"Asiat, joille meillä ei ole nimeä
Kasvot, joiden ilmettä ei voi ymmärtää
Kirjoitus, jonka merkistö on tulkitsematon
Uni, josta herää uuteen uneen aina vaan
Jos olit tiennäyttäjä - näytit oudon tien
jos olit sanansaattaja - saatoit kummaa viestiä"
(CMX,"Eteläisen tähtitaivaan kartoitus")
Meyerin toivoton hirviö
Stephen C. Meyerin "The origin of biological information and the higher taxonomic categories", Proceedings of the Biological Society of Washington 117(2):213-239., 2004, arvostelu.
by:Alan Gishlick, Nick Matzke, and Wesley R. Elsberry
“Intelligent design” (ID) -kannattaja Stephen C. Meyer on kirjoittanut “review -artikkelin”,
joka sisältää monia “intelligent design” -antievoluutioargumentteja.
Artikkeli on julkaistu "Proceedings of the Biological Society of Washington":issa. Me onnittelemme että ID on viimeinkin saanut artikkelin
biologian "peer-review" -lehteen, vain 15 vuotta sen jälkeen, kun ID -oppikirja "Of Pandas and People"(1989) kohdistettiin
ID -oppikirjaksi julkisiin kouluihin. On palkitsevaa nähdä että ID -liike vihdoin yrittää kohdistaa argumenttejaan tieteellisesti relevanteissa ryhmissä,
ammattibiologien piirissä. Tämä on siis ID -rewievin alku(ei loppu)
Kenties jonain päivänä tiedeyhteisö vakuuttuu siitä että ID on vaivan arvoinen.
Vain tätä kautta - vakuuttamalla tiedeyhteisö, jossa laattatektoniikka, endosymbioosi, ja muut mullistavat tieteelliset ideat jo ovat - voi ID ansaita paikkansa koulukirjoissa. Valitettavasti ID -liike mieluummin hylkää tieteellisen review -prosessin sellaisena, kuin se oikeasti toimii, ja sen sijaan mainostaa tutkimusta kaikkalla asiana, joka todistaa ID:n tieteellisen arvon. Näin me haluamme tehdä oman osamme tarkastusprosessissa käymällä Meyerin väitteitä lävitse. Oletamme että Meyer, Discovery Instituten "Center for Science and Culture":n Program Director, joka on suurin organisaatio, joka tukee ID:tä, on asettanut paperiin parhaat todisteet, joita ID:llä on tarjota. Valitettavasti Meyerin julkaisun pohjalta näyttää että ID:n parhaat
todisteet eivät ole kovin hyviä. Emme voi arvioida joka ikistä ongelmaa, jonka Meyer on artikkelissaan tehnyt, mutta korostamme joitakin kaikista vakavimpia erehdyksiä. Nämä tarkoittavat asia- ja päättelyvirheitä. Vielä vakavammin, Meyerin paperi ohittaa tutkimuksen kannalta relevantteja ilmiöitä joita
hänen käsittelemiinsä asioihin liittyy.
Tutkimuksen pääasiat
Meyerin julkaisu odotettavasti seuraa samaa kaavaa minkä kaikki "intelligent design" -tutkumukset. Kiistetään evoluution relevanssi ja väitetään että "älykäs suunnittelu" antaa paremman selityksen. Kuitenkin kun ID:stä keskustellaan Meyerin julkaisussa, ei koskaan mainita positiivista
todistusaineistoa sille että "älykäs suunnittelija" olisi ollut läsnä, juuri kuten "intelligent design" -illä
on ollut tapana.
Ja aivan, kuten etsivä ei voi syyttää jotakuta ilman motiivia, toimintatapaa ja tilaisuutta, ID:llä ei ole mahdollisuutta tieteessä ilman jotain mallia siitä mitä tapahtui, kuinka ja miksi. Vain perustellusti kuvailtu malli voi tarjota selittävän hypoteesin, jota voidaan testata empiirisesti.
"Tuntematon älykäs suunnittelija teki jotain jossain jotenkin tuntemattomasta syystä" ei ole malli. Tämän puutteen vuoksi Meyerin julkaisu perustuu lähes täysin negatiivisille argumenteille. Hän kohdistaa huomiota Kambrikauden räjähdykseen, jota hän pitää tapahtumana jota evoluutio ei voi selittää. Meyerin mukaan Kambrikauden räjähdyksessä korkeammat taksonit nousevat yht'äkkiä, ja että nämä taksonit ovat "oikeita" eivätkä keinotekoisia ihmisten luokituksia; Ja tämä morfologinen epäsuhde johtaisi erillisiin fyleettisiin luokkiin.
Meyer väittää tämän jälkeen, että näiden luokkien syntyminen vaatisi dramaattista biologisen "informaation" kasvua, tarkemmin uusia proteiineja ja uusia geenejä (jo jotain erikoisia informaation luokkia, jotka johtavat korkeamman luokan biologiseen organisoitumiseen). Meyer väittää että
geenit/proteiinit ovat korkeasti kompleksisia ja spesifisiä, jonka vuoksi uuden geenin syntyminen evolutiivisesti olisi epäuskottavan epätodennäköistä.
Meyer lyhyesti mainitsee ja torjuu lukuisat evolutiiviset teoriat, jotka koskevat makroevoluutiota. Tämän torjumisen pohjalta Meyer väittää että ID on parempi vaihtoehtoselitys uusien taksonien nousulle kambrikauden räjähdyksessä. Hän perustelee tätä analogioilla luonnon "designin" ja ihmissuunnittelijoiden Suunnitteluun siten miten sitä normaalielämässä havainnoidaan.
Meyerin työn virheet ja puutteet ovat monet ja moninaiset - ja ne on usein asetettu toistensa päälle. Joka ikistä Meyerin työn aspektia ei voida käsitellä tässä käsittelyssä, joten olemme valinneet useita Meyerin pääväitteitä. Näiden joukossa tulemme käsittelemään Kambrikauden
räjähdystä ja sen suhdetta paleontologiaan ja systematiikkaan. Me tulemme tarkastelemaan Meyerin negatiivisia argumentteja koskien evoluutioteoriaa ja biologisen informaation syntyä geeneissä.
Laajempi kritiikki Meyerin tutkimuksesta on valmisteilla.
Leikkimistä dynamiitilla;Kambrin räjähdys
Kambrikauden räjähdys on perusaihe kaikilla antievolutionisteilla. Tähän on monta syytä;
Moni taksoni esiintyy ensimmäistä kertaa Kambrin räjähdyksessä; Aika, jonka Kambri kestää on geologisesti lyhyt;
Ja meillä on rajoitettu määrä todisteita ennen jä jälkeen Kambrikauden, jonka pohjalta voisimme tehdä analyysiä.
Ensimmäiset kaksi tekijää muotoilevat antievolutionäärisen argumentin siitä että evoluutioprosessit
olisivat kyvyttömiä tuottamaan havaitun määrän diversiteettiä havaitussa rajoitetussa ajassa.
Jälkimmäinen ongelma taas on sen tyypin ilmiö, josta antievoluutiot pitävät:
Koska ei ole tarpeeksi evidenssiä, on pseudotieteellinen "vaihtoehto" helppo rakentaa retorisia
keinoja käyttäen ja tarjota tätä kilpailevana mallina.
Meyerin lopetuskappaleessa on maininta "kokemuspohjaisesta analyysistä." Biologien
kokemus on, että jos meillä on jotain todisteita jonkin piirteen biologisesta piiristä, evoluutioteoria
on perusteoria noille ilmiöille. (Esimerkiksi paljon todisteita on vastikään saatu lintujen la lentokyvyn
evoluutiosta, katso Gishlick 2004).
Ongelmia Meyerin Kambrikauden räjähdyksen käsittelyssä
1. Meyer yrittää kehittää morfologisen evoluution laskemalla taksoneja, mikä ei ole tarkoituksenmukainen
menetelmä kun tutkitaan morfologian kehittymistä. Enemmistö paleontologeista on hylännyt taksonien laskennan
jo kauan aikaa sitten ja ovat sen sijaan siirtyneet paljon käyttökelpoisempiin tutkimusmenetelmiin Kambrin räjähdyksen käsittelyssä.
