Da uno zibaldone conservato alla Biblioteca Riccardiana di Firenze sappiamo che la cerimonia per la posa della sua prima pietra avvenne nel 1303. Nel primo catasto della repubblica fiorentina (1427) tra le altre propriet� di Niccol� del Palagio vi � uno spedale con cappella intitolato a S. Giovanni Decollato in luogo detto Pian del Mugnone, nella canonica di Fiesole. Lo stesso Niccol� vi mantiene il rettore per celebrarvi le Messe festive, nonostante che dell'edificio non paghi gravezza dato il suo stato fatiscente. Circa 25 anni dopo (1447) da un altro catasto vediamo che donna Lodovica e Guido, vedova e figlio di Benedetto del Palagio, impegnano la rendita del loro albergo nel borgo di Mugnone e di due poderi posti a Magognano (Mugello) per edificare la nuova chiesa, �sopra strada�, poco distante dalla precedente, ancora dedicata a S. Giovanni Decollato.Con ogni probabilit�, � in occasione di questa nuova costruzione che i Del Palagio inseriscono il famoso trittico di Mariotto di Nardo datato 1398. Dalla visita pastorale del vescovo di Fiesole Camaiani (1565) apprendiamo che anche la nuova chiesa non � esente da avversit�; gi� dal secolo precedente, i suoi fondatori e protettori, di origine ghibellina e avversari dei Medici, si trovarono in gravi difficolt�, tanto che molti di loro, avevano dovuto lasciare Firenze.
Camaiani, nel verbale compilato nell'occasione della visita afferma che davanti al detto oratorio non ha trovato nessuno ad accoglierlo, nemmeno il rettore Stefano Bozzolini.
L'edificio risulta chiuso e senza chiave con crepe alle pareti e spiraculi sul tetto, (...) l'altare disordinato.Tuttavia Camaiani non tralascia di pregare essendo col� indizi che la chiesa un tempo fosse stata parrocchiale.
Appena rientrato in sede, intima al rettore Bozzolini (sotto minaccia di scomunica) che entro 30 giorni a partire dalla sua visita, deve recarsi in curia munito di lettera e "bolla" di investitura ricevuta a suo tempo come titolare dell'oratorio. Dovr� poi dimostrare mediante apposito inventario di non aver defraudato il patrimonio affidatogli e di provvedere tempestivamente a tutte le necessarie riparazioni.
A distanza di oltre un secolo da questi fatti (1683) altre notizie dell'oratorio si trovano in una supplica scritta al vescovo di Fiesole da Giovanni Perier, erede Del Palagio. Si tratta di un obbligo che Giovanni si assume per lui ed i suoi eredi, vita natural durante, per fare celebrare la Messa nei giorni festivi dal rettore incaricato al costo di lire una a Messa.
Ancora nel 1695, i figli di Giovanni, Luigi e Pietro, scrivono di nuovo al Vescovo per pregarlo di voler spostare l'obbligo ricevuto in eredit� dal loro padre nel nuovo oratorio del Crocifisso di Fontelucente, edificato da soli 3 anni a circa un sesto di miglio di distanza da S. G. Decollato.
I fratelli Perier, giustificano la loro richiesta con la precarier� del loro oratorio; pertanto la curia ritiene opportuno inviare in data 30 agosto 1696 il maestro muratore Niccol� Paoli ad eseguire una perizia tecnica del fabbricato. L'esito della perizia � il seguente: Io maestro Niccol� Paoli muratore da Fiesole fa fede per la verit� come questo oratorio che ho visitato di S. Giovanni Decollato � in stato inabitabile et inabile a dirvi Messa stante il pericolo che minaccia rovina per essere il legname della tettoia quasi tutto fradicio, le mura squarciate e il pavimento che ne esce l'acqua come fuori. Et in fede io sopra detto mano propria. Nonostante l'esplicito giudizio tecnico, la curia prende tempo; � in atto una vera gara tra le famiglie pi� in vista per ottenere una cappella all'interno dell'oratorio di Fontelucente, considerato miracoloso e venerato anche dal Granduca di Toscana. Eccone una testimonianza dello storico Gargano Gargani del 6 settembre 1692:
II granduca nostro signore and� a visitare il Crocifisso miracoloso di Fontelucente a Fiesole nel terreno dei Camaldolesi degli Angeli e nella stessa mattina ci andai ancora io.
Gli eredi Del Palagio non demordono. Luigi Perier, che � anche canonico a Fiesole, scrive di nuovo al Vescovo nel 1712:
(...) Trovandosi ancora la pietra sagrata sopra la mensa e temendosi essendo l'oratorio privo di ogni serrarne e perci� si possa fare in esso qualche indecenza da parte di passeggieri, chiedo alla S.V. di permettere di trasportare la pietra sagrata nella villa del Bargellino sopra il piano di Mugnone del sig. Domenico Manzini e porla nel suo oratorio pubblico e starci fino a quando non venisse restaurato l'oratorio di S. Giovanni Decollato.
Dando l'assenso a questa proposta il 7 giugno 1712, la curia subito precisa:fino al compimento di detto restauro.
L'attesa del restauro si protrae a lungo, con promesse e rimandi periodici ma non avverr� mai; finalmente nel 1732, i Perier riescono ad ottenere il trasferimento dell'obbligo ricevuto in eredit� all'oratorio di Fontelucente. Ne � testimone il canonico custode di Fontelucente Ferrari: La cappella intitolata a S. Giovanni D. che � nella chiesa di Fontelucente, nell'entrare a mano sinistra dov'� il quadro ossia tavola che stava nel detto oratorio di Mugnone intitolato a S. Giovanni Decollato come nella tavoletta affissa nella sacrestia di detta chiesa. Infine nell'anno 1740, i signori Del Palagio di Orvieto, rinnovano l'obbligo in perpetuo vita natural durante della famiglia a Fontelucente, stante dall'anno 1731 la rovina e demolizione di S. Giovanni Decollato in Pian del Mugnone.
