Filosofian ja fenomenologisen tutkimuksen seuran perustivat viisi Turun yliopiston opettajaa, jotka olivat kuusikymmentäluvun alussa alkaneet kokoontua lukukausien aikana lähes viikottain silloisen filosofian professori Sven Krohnin kotona. Tapaamisten ohjelmaan kuului tunnin mittainen esitelmä, josta keskusteltiin usein puoleenyöhön kahvipöydän ääressä. Seuran perustamisasiakirjan allekirjoittivat marraskuun 21. päivänä 1962 Sven Krohnin lisäksi roomalaisen oikeuden professori Karl Otto Brusiin, suomalaisugrilaisten kielten professori Paavo Rudolf Siro, yleisen kirjallisuuden professori Eino Leopold Krohn ja filosofian assistentti, lisensiaatti Lauri Olavi Routila.

Seura merkittiin yhdistysrekisteriin helmikuussa 1963.Toiminnan alkuaikoina puheenjohtajana toimi professori Sven Krohn ja sihteerinä filosofian assistentti Lauri Routila. Vielä kuusikymmentäluvun lopullakin jäsenet kokoontuivat kodikkaisiin keskustelutilaisuuksiin alkuaikojen tapaan. Mukaan oli tullut myös varttuneempia opiskelijoita, kuten Matti Juntunen, Lauri Mehtonen, Sirpa Rossi, Tuomas Tolonen ja Arto Siitonen. Usein esitelmöitsijäksi saatiin filosofian laitoksella vieraileva koti- tai ulkomainen luennoitsija. Näin Seuraan tutustuivat esimerkiksi professorit C.D. Broad, Karl-Otto Apel, Jürgen Habermas, Hans Joachim Krämer, Albert Menne, Wilhelm Weisschedel, Harold Osborne sekä Yrjö Reenpää, Raili Kauppi ja Uuno Saarnio. Vuosikymmen vaihtuessa jäsenmäärä oli kuitenkin jo kasvanut niin suureksi, että kokouksia ruvettiin järjestämään yliopiston tiloissa. Kun seuran aktiivisimmat jäsenet siirtyivät vuoden 1973 jälkeen Turusta muihin yliopistokaupunkeihin, toiminta painottui intiimeistä keskustelupiireistä tutkijatapaamisiin, joista vähitellen kehittyi kaksi kertaa vuodessa pidettävät syys- ja kevätsymposiumit. Seuran puheenjohtajana on toiminut vuodesta 1973 professori Lauri Olavi Routila, sihteerinä lehtori Tuomas Tolonen. Vuodesta 1998 seuran varapuheenjohtajaksi tuli yliopistonlehtori, yhteiskuntatieteiden tohtori Sirkkaliisa Usvamaa-Routila.

Seuran toimintaa sävytti alun alkaenkin jäsenten tieteellinen suuntautuneisuus filosofiaan ja metodologiaan, jota kuusikymmentäluvulla kutsuttiin usein kontinentaaliseksi ja joka koettiin yleisesti vastakohtana maassamme vallinneille "positivismille" ja "analyyttiselle filosofialle". Jo kuusikymmentäluvulla Seura pyrki synnyttämään yhteistyötä filosofian kaikkien suuntien välille, mikä ilmenikin pian yliopistojenvälisten tutkijatapaamisten yleistymisenä ja yhteistyönä Suomen filosofisen yhdistyksen kanssa. Yhteistyöstä kertoi myös Jaakko Hintikan ja Lauri Routilan yhdessä toimittama, 1970 ilmestynyt Filosofian tila ja tulevaisuus.

1970 -luvun alkupuolella fenomenologian ja analyyttisen filosofian vastakohta-asetelma oli tullut Suomessa laajalti tunnetuksi ja aihetta käsiteltiin myös useiden kesäyliopistojen yhteyteen rakennetuissa kongresseissa. Vaasan kesässä analyyttisen filosofian maailmankuulu grand old man professori Alfred Ayer ja fenomenologisen seuran nuori puheenjohtaja esittelivät yleisölle ja toisilleen sekä ajatustensa vastakohtia että yllättävästi yhteisiäkin puolia. Vaasa 15.6.1970

Seitsemänkymmentäluvulta alkaen seura kehitti kansanvälistä yhteistyötä eri maiden, varsinkin Saksan Liittotasavallan, Italian, Ranskan ja Englannin yliopistoissa toimivien fenomenologisesti suuntautuneiden tutkijoiden kanssa. Monet seuran jäsenet tulivatkin tunnetuiksi fenomenologeina. Esimerkiksi Lauri Routila toimi Interuniversity Centren opettajana Dubrovnikissa ja kutsuttiin 1978 Hampurin yliopiston professoriksi opetusalanaan fenomenologinen filosofia. Matti Juntunen teki tutkimusta Louvainin fenomenologisessa arkistossa ja professori Lauri Rauhala kehitteli ansiokasta psykoanalyysin teoriaansa. Esa Itkonen ja Veli Verronen saivat mainetta seuran julkaisusarjassa ilmestyneillä metodologiaa ja tieteenteoriaa käsitelleillä väitöskirjoillaan. Kahdeksankymmentäluvulla seuran toiminta keskittyi Jyväskylän yliopistoon puheenjohtajan tultua nimitetyksi taidekasvatuksen laitoksen professoriksi ja esimieheksi. Samalla seura sai uusia voimia taiteentutkimuksen piiristä. Seuran varapuheenjohtaja Sirkkaliisa Usvamaa-Routila on taidekasvatuksen laitoksen lehtori, jonka opetusalana oli erityisesti Design Philosophy ja sen historia.

Julkaisutoimintaa seuralla on ollut vuodesta 1970, jolloin perustettiin monografiasarja Studia philosophica Turkuensia ja seuran jäsenten pienimuotoisia kirjoituksia varten Opuscula philosophica Turkuensia.Vuodesta 1998 alkaen sarjoja jatkavat Studia Philosophica Fennica ja Occasional Paper Series of the Finnish Society for Phenomenological Research.

1990-luvun aikana tärkein tapahtuma seuran toiminnassa oli tutkijakoulun perustaminen. Siihen osallistuu kymmenkunta väitöskirjatyötään tekevää tutkijaa filosofian, taiteentutkimuksen ja yhteiskuntatieteiden piiristä. Puheenjohtajan johdolla on toiminut vuodesta 1999 alkaen kansainvälinen tutkimushanke Philosophie der Poiesis / Versuche einer phänomenologischen Philosophie der Produktion, joka on kokoontunut joka toinen kuukausi internetin välityksellä verkkoseminaariin.

Fenomenologinen seura on tieteellinen erityisseura, jonka jäseniä yhdistää tieteellistä formalismia arvosteleva, sisältöjä korostava filosofinen ja metodologinen perinne. Tieteellisestä yleisseurasta se poikkeaa tämän piirteensä vuoksi.