(Katso Budd & Jensen 2000). Tämä on luultavasti syy sille miksi Meyerin lainaukset tässä osiossa
viittaavat hänen omiin artikkeleihinsa (joita ei ole julkaistu relevanteissa tiedejulkaisuissa)
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu
standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa
keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien
sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana
; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004)
ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa;
katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita.
Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin.
Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa.
eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että
muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää.
Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole
säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen.
Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla
"metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia.
Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella
olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Stephen C. Meyerin "The origin of biological information and the higher taxonomic categories", Proceedings of the Biological Society of Washington 117(2):213-239., 2004, arvostelu.
by:Alan Gishlick, Nick Matzke, and Wesley R. Elsberry
“Intelligent design” (ID) -kannattaja Stephen C. Meyer on kirjoittanut “review -artikkelin”,
joka sisältää monia “intelligent design” -antievoluutioargumentteja.
Artikkeli on julkaistu "Proceedings of the Biological Society of Washington":issa. Me onnittelemme että ID on viimeinkin saanut artikkelin
biologian "peer-review" -lehteen, vain 15 vuotta sen jälkeen, kun ID -oppikirja "Of Pandas and People"(1989) kohdistettiin
ID -oppikirjaksi julkisiin kouluihin. On palkitsevaa nähdä että ID -liike vihdoin yrittää kohdistaa argumenttejaan tieteellisesti relevanteissa ryhmissä,
ammattibiologien piirissä. Tämä on siis ID -rewievin alku(ei loppu)
Kenties jonain päivänä tiedeyhteisö vakuuttuu siitä että ID on vaivan arvoinen.
Vain tätä kautta - vakuuttamalla tiedeyhteisö, jossa laattatektoniikka, endosymbioosi, ja muut mullistavat tieteelliset ideat jo ovat - voi ID ansaita paikkansa koulukirjoissa. Valitettavasti ID -liike mieluummin hylkää tieteellisen review -prosessin sellaisena, kuin se oikeasti toimii, ja sen sijaan mainostaa tutkimusta kaikkalla asiana, joka todistaa ID:n tieteellisen arvon. Näin me haluamme tehdä oman osamme tarkastusprosessissa käymällä Meyerin väitteitä lävitse. Oletamme että Meyer, Discovery Instituten "Center for Science and Culture":n Program Director, joka on suurin organisaatio, joka tukee ID:tä, on asettanut paperiin parhaat todisteet, joita ID:llä on tarjota. Valitettavasti Meyerin julkaisun pohjalta näyttää että ID:n parhaat
todisteet eivät ole kovin hyviä. Emme voi arvioida joka ikistä ongelmaa, jonka Meyer on artikkelissaan tehnyt, mutta korostamme joitakin kaikista vakavimpia erehdyksiä. Nämä tarkoittavat asia- ja päättelyvirheitä. Vielä vakavammin, Meyerin paperi ohittaa tutkimuksen kannalta relevantteja ilmiöitä joita
hänen käsittelemiinsä asioihin liittyy.
Tutkimuksen pääasiat
Meyerin julkaisu odotettavasti seuraa samaa kaavaa minkä kaikki "intelligent design" -tutkumukset. Kiistetään evoluution relevanssi ja väitetään että "älykäs suunnittelu" antaa paremman selityksen. Kuitenkin kun ID:stä keskustellaan Meyerin julkaisussa, ei koskaan mainita positiivista
todistusaineistoa sille että "älykäs suunnittelija" olisi ollut läsnä, juuri kuten "intelligent design" -illä
on ollut tapana.
Ja aivan, kuten etsivä ei voi syyttää jotakuta ilman motiivia, toimintatapaa ja tilaisuutta, ID:llä ei ole mahdollisuutta tieteessä ilman jotain mallia siitä mitä tapahtui, kuinka ja miksi. Vain perustellusti kuvailtu malli voi tarjota selittävän hypoteesin, jota voidaan testata empiirisesti.
"Tuntematon älykäs suunnittelija teki jotain jossain jotenkin tuntemattomasta syystä" ei ole malli. Tämän puutteen vuoksi Meyerin julkaisu perustuu lähes täysin negatiivisille argumenteille. Hän kohdistaa huomiota Kambrikauden räjähdykseen, jota hän pitää tapahtumana jota evoluutio ei voi selittää. Meyerin mukaan Kambrikauden räjähdyksessä korkeammat taksonit nousevat yht'äkkiä, ja että nämä taksonit ovat "oikeita" eivätkä keinotekoisia ihmisten luokituksia; Ja tämä morfologinen epäsuhde johtaisi erillisiin fyleettisiin luokkiin.
Meyer väittää tämän jälkeen, että näiden luokkien syntyminen vaatisi dramaattista biologisen "informaation" kasvua, tarkemmin uusia proteiineja ja uusia geenejä (jo jotain erikoisia informaation luokkia, jotka johtavat korkeamman luokan biologiseen organisoitumiseen). Meyer väittää että
geenit/proteiinit ovat korkeasti kompleksisia ja spesifisiä, jonka vuoksi uuden geenin syntyminen evolutiivisesti olisi epäuskottavan epätodennäköistä.
Meyer lyhyesti mainitsee ja torjuu lukuisat evolutiiviset teoriat, jotka koskevat makroevoluutiota. Tämän torjumisen pohjalta Meyer väittää että ID on parempi vaihtoehtoselitys uusien taksonien nousulle kambrikauden räjähdyksessä. Hän perustelee tätä analogioilla luonnon "designin" ja ihmissuunnittelijoiden Suunnitteluun siten miten sitä normaalielämässä havainnoidaan.
Meyerin työn virheet ja puutteet ovat monet ja moninaiset - ja ne on usein asetettu toistensa päälle. Joka ikistä Meyerin työn aspektia ei voida käsitellä tässä käsittelyssä, joten olemme valinneet useita Meyerin pääväitteitä. Näiden joukossa tulemme käsittelemään Kambrikauden
räjähdystä ja sen suhdetta paleontologiaan ja systematiikkaan. Me tulemme tarkastelemaan Meyerin negatiivisia argumentteja koskien evoluutioteoriaa ja biologisen informaation syntyä geeneissä.
Laajempi kritiikki Meyerin tutkimuksesta on valmisteilla.
Leikkimistä dynamiitilla;Kambrin räjähdys
Kambrikauden räjähdys on perusaihe kaikilla antievolutionisteilla. Tähän on monta syytä;
Moni taksoni esiintyy ensimmäistä kertaa Kambrin räjähdyksessä; Aika, jonka Kambri kestää on geologisesti lyhyt;
Ja meillä on rajoitettu määrä todisteita ennen jä jälkeen Kambrikauden, jonka pohjalta voisimme tehdä analyysiä.
Ensimmäiset kaksi tekijää muotoilevat antievolutionäärisen argumentin siitä että evoluutioprosessit
olisivat kyvyttömiä tuottamaan havaitun määrän diversiteettiä havaitussa rajoitetussa ajassa.
Jälkimmäinen ongelma taas on sen tyypin ilmiö, josta antievoluutiot pitävät:
Koska ei ole tarpeeksi evidenssiä, on pseudotieteellinen "vaihtoehto" helppo rakentaa retorisia
keinoja käyttäen ja tarjota tätä kilpailevana mallina.
Meyerin lopetuskappaleessa on maininta "kokemuspohjaisesta analyysistä." Biologien
kokemus on, että jos meillä on jotain todisteita jonkin piirteen biologisesta piiristä, evoluutioteoria
on perusteoria noille ilmiöille. (Esimerkiksi paljon todisteita on vastikään saatu lintujen la lentokyvyn
evoluutiosta, katso Gishlick 2004).
Ongelmia Meyerin Kambrikauden räjähdyksen käsittelyssä
1. Meyer yrittää kehittää morfologisen evoluution laskemalla taksoneja, mikä ei ole tarkoituksenmukainen
menetelmä kun tutkitaan morfologian kehittymistä. Enemmistö paleontologeista on hylännyt taksonien laskennan
jo kauan aikaa sitten ja ovat sen sijaan siirtyneet paljon käyttökelpoisempiin tutkimusmenetelmiin Kambrin räjähdyksen käsittelyssä.
(Katso Budd & Jensen 2000). Tämä on luultavasti syy sille miksi Meyerin lainaukset tässä osiossa
viittaavat hänen omiin artikkeleihinsa (joita ei ole julkaistu relevanteissa tiedejulkaisuissa)
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu
standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa
keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien
sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana
; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004)
ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa;
katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita.
Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin.
Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa.
eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että
muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää.
Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole
säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen.
Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla
"metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia.
Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella
olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Tutkimuksen pääasiat
Meyerin julkaisu odotettavasti seuraa samaa kaavaa minkä kaikki "intelligent design" -tutkumukset. Kiistetään evoluution relevanssi ja väitetään että "älykäs suunnittelu" antaa paremman selityksen. Kuitenkin kun ID:stä keskustellaan Meyerin julkaisussa, ei koskaan mainita positiivista
todistusaineistoa sille että "älykäs suunnittelija" olisi ollut läsnä, juuri kuten "intelligent design" -illä
on ollut tapana.
Ja aivan, kuten etsivä ei voi syyttää jotakuta ilman motiivia, toimintatapaa ja tilaisuutta, ID:llä ei ole mahdollisuutta tieteessä ilman jotain mallia siitä mitä tapahtui, kuinka ja miksi. Vain perustellusti kuvailtu malli voi tarjota selittävän hypoteesin, jota voidaan testata empiirisesti.
"Tuntematon älykäs suunnittelija teki jotain jossain jotenkin tuntemattomasta syystä" ei ole malli. Tämän puutteen vuoksi Meyerin julkaisu perustuu lähes täysin negatiivisille argumenteille. Hän kohdistaa huomiota Kambrikauden räjähdykseen, jota hän pitää tapahtumana jota evoluutio ei voi selittää. Meyerin mukaan Kambrikauden räjähdyksessä korkeammat taksonit nousevat yht'äkkiä, ja että nämä taksonit ovat "oikeita" eivätkä keinotekoisia ihmisten luokituksia; Ja tämä morfologinen epäsuhde johtaisi erillisiin fyleettisiin luokkiin.
Meyer väittää tämän jälkeen, että näiden luokkien syntyminen vaatisi dramaattista biologisen "informaation" kasvua, tarkemmin uusia proteiineja ja uusia geenejä (jo jotain erikoisia informaation luokkia, jotka johtavat korkeamman luokan biologiseen organisoitumiseen). Meyer väittää että
geenit/proteiinit ovat korkeasti kompleksisia ja spesifisiä, jonka vuoksi uuden geenin syntyminen evolutiivisesti olisi epäuskottavan epätodennäköistä.
Meyer lyhyesti mainitsee ja torjuu lukuisat evolutiiviset teoriat, jotka koskevat makroevoluutiota. Tämän torjumisen pohjalta Meyer väittää että ID on parempi vaihtoehtoselitys uusien taksonien nousulle kambrikauden räjähdyksessä. Hän perustelee tätä analogioilla luonnon "designin" ja ihmissuunnittelijoiden Suunnitteluun siten miten sitä normaalielämässä havainnoidaan.
Meyerin työn virheet ja puutteet ovat monet ja moninaiset - ja ne on usein asetettu toistensa päälle. Joka ikistä Meyerin työn aspektia ei voida käsitellä tässä käsittelyssä, joten olemme valinneet useita Meyerin pääväitteitä. Näiden joukossa tulemme käsittelemään Kambrikauden
räjähdystä ja sen suhdetta paleontologiaan ja systematiikkaan. Me tulemme tarkastelemaan Meyerin negatiivisia argumentteja koskien evoluutioteoriaa ja biologisen informaation syntyä geeneissä.
Laajempi kritiikki Meyerin tutkimuksesta on valmisteilla.
Leikkimistä dynamiitilla;Kambrin räjähdys
Kambrikauden räjähdys on perusaihe kaikilla antievolutionisteilla. Tähän on monta syytä;
Moni taksoni esiintyy ensimmäistä kertaa Kambrin räjähdyksessä; Aika, jonka Kambri kestää on geologisesti lyhyt;
Ja meillä on rajoitettu määrä todisteita ennen jä jälkeen Kambrikauden, jonka pohjalta voisimme tehdä analyysiä.
Ensimmäiset kaksi tekijää muotoilevat antievolutionäärisen argumentin siitä että evoluutioprosessit
olisivat kyvyttömiä tuottamaan havaitun määrän diversiteettiä havaitussa rajoitetussa ajassa.
Jälkimmäinen ongelma taas on sen tyypin ilmiö, josta antievoluutiot pitävät:
Koska ei ole tarpeeksi evidenssiä, on pseudotieteellinen "vaihtoehto" helppo rakentaa retorisia
keinoja käyttäen ja tarjota tätä kilpailevana mallina.
Meyerin lopetuskappaleessa on maininta "kokemuspohjaisesta analyysistä." Biologien
kokemus on, että jos meillä on jotain todisteita jonkin piirteen biologisesta piiristä, evoluutioteoria
on perusteoria noille ilmiöille. (Esimerkiksi paljon todisteita on vastikään saatu lintujen la lentokyvyn
evoluutiosta, katso Gishlick 2004).
Ongelmia Meyerin Kambrikauden räjähdyksen käsittelyssä
1. Meyer yrittää kehittää morfologisen evoluution laskemalla taksoneja, mikä ei ole tarkoituksenmukainen
menetelmä kun tutkitaan morfologian kehittymistä. Enemmistö paleontologeista on hylännyt taksonien laskennan
jo kauan aikaa sitten ja ovat sen sijaan siirtyneet paljon käyttökelpoisempiin tutkimusmenetelmiin Kambrin räjähdyksen käsittelyssä.
(Katso Budd & Jensen 2000). Tämä on luultavasti syy sille miksi Meyerin lainaukset tässä osiossa
viittaavat hänen omiin artikkeleihinsa (joita ei ole julkaistu relevanteissa tiedejulkaisuissa)
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu
standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa
keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien
sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana
; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004)
ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa;
katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita.
Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin.
Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa.
eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että
muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää.
Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole
säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen.
Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla
"metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia.
Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella
olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Ja aivan, kuten etsivä ei voi syyttää jotakuta ilman motiivia, toimintatapaa ja tilaisuutta, ID:llä ei ole mahdollisuutta tieteessä ilman jotain mallia siitä mitä tapahtui, kuinka ja miksi. Vain perustellusti kuvailtu malli voi tarjota selittävän hypoteesin, jota voidaan testata empiirisesti. "Tuntematon älykäs suunnittelija teki jotain jossain jotenkin tuntemattomasta syystä" ei ole malli. Tämän puutteen vuoksi Meyerin julkaisu perustuu lähes täysin negatiivisille argumenteille. Hän kohdistaa huomiota Kambrikauden räjähdykseen, jota hän pitää tapahtumana jota evoluutio ei voi selittää. Meyerin mukaan Kambrikauden räjähdyksessä korkeammat taksonit nousevat yht'äkkiä, ja että nämä taksonit ovat "oikeita" eivätkä keinotekoisia ihmisten luokituksia; Ja tämä morfologinen epäsuhde johtaisi erillisiin fyleettisiin luokkiin.
Meyer väittää tämän jälkeen, että näiden luokkien syntyminen vaatisi dramaattista biologisen "informaation" kasvua, tarkemmin uusia proteiineja ja uusia geenejä (jo jotain erikoisia informaation luokkia, jotka johtavat korkeamman luokan biologiseen organisoitumiseen). Meyer väittää että geenit/proteiinit ovat korkeasti kompleksisia ja spesifisiä, jonka vuoksi uuden geenin syntyminen evolutiivisesti olisi epäuskottavan epätodennäköistä.
