Hij trouwde twee keer:
Eerste keer met: Guurtje Pieters Spaans op 18 april 1778 te Zijpe. Jongeman onder Eenigenburg, jongedochter van Zijpe. Zij werd gedoopt op 14 december 1755 te Zijpe. Doopgetuigen waren: Arie Jansz Koij en Grietje Willemsd Spaan. Guurtje overleed op 14 oktober 1782 te Warmenhuizen. Dochter van Pieter Willemsz Spaans en Maartje Jansd Koij.
Tweede keer met: IJda Bos op 29 oktober te Harenkarspel-16 november 1783 te Nieuwe Niedorp. Zij werd gedoopt op 26 februari 1764 te Harenkarspel, peet Hester Oekes. Zij overleed op 28 juli 1824 te Kalverdijk. Dochter van Willem Cornelisz Bos en Rensje Oekes Mets.
1. Jacob Stoop, van Krabbendam werd geboren op 5 oktober 1782 te Warmenhuizen, peet Trijntje Pieters Spaans. Hij overleed op 18 november 1782 te Warmenhuizen.
Jan en IJda kregen samen:
2. Jacob Stoop werd gedoopt (RK) op 6 november 1785 te 't Veld, peet Lijsbet Willems. Hij overleed op 3 december 1860 te Harenkarspel. Hij trouwde Aafje Kaarsemaker op 2-17 februari 1805 te Harenkarspel. Zij werd gedoopt op 8 oktober 1778 te Spanbroek. Zij overleed op 15 oktober 1855 te Harenkarspel. Dochter van Jan Hendriksz Kaarsemaker en Marijtje Jacobs Schilder.
3. Maria (Maartje) Stoop werd gedoopt op 25 augustus 1788 te Harenkarspel, peet Lijsbet Willems. Zij overleed op 3 februari 1874 te Haarlem. Zij trouwde Nicolaas (Klaas) Hoogeboom op
17 februari-4 maart 1810 te Harenkarspel. Hij werd gedoopt op 24 juli 1787 te Warmenhuizen, doopgetuige Jan Volkerts. Hij overleed op 13 oktober 1859 te Haarlem. Zoon van Dirk Jansz Hoogeboom, zaadschipper, landman en Trijntje Volkerts.
Na het huwelijk veel op boelhuizen gekocht zoals huisraad waaronder een kussen voor 16 stuivers en diverse spullen.
