinnt Kenshin die Freundschaft des 10jahrigen Yahikos und des Straßenkämpfers Sagara Sanosuke.

Doch Kenshins Vergangenheit lässt ihn nicht ruhen. Vor der Meiji Ära war Kenshin ein großer Samurai, er war Hitokiri Battousai. Er hat viele Kämpfe bestritten und viel Blut vergossen, doch in dem Jahr, in dem die Reformisten die Oberhand über das Bakufu gewannen, verschwand er. Während seine Kameraden reiche und mächtige Mitglieder der Meiji Regierung wurden, wurde aus dem Hitokiri Battousai der Rurouni Himura Kenshin, ein Streuner. Er schwor, niemals wieder zu töten. Seit dieser Zeit trägt er eine Katana, an der die stumpfe und geschliffene Seite vertauscht sind. Mit ihr kann er kämpfen, ohne jemanden zu töten.

Leute und Erinnerungen aus der Vergangenheit suchen Kenshin von Zeit zu Zeit heim. Attentäter, Kampfkunstmeister, Feinde aus dem Bakufu, Oniwabanshuu, die Polizei und die Meiji Regierung sind wegen verschiedener Gründe hinter Kenshin her. Einige wollen ihn töten, andere möchten ihn an ihre Seite holen. Doch erst als der letzte der drei großen Führer der Restauration ermordet wird, entscheidet sich Kenshin, Tokyo zu verlassen und nach Kyoto zu reisen. Die Sicherheit der Nation steht auf dem Spiel und Kenshin will sich nicht seiner Verantwortung entziehen. Shishio Makoto und seine Leute setzen alles daran, um den Weg in die neue Zeit zu beenden und nur Kenshin kann sie stoppen.