Meyer lyhyesti mainitsee ja torjuu lukuisat evolutiiviset teoriat, jotka koskevat makroevoluutiota. Tämän torjumisen pohjalta Meyer väittää että ID on parempi vaihtoehtoselitys uusien taksonien nousulle kambrikauden räjähdyksessä. Hän perustelee tätä analogioilla luonnon "designin" ja ihmissuunnittelijoiden Suunnitteluun siten miten sitä normaalielämässä havainnoidaan.
Meyerin työn virheet ja puutteet ovat monet ja moninaiset - ja ne on usein asetettu toistensa päälle. Joka ikistä Meyerin työn aspektia ei voida käsitellä tässä käsittelyssä, joten olemme valinneet useita Meyerin pääväitteitä. Näiden joukossa tulemme käsittelemään Kambrikauden räjähdystä ja sen suhdetta paleontologiaan ja systematiikkaan. Me tulemme tarkastelemaan Meyerin negatiivisia argumentteja koskien evoluutioteoriaa ja biologisen informaation syntyä geeneissä.
Laajempi kritiikki Meyerin tutkimuksesta on valmisteilla.
Leikkimistä dynamiitilla;Kambrin räjähdys
Kambrikauden räjähdys on perusaihe kaikilla antievolutionisteilla. Tähän on monta syytä;
Moni taksoni esiintyy ensimmäistä kertaa Kambrin räjähdyksessä; Aika, jonka Kambri kestää on geologisesti lyhyt;
Ja meillä on rajoitettu määrä todisteita ennen jä jälkeen Kambrikauden, jonka pohjalta voisimme tehdä analyysiä.
Ensimmäiset kaksi tekijää muotoilevat antievolutionäärisen argumentin siitä että evoluutioprosessit
olisivat kyvyttömiä tuottamaan havaitun määrän diversiteettiä havaitussa rajoitetussa ajassa.
Jälkimmäinen ongelma taas on sen tyypin ilmiö, josta antievoluutiot pitävät:
Koska ei ole tarpeeksi evidenssiä, on pseudotieteellinen "vaihtoehto" helppo rakentaa retorisia
keinoja käyttäen ja tarjota tätä kilpailevana mallina.
Meyerin lopetuskappaleessa on maininta "kokemuspohjaisesta analyysistä." Biologien
kokemus on, että jos meillä on jotain todisteita jonkin piirteen biologisesta piiristä, evoluutioteoria
on perusteoria noille ilmiöille. (Esimerkiksi paljon todisteita on vastikään saatu lintujen la lentokyvyn
evoluutiosta, katso Gishlick 2004).
Ongelmia Meyerin Kambrikauden räjähdyksen käsittelyssä
1. Meyer yrittää kehittää morfologisen evoluution laskemalla taksoneja, mikä ei ole tarkoituksenmukainen
menetelmä kun tutkitaan morfologian kehittymistä. Enemmistö paleontologeista on hylännyt taksonien laskennan
jo kauan aikaa sitten ja ovat sen sijaan siirtyneet paljon käyttökelpoisempiin tutkimusmenetelmiin Kambrin räjähdyksen käsittelyssä.
(Katso Budd & Jensen 2000). Tämä on luultavasti syy sille miksi Meyerin lainaukset tässä osiossa
viittaavat hänen omiin artikkeleihinsa (joita ei ole julkaistu relevanteissa tiedejulkaisuissa)
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu
standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa
keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien
sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana
; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004)
ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa;
katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita.
Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin.
Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa.
eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että
muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää.
Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole
säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen.
Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla
"metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia.
Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella
olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Meyerin lopetuskappaleessa on maininta "kokemuspohjaisesta analyysistä." Biologien kokemus on, että jos meillä on jotain todisteita jonkin piirteen biologisesta piiristä, evoluutioteoria on perusteoria noille ilmiöille. (Esimerkiksi paljon todisteita on vastikään saatu lintujen la lentokyvyn evoluutiosta, katso Gishlick 2004).
Ongelmia Meyerin Kambrikauden räjähdyksen käsittelyssä
1. Meyer yrittää kehittää morfologisen evoluution laskemalla taksoneja, mikä ei ole tarkoituksenmukainen
menetelmä kun tutkitaan morfologian kehittymistä. Enemmistö paleontologeista on hylännyt taksonien laskennan
jo kauan aikaa sitten ja ovat sen sijaan siirtyneet paljon käyttökelpoisempiin tutkimusmenetelmiin Kambrin räjähdyksen käsittelyssä.
(Katso Budd & Jensen 2000). Tämä on luultavasti syy sille miksi Meyerin lainaukset tässä osiossa
viittaavat hänen omiin artikkeleihinsa (joita ei ole julkaistu relevanteissa tiedejulkaisuissa)
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu
standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa
keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien
sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana
; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004)
ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa;
katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita.
Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin.
Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa.
eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että
muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää.
Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole
säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen.
Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla
"metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia.
Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella
olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
2. Meyer toistaa väitteen välimuotofossiilejen puutteesta koskien Kambrikauden puuta. Tämä on tunnettu standartiväite YEC -kreationisteilta.(katso Padian and Angielczyk 1999 koskien laajempaa keskustelua tästä strategiasta ja sen ongelmista) Meyer näyttää todellisen tiedon puutteensa koskien sekä fossiilirekordia että välumuotoisten morfologioiden olemassaoloa. (joita on jopa Kambrin aikana ; viimeisin esimerkki Kambrikauden välimuotofossiilista, katso Shu et al. 2004) ja jopa kirjallisuudesta, johon hän itse viittaa. (Aihetta on käsitelty aikaisemmin "DI Fellow" Jonathan Wellsin kanssa; katso Gishlick 2002 at http://www.ncseweb.org/icons/icon2tol.html )
3. Meyer väittää että "aukot" Kambrin fossiilirekordissa ovat aitoja esivanhempien puutteita. Tukeakseen väitettään Meyer viittaa joihinkin Chigagon yliopiston tutkijan, Mike Footen tutkimuksiin. Kuitenkaan kumpikaan Meyerin viittaamista tutkimuksista ei edes käsittele Kambrin eikä prekambrin fossiilistoa. eikä edes välimuotofossiileita. Footen tutkimukset käsittelevät taksonomista samplingia;
Kuinka hyvin fossiilirekordiannetulta ajalta heijastaa biodiversiteettiä tältä ajalta?
Kuinka hyvin annettu fossiilirekordi osoittaa sijainnin ajassa?
Footen päätelmät ovat että meillä on hyvä kontakti menneeseen biodiversiteettiin ja että muutosten ajat sopivat melko hyvin siihen mitä fossiiliaineisto näyttää. Mutta Footen tyä käsittelee organismeja jotka ovat säilyneet. Se ei käsittele organismeja jotka eivät ole säilyneet, nämä koskevat mikroskooppisia ja pehmytruumiisia esi -isiä, joita Kambrinkin eliöillä oletetaan olleen. Jos Meyerin argumentin mukaan jätämme säilymispotentiaalin huomioimatta, mikroskooppisilla "metazoan" eilla, kuten "rotifers"eillä ei ole aikaisempia esi -isiä, koska niillä ei ole lainkaan fossiilirekordia. Näin Footen tutkimukset eivät tue Meyerin väitettä siitä että välimuotofossiilien puute Kambrikaudella olisi merkki aktuaalisesta esi -isän olemattomuudesta.
Pitkään hypoteeseissa olleet pienten ja pehmytruumiisten prekambrin matojen jäänteitä on löydetty. (Chen et al. 2004).
Informaatio ja misinformaatio
Joillekkin "informaatioteoria" on yksinkertaisesti uusi lähde tyhjänpuhumiselle.
Ja tämä näyttää olevan ainut rooli, jonka Meyer näkee "informaatioteoriassa".
Pikaisen Shannonin ja algoritmisen informaatioteorian mainitsemisen jälkeen Meyer jättää
vakiintuneen ja hyväksytyn informaatioteorian taakseen tyystin.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio"
on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä
CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen")
ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle
sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä.
Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että
evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena
tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä.
(Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI",
mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen.
täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä
(filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä
ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti
missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä
biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi"
voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea
uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali
uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me
voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI -
informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin.
Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
1. Meyer väittää että Dembskin "täsmennetty kompleksisuus"/"kompleksi spesifi informaatio" on jollain lailla relevantti Kambrin räjähdyksen kannalta. Kuitenkin, kun Dembskin tekninen määritelmä CSI -lle ei ole pelkkä eiteknisten sanojen "spesifi"(merkityksessä "toiminnallinen") ja "kompleksi", kuten Meyer virheellisesti väittää. Dembskin tekninen määritelmä CSI:lle sisältää sen, että tiedetään että luonnolliset prosessit eivät voi piirrettä tuottaa järkevällä todennäköisyydellä. Siksi ei vain voida sanoa "Pojat, tuo on taatusti spesifi ja kompleksinen, joten siinä on paljon CSI:tä" ja päätellä tästä että evoluutio olisi mahdotonta. Täten Meyer heiluttaa käsiään termillä "CSI" evoluution todisteena tavalla, joka on hyödytön hänen argumenttinsa kannalta ja on väärä tapa käyttää Dembskin työtä. (Vaikkakin Dembski itse ei ole kovin vaatelias siitä, kuinka ihmiset käyttävät määritelmää "CSI", mikä luultavasti onkin syy miksi Meyer teki kyseisen erehdyksen. täältä esimerkkejä CSI:n määritelmällisestä epätarkkuudesta.).
2. Meyer nojaa Dembskin CSI:hin, mutta vaikka hän olisi käyttänyt sitä oikassa määritelmissä (filtteriä, todennäköisyyslaskelmia, kriteereitä), Dembskin filtteriä ei ole koskaan osoitettu demonstoivan mitään biologisessa maailmassa. Sitä ei ole sovellettu onnistuneesti missään biologiassa.(Elsberry and Shallit, 2003).
3. Meyer väittää että kambrikauden räjähdys tuotti valtavan loikan, joka tuotti valtavasti CSI:tä biologiseen maailmaan. Kuitenkin Meyerin olisi tullut esittää "geneerinen mahdollisuuden eliminointi" voidakseen tehdä tuon päätelmän -jota hän ei tee. (Elsberry and Shallit, 2003).
4. Meyer väittää että "Yksi tapa estimoida määrä CSI:tä joka ilmestyi kambrin räjähdyksessä on laskea uusien solutyyppien määrä. (Valentine 1995:91-93, p.217). Tämä voi estimoida jotain, ja se on signaali uudenlaisesta kvantitatiivisesta lähestymistavasta, mutta me voimme olla varmoja siitä että tällä ei ole mitään tekemistä Dembskin CSI:n kanssa. Dembskin CSI - informaation kvantitatiivinen elementti perustuu piirteen luonnollisen synnyn todennäköisyyden estimointiin. Eikä tällä ole mitään tekemistä solutyyppien laskemisen kanssa.
Tekstistä ja Peptideistä
1. Meyer väittää että "moni tiedemies ja matemaatikko on asettanut mutaatioiden ja valinnan
kyvyn generoida informaatiota, jota uudet geenit ja proteiinit vaativat, kyseenalaiseksi" (p. 218).
Hän tekee tämän asetelman esille läpi julkaisun. Meyer ei kuitenkaan sano ketä nämä tiedemiehet ovat,
ja etenkin ovatko he biologeja vai eivät. Uusien geenien ja proteiinien synty on itse asiassa tavallinen, melko triviaali tapahtuma,
joka on tuttu kaikille joka kuluttaa aikaa ja vaivaa tutkimalla tieteellistä kirjallisuutta. Uusien geenien evoluutiota on havainnoitu laboratoriossa, luonnossa, ja sen on havaittu vaikuttavan lähisukuisten modernien lajien välillä, ja se on rekonstruoitu sadoissa genomien vertailututkimuksissa. (see Long 2001 ja sen sukuiset artikkelit, ja alla).
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa.
Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja
silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä)
Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on
korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille.
Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten
askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
2. Meyer ydistää DNA -sekvenssit ihmiskieleen. Tässä hän seuraa Dentonin "Evolution: A Theory in Crisis." (1986) -kirjaa. Väite on että merkitykselliset sekvenssit ovat eristyksissä toisistaan: on mahdotonta muuttaa yhtä merkkiä toiseksi sarjalla satunnaismuutoksia niin että jokaisella välimuodolla on merkitys. Ja kuten Dentonkin(1986), Meyer tekee saman argumentin geeni ja proteiinisekvensseistä, päätellen tästä että ne, kuten kaikki tarkoitukselliset lauseet, ovat älykkäästä lähteestä peräisin. Analogia kielen ja biologisen informaation välillä on surkea monista syistä. Aloittamalla selvimmästä disanalogiasta; proteiinit voivat menettää 80% niiden sekvenssien samanlaisuudesta ja silti ylläpitää samaa rakennetta ja toimintoa. (satunnainen esimerkki on täällä) Aloitetaan tarkastelemalla englanninkielistä lausetta, jossa on neljästä viiteen kirjainta on korvattu sattunnaisgeneroidulla tekstinpätkällä. Katsotaan, jos voit selvittää alkuperäisen merkitysen:
Tnbpursutd euckilecuitn tiioismdeetneia niophvlgorciizooltccilhseema er [1]
Kahdeksankymmenen prosentin menetys on fataalista englanninkielen lauseille. Selvästi proteiinit ovat vähemmän "spesifisiä", kuin kieli.
3. Meyer lainaa Dentonia (1986) hätäisesti. Tämä on yllättävää, koska vaikka Denton kannattikin 1986 ajatusta siitä että biologialla on typologinen katsantokanta elämään, on hän hylännyt tämän näkemyksen. (Denton 1998). Yhtenä asiana muiden joukossa Denton kirjoittaa; "Yksi kaikista ihmetyttävimmistä löydöistä, joita DNA -sekvensointi on tehnyt on löytö siitä että kaikkien organismejen genomit ovat klusteroituneet toisiaan lähelle pieneen osaan DNA -sekvenssiavaruutta, ja muodostavat samankaltaisten DNA -jaksojen puun, joka voidaan saada aikaiseksi pienten luonnollisten askelten kautta."(p. 276) Denton siis hyväksyy yhteisen kantamuodon ja hylkää ID -kannattajat, jotka tukeutuvat biologisten ryhmien erityiseen luomiseen, ja jopa kritisoi ID:läisiä siitä että he hylkäävät valtavan evidenssimäärän.(Denton 1999).
4. Meyerin tapauksessa väite siitä että uusien geenien ja proteiinien syntyminen mutaatioin olisi mahdotonta nojautuu vain muutamaan tieteellisessä kirjallisuudessa esiintyvään lähteeseen. Esimerkiksi Meyer viittaa Taylor et al. 2001 julkaisemaan tutkimukseen, jonka on nimennyt “Searching sequence space for protein catalysts” ja joka on saatavana online PNAS -websivuilla. Mutta Taylor et al.:n tutkimuksen suositus älykkäälle proteiinien suunnittelulle on se, että sen tulisi matkia luonnollista evoluutiota;
“As in natural evolution, the design of new enzymes will require incremental strategies..."
Toisin sanoen on suuri määrä evodenssiä, joka tulee väitettä siitä että proteiinit ovat paljon vähemmän "tiettyjä", kuin mitä Meyer väittää. Tämän asian täysi käsittely voisi vaatia artikkelin itsessään, ja olisi pointin ohittamista, koska Meyerin väite on kategorisesti osoitettu vääräksi uusien geenien luonnollisen syntymisen kautta. (Toinen tie on se, missä “kokemuspohjainen analyysi” johtaa toiseen johtopäätökseen, kuin mitä Meyer.) Kuitenkin, jonkin ajatuksen ratkaisuista, joita proteiinit voivat saada annettuun entsymaattiseen "ongelmaan" on annettu NCBI:n "Analogous Enzymes" -websivulla, ja se sisältää satoja esimerkkejä. Täällä on enemmän kuin yksi tapa nylkeä kissa, ja täällä on vielä useampi tapa kehittää evolutiivisesti ratkaisu mihin tahansa annettuun toiminnalliseen
"ongelmaan" biologiassa.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Uusien geenien/proteiinien alkuperä
Meter väittää että hänen väitteensä siitä että evoluutio ei voi tuottaa uusia geenejä olisi täysin käsittelemättä relevantissa tieteellisessä kirjallisuudessa, joka dokumentoi uusien geenien alkuperää.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää
täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä
täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
1. Ydinväite Meyerillä on se että uudessa geenissä on liian paljon "CSI":tä, jotta evoluutio voisi sen tuottaa. Ensimmäinen ongelma tässä on se että Meyer ei demostroi että geeneissä itse asiassa on CSI:tä siten kuin Dembski on sen määritellyt. (katso ylempää) Toinen ongelma on se, että Meyer ei siteeraa ainuttakaan dokumenttia, joka kirjoittaisi uuden geenin synnystä. Esimerkiksi Meyer ohittaa täysin tuoreen tutkimuksen "Genetics and Development" -lehdessä, jolla on mielenkiintoinen otsikko “Evolution of novel genes.”. Tämä tutkimus ja 183 sen sukuista tutkimusta voidaan löytää täältä. Monta muuta viitettä voidaan löytää linkitettynä täällä.
On vaivan arvoista listata muutama lainaus, jotka tekevät kristallinkirkkaasti selväksi, että viitteitä, joita Meyer on ohittanut.
Copley, S. D. (2000). “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach.” Trends Biochem Sci 25(6): 261-265. PubMed
Harding, M. M., Anderberg, P. I. and Haymet, A. D. (2003). “‘Antifreeze’ glycoproteins from polar fish.” Eur J Biochem 270(7): 1381-1392. PubMed
Johnson, G. R., Jain, R. K. and Spain, J. C. (2002). “Origins of the 2,4-dinitrotoluene pathway.” J Bacteriol 184(15): 4219-4232. PubMed
Long, M., Betran, E., Thornton, K. and Wang, W. (2003). “The origin of new genes: glimpses from the young and old.” Nat Rev Genet 4(11): 865-875. PubMed
Nurminsky, D., Aguiar, D. D., Bustamante, C. D. and Hartl, D. L. (2001). “Chromosomal effects of rapid gene evolution in Drosophila melanogaster.” Science 291(5501): 128-130. PubMed
Patthy, L. (2003). “Modular assembly of genes and the evolution of new functions.” Genetica 118(2-3): 217-231. PubMed
Prijambada I. D., Negoro S., Yomo T., Urabe I. (1995). “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol. 61(5):2020-2. PubMed
Ranz, J. M., Ponce, A. R., Hartl, D. L. and Nurminsky, D. (2003). “Origin and evolution of a new gene expressed in the Drosophila sperm axoneme.” Genetica 118(2-3): 233-244. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
2. Meyer lainaa Axea (2000) jonkinlaisena haasteena evoluutioskenaarion esittämällä onnistuneelle modifioinnille, joka johtaa uusiin proteiinituotteisiin. Mutta Axen (2000) tutkimuksella ei ole mitään tekemistä "onnistuneiden modifikaatioiden" kanssa. Axe muutti proteiineja useasta paikasta kerralla. ID kannattajat rakastavat tietyn Axen tutkimuksen lainaamista. Sen mukaan toiminnalliset proteiinit ovat harvinaisia sekvenssiavaruudessa. Samanaikaisesti he eivät lainaa niitä, joissa on saatu toisenlainen lopputulos.(Axe et al., 1996).
Axe vastikään sanoi että
hänen tutkimuksellaan ei ole relevanssia ID:lle.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia,
joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä
täällä.)
Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
3. Meyer väittää proteiinin toiminnon olevan "kaikki tai ei mitään". Mutta proteiinien toiminta on kaikkea muuta kuin "kaikki tai ei mitään". Tuoreet tutkijat valottavat useita evoluutiomekanismeja, jotka nikkaroivat olemassaolevista geeneistä uusia geenejä. (Prijambada et al. 1995; Long 2001). Mutta näistä et opi mitään Meyeriltä.
4. Niin paljon kuin me voimme kertoa, Meyer käyttää sanaa "duplikaatio" tai sen sukuista ilmiötä vain kahdesti koko 26 -sivuisessa artikkelissaan. Yksi näistä käytöistä on referensseissä, se on artikkelin otsikossa, joka käsittelee sentriolin duplikaatiota. Toinen on sivulla 217, jossa Meyer esittää geenejä-eivälttämättömästä DNA:sta skenaarion. Kuitenkin hän täysin hylkää toiminnallisen geenin kahdentumisen ja keskittyy vain niiden geenien alkuperään, jotka nousevat eikoodittavasta DNA:sta. Kuitenkin duplikaatio kuuluisi Meyerin osioon, joka käsittelee geenien syntyä koodaavasta DNA:sta. Meyer väittää että uusien geenien synty vanhoista geeneistä on mahdotonta, koska prosessi tuhoaisi vanhan geenin toiminnon. Jos hän olisi käsitellyt duplikaatiota tässä osiossa, olisi hän paljastanut äärimmäisen yksinkertaisen ja erittäin hyvin tunnetun ratkaisun ongelmaan, jonka hän esitti. (Lynch and Conery, 2000, 2003).
5. Meyer nojautuu suuresti tuoreeseen Axen "Journal of Molecular Biology":ssä julkaistuun tutkimukseen. Meyer väittää että Axe (2004) todistaa, että mahdollisuus jolla voidaan löytää funktionaalinen proteiini mahdollisista aminohappo sekvensseistä 150 mittaisesta proteiinista, on 1 in 10^77. Mutta Axen oikea loppupäätelmä oli, että todennäköisyys on välillä 1:10^77 - 1:10^53 (Axe 2004, p. 16).Meyer ilmoittaa vain matalimman todennäköisyyden. 1:10^53 on silti pieni, mutta Meyer ei ilmeisesti kokenut turvalliseksi mainita 24 desimaalin heittoa lukijoilleen. Keskyustelu Axe (2004) kirjoitetaan muualla, mutta on huomionarvoista huomata, että Axe itse keskusteli pitkään ja hartaasti faktasta, jonka mukaan tulos riippuu voimakkaasti metodista. Axe käytti erittäin tarkasti valikoitua "maalia" tutkimuksessaan, joka antaa matalan todennäköisyyden, mutta sen sijaan tutkimukset joissa otetaan satunnaisia sekvenssejä ja yritetään saada niistä jokin toiminto, tuottavat suuria todennäköisyyksiä. (Axe 2004, pp. 1-2).[2]
Me haluaisimme haastaa Meyerin. Täällä on suuri määrä dokumentoituja tapauksia, joissa evolutiivisesti syntyy uusia geenejä. (valikoima löydettävissä täällä.) Me haastamme Meyerin selittämään miksi hän ei maininnut mitään tai mitään niiden kaltaisia tuloksia julkaisussaan. Kutsumme lukijat odottamaan ja katsomaan käyttääkö Meyer näitä myöhemmin ja kykeneekö hän myöntämään, että hänen tavallisin, toistuvin ja keskeisin väitteensä läpi koko julkaisun on väärä ja aihe on tunnettu tiedemaailmassa. Näiden näkemysten ei tarvitse olla edes ristiriidassa ID:n kanssa. Jopa Michael Behe, johtava ID:isti ja "Darwin’s Black Box"in kirjoittaja myöntää että uusia geenejä voi syntyä:
“Antibiotics and pesticide resistance, antifreeze proteins in fish and plants, and more may indeed be explained by a Darwinian mechanism.”(Behe 2004, p. 356)
Jos me voimme tehdä ennusteen, Meuer ja hänen puolustajansa myöntävät virheen, mutta sekoittavat määritelmät "uusi" ja "täysin uusi". Sitten he väittävät että evoluutio voi tuottaa uusia geenejä ja uutta informaatiota, mutta ei "täysin uusia". He eivät luonnollisesti koskaan määrittele mitä tämä
"täysin uusi" tarkalleen ottaen on, eivätkä koskaan kerro mikä tarkalleen ottaen laskettaisiin "täysin uudeksi".
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Morfologinen uutuus
Uusien rakenteiden syntu on suuri aihe laajemmalle levitetyssä kirjallisuudessa,
mutta valitettavasti voimme keskustella aiheesta vain rajoitetusti minkäänlaisella syvyydellä.
Ottaaksemme esiin kaksi aihetta, Meyer ei onnistu liittämään yhtään uusia morfologisia rakenteita
käsittelevää työtä koskien geologisesti tuoreemia tapauksia, joissa evidenssi on melko runsasta.
Meyer ei myöskään keskustele co-optionin keskeisestä roolista uusien rakenteiden synnyssä.
Alla on pieni valikoima tutkimuksia joiden kaltaisiin Meyerin olisi ollut syytä viitata,
jotta hän olisi voinut vakavasti keskustella siitä voiko evoluutio tuottaa uusia rakenteita:
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Ganfornina M. D., Sanchez D. 1999. “Generation of evolutionary novelty by functional shift.”
Bioessays. 21(5):432-9. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Pellmyr, O. and Krenn, H. W., 2002. “Origin of a complex key innovation in an obligate insect-plant mutualism.” PNAS. 99(8):5498-5502. PubMed
Prum, R. O. and Brush, A. H., 2002. “The evolutionary origin and diversification of feathers.” Q Rev Biol. 77 (3), 261-295. PubMed
True, J. R. and Carroll, S. B., 2002. “Gene co-option in physiological and morphological evolution.” Annu Rev Cell Dev Biol. 18, 53-80. PubMed
Mayer korostaa julkaisussaan funktion muuttumisen tärkeää roolia, jotta voitaisiin ymmärtää uudet rakenteet. Hän kirjoitti johtopäätökseensä;
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
“The emergence of new structures is normally due to the acquisition of a new function by an existing structure. In both cases the resulting ‘new’ structure is merely a modification of a preceding structure. The selection pressure in favor of the structural modification is greatly increased by a shift into a new ecological niche, by the acquisition of a new habit, or by both. A shift in function exposes the fully formed ‘preadapted’ structure to the new selection pressure. This, in most cases, explains how an incipient structure could be favored by natural selection before reaching a size and elaboration where it would be advantageous for a new role.” (p. 377-378)
Mayr kirjoitti tästä 1960, 56 voden iässä, mutta se kertoo enemmänkin niistä uusista löydöistä, joita uusien geenien ja uusien morfologisten rakenteiden synnystä on opittu muutamana viimeisenä vuosikymmenenä.
Suurin osa uusista geeneistä ja uusista rakenteista ovat vanhojen geenien ja vanhojen toimintojen toiminnan muutoksia, jotka tyypillisesti liittyvät duplikaatioon. Monia muita termejä on käytetty evoluutiota käsittelevässä kirjallisuudessa. (Mayr:“preadaptation” -> Gould:“exaptation”; "cooption", "functional shift"; "tinkering"; "bricolage"; Katso usein lainattu essee Jacob 1977, jossa keskustellaan nikkarointianalogiasta evoluutiossa). Yksikään näistä ei
esiinny Meyerin julkaisussa.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Negatiivisen ajattelun voima
1. Meyer ei anna tukea väitteelleen jonka mukaan "punctuated equilibrium" -termillä tarkoitettaisiin sitä että lajien kehityksessä olisi suuria, kerralla tapahtuvia, morfologisia hyppyjä. (Yksittäisen “punctuated equilibrium” -hypyn käyttäminen on tyypillinen evoluutiota vastustavissa kirjoituksissa, mutta evoluutiobiologien joukossa asia käsitellään pikemminkin useampana pienempänä “punctuated equilibria”, kuten Eldredge ja Gould sen määrittelivät 1972.)
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele
mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla
seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
2. Meyer väittää väärin että PE osoittaisi biologisen informaation synnyn ongelman. Kuten Gould ja Eldrege 1977 korostivat, PE on teoria lajiutumisesta. Se on lisäys Ernst Mayrin allopatriseen lajiutumiseen - joka on modernin synteesin ydin - joka liittää lajiutumisen fossiiliaineistoon. Mikä tahansa keskustelu PE:stä, joka ei mainitse allopatrista lajiutumista, on sama asia kuin koko termin sisällön merkityksen unohtaminen.
3. Meyer myös väittää väärin että PE:n tarkoitus olisi osoittaa lajia korkeampien taksonien synty. Tämän virheellisyyttä on erityisesti korostettu Gouldin ja Eldredgen 1977 julkaisussa. PE on lajiutumisen paterni joka havaitaan fossiilirekordissa, eikä se käsittele mitään muuta taksonia, kuin lajeja.
4. Meyer väittää väärin että geneettiset algoritmit vaatisivat "kohdesekvenssin" toimiakseen. Meyer lainaa kahta omaa artikkeliaan - relevanttina auktoriteettina tähän aiheeseen. Kuitenkin, kun tutkimme näitä lähteitä, havaitsemme että se mitä molemmissa näissä aikaisemmissa esseissä on lainattu on kolme lausetta, ja sisältö on melkein identtinen molemmissa esseissä. Meyer perustaa koko väitteensä geneettisistä algoritmeista kokonaisuutena käsittelemällä kahta tapausta pinnallisesti; Koska jotkut geneettiset algoritmit sisältävät "kohdesekvenssin", on väärin väittää että kaikki geneettiset algoritmit tekisivät niin. Meyer oli mukana, kun NTSE;ssä vuonna 1997 yksi meistä toi mukanaan geneettisen algoritmin, joka ratkaisi "kauppamatkustajan ongelman" joka oli esimerkkinä algoritmissä, jossa "kohdesekvenssiä" ei ollut. Meyer ylenkatsoo koko evoluutiolaskennan alaa. Kaksi lähdettä, jotka ovat Meyerin väitteen kannalta kriittisiä ovat Chellapilla & Fogel (2001) ja Stanley & Miikkulainen (2002). (Se, että Meyer ohittaa Chelapillan ja Fogelin 2001 on hämmästyttävää, koska Dembski keskusteli siitä 2002) Bibliografiat aliarvostetuille keinoelämän ja geneettisen ohjelmoinnin aloille on saatavilla seuraavilla sivuilla:
http://users.ox.ac.uk/~econec/alife.html
http://www.cs.bham.ac.uk/~wbl/biblio/gp-bibliography.html
http://citeseer.ist.psu.edu/cache/papers/cs/15637/ftp:zSzzSzftp.uwasa.fizSzcszSzreport94-1zSzgaNNbib.pdf/alander01indexed.pdf
Toisaalta: Näkökulmat, joita Meyer ei onnistu ottamaan huomioon
Kun Meyer väittää että kaikkien eliöiden rakenne vaatisi massiivista informaation lisäämistä, hän vetoaa siihen että evoluution on lähdettävä yksisoluisesta olennosta ja päädyttävä kompleksiseen monisoluiseen eliöön (metazoan) kerralla. Meyerin mukaan tämä on mahdotonta. Mutta toisaalta monisoluisten eliöiden alkuperä ei ole "nollasta monisoluiseen kerralla". Pikemminkin, se vaatii sarjan pieniä morfologisia muutoksia. Nämä muutokset tulivat näkyviksi kun evoluutiotutkimuksessa tutkitaan suuria monisoluista elämää fylogeneettisessä kontekstissa. Kirjallisuus, joka käyttää fylogeneettistä perspektiiviä on valtava, jos Meyer vain haluaisi tutkia sitä. (esimerkiksi Grande and Rieppel eds. 1994, Carroll 1997, Harvey et al. eds. 1996). Selvästi kyseisen kirjallisuuden tietäminen on keskeistä, mikäli joku haluaa keskustella näistä aiheista tieteellisesti - vaikkakin vain kritisoidakseen noita näkemyksiä.
Mikään evolutiivinen innovaatio ei voi olla täydellinen, jos sillä ei viitata fylogeniaan. Silti emme löydä siitä yhtään mainintaa Meyerin 26 sivuisessa julkaisussa.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987).
Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien
viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi.
Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Kenties fylogenioiden käsittelemättä jättäminen johtuu Meyerin yhteisen kantamuodon vastustamisesta, tai ehkä sen vuoksi kun "phylan" suhteet nähdään fylogeneettisessä kontekstissa, huomataan heti että kaikkien kompleksisten kehityksien ja morfologisten piirteiden, jotka havaitsemme tietyssä "cladessa", ei tarvitsekkaan ilmestyä samanaikaisesti. vaan pikemminkin ne lisääntyvät vähittäin. Ensin yksi solutyyppi, sitten kolme, monta solukerrosta, kaksipuolinen symmetria. Tältä kannalta meillä on mato, ja muita jotka ovat matoteeman variantteja. On matoja, joilla on suolet, matoja joilla on lihakset, matoja, joilla on jaokkeita, matoja, ja jopa matoja joilla on jäykkä putki sisällään.(joka on me.)
Meyerin kuvasta puuttuu täysin täysin monisoluisten kehitys. Kun lukee Meyeriä, voisi luulla että kyseessä olisi suuri mysteeri, vaikka oikea mysteeri on miksi Meyer ei viittaa tähän alaan, jossa on valtavasti tutkimusta. Meyerin mukaan geenien spesifisyyden puute on yllättävä ongelma evoluutiolle, vaikka on tiedetty ja laajasti hyväksytty että kehitys koordinoituu epigeneettisessä interaktiossa useassa solulinjassa. Meyer ohittaa tämän faktan aivan kuin se olisi jokin mysteerinen ilmiö, joka vaatisi Suunnittelijaa lisäämään informaatiota. Mutta kuten konvektiosolujen rakenne kiehuvassa vedessä ei ole mysteeri, vaikka sillä onkin spesifi muoto, ei ole kehitysohjelmisto biologeille. Konvektiosolut ovat emergentti ominaisuus, joka nousee vesimolekyylejen interaktiosta, aivan samaan tapaan organismin kehitys ja muotoutuminen on emergenttin ominaisuus, joka syntyy eri solulinjojen interaktiossa.
Monisoluisuuden kehitys nousi kilpailussa jossa olivat varianttisolulinjat, jotka nousivat ongogeenisesti, ja sen organisoituminen säilyi epigeneettisessä interaktiossa eri solulinjoissa. (Buss 1987). Tämä on erittäin hyvin dokumentoitu Leo Bussin toimesta 1987, mutta meyer jotenkin jätti mainitsematta tämän monisoluisuuden alkuperän kannalta keskeisen työn. Sen ymmärtäminen että eri solulinjojen yhteisvaikutus ja niiden erilaiset keskinäiset induktiot ovat keskeisiä sen ymmärtämisessä miten monisoluisuus ja erilaiset rakenteet syntyivät. Tämän tutkiminen tässä muodossa on eräs evoluutio ja kehitysbiologian perusasia, mutta Meyer näyttelee kuin näitä aloja ei olisi edes olemassa. Myöskään minkäänlaista keskustelua siitä mikä ero on lajittelulla("sorting") ja valinnalla("selection") (katso Vrba & Gould 1986) ei ole. Vaikka ero on keskeinen; lajittelu ei vaadi valintaa, ja että valinta voi johtaa aivan erilaisille tasoille organismin hierarkiassa. Meyer tuntuu olevan täysin tietämätön tästä erosta, koska hän kritisoi sitä, että valinta ei voi tuottaa uusia morfologisia rakenteita. Jossain tapauksissa jokin uusi asia jollain hierarkian tasolla voi johtua siitä että valinta vaikuttaa jonnekkin muualle hierarkiassa. Emergentti morfologia voi olla seurausta lajittelusta, sen sijaan että kyseessä olisi suora valunta. Monisoluisuuden kehittyminen on vaihtokauppaa, yksilötason valinnan ja solulinjan välillä, joka on lajittunut erilaisten keskinäisten interaktioiden kautta. (Buss 1987)
Lopuksi, mitään keskustelua evoluutiosta ja kehittymisestä ei voida pitää valmiina, jos se ei käsittele heterokroniaa (heterochrony on form) ja täältäkin löydämme asian kannalta keskeisien viittauksien puutteen, aina Beeriin asti. Toisin sanoen Meyer ohittaa 60 vuotta tutkimusta.
Meyer toistuvasti vetoaa päähänpistoon, jossa esiintyy monisoluisten esi -isä, jolla on geneettinen potentiaali muuttua kaikiksi monisoluisten tyypeiksi. Tämä hypoteettinen superesi -isä on erittäin suosittu kreationistien keskuudessa ja se katsotaan virheelliseksi biologien joukossa. Koska biologit ovat havainneet hierarkisuuden ja epigeneettiset prosessit, ovat he samalla poistaneet kaikki tarpeet kaikkikykyisestä esi -isästä ; On monta hierarkiaa, jotka täytyy pitää erillään. On fylogeneettinen hierarkia, kehityksellinen hierarkia ja rakenteellinen hierarkia. Meyer sekoittaa nämä keskenään ja esittää kuin ne olisivat sama asia, vaikka ne eivät ole.
Pitkä kävely lyhyelle Peer -Reviewille
Biological Society of Washington (PBSW) on arvostettu, joskin vähemmän tunnettu,
biologinen lehti, joka on erikoistunut julkaisuihin, jotka käsittelevät systematiikkaa ja
taksonomista luontoa, ja uusien lajien kuvailua.
Evoluutioteoria ei kuulu sen normaaliin julkaisuvalikoimaan. Se, että
julkaisu ei ole lehden normaalia aihepiiriä ja se, että siinä on runsaasti virheitä,
herättää kysymyksiä siitä miten se ylipäätään tuli julkaistuksi.
Vastaus on luultavasti editorissa Richard von Sternbergissä.
Sternberg on kreationisti ja ID fellow, joka on myös Tenneseessä olevan Bryan Collegen
"Baraminology Study Group"in editori. (The BSG on tutkimusryhmä, joka on vakuuttunut siitä että lajit ovat syntyneet kuten Genesiksessä sanotaan.
Me emme keksi tätä omasta päästämme!) Sternberg on myös allekirjoittanut Discovery Instituten "100 evoluutiota epäilevää tiedemiestä" -lausunnon.[3]
R. v. Sternbergin kreationistisuus huomioon ottaen on todennäköistä,
että julkaisua kohdeltiin tavanomaista kevyemmin julkaisuprosessissa.
Kun otetaan huomioon julkaisussa käutetyn informaatioteorian ja kambrin räjähdyksen laatu,
on erittäin epätodennäköistä, että Meyer olisi saanut työtään julkaistuksi jos sen olisi tarkastanut
noiden alojen asiantuntujat. Moni ihmettelee olisiko julkaisu edes päässyt julkaisuprosessiin.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita
poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa.
Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute
ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen
matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen
jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa..
Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti,
eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.)
vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä
merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe.
Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole:
Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia,
käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin,
ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät.
Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen
Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia.
Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi;
Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta:
Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin
näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta,
ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä
lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin,
kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii.
He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Vaikkakin kohdistimme kritiikkimme Meyerin julkaisun tieteellisiin ongelmiin, on syytä lyhyesti mainita poliittisista dimensioista, koska Meyerin julkaisu tolee osaksi ID -kreationistien mainostuskampanjaa. Julkaisu on tullut ulos jo elokuussa, joten on hämmästyttävää, miten Discovery Institute ja muut sen kaltaiset ryhmät eivät vielä ole julkistaneet sitä. Ovatko he häpeissään sen matalasta laadusta(jopa ID -standardeissa), vai odottavatko he että he voivat esittää sen jollekulle asiaa odottamattomalle tiedemiehelle kouluryhmien palavereissa, tapaamisissa.. Kuitenkin, kun lehtijulkaisut alkavat leviämään, vastaukset julkaisuun tulisi tehdä varovasti, eikä olettaa niitä faktaksi eikä evidenssiksi (Tai Meyerin tapauksessa niiden puutteeksi.) vaan sen sijaan se tulisi tarkastella sen kautta mikä siinä on tieteellisesti merkittävää ja mikä merkityksetöntä.
Kun editorin asema tässä ID -julkaisussa on tuntematon, joten se ei ole tärkein aihe. Tärkein aihe on se, onko julkaisu tehnyt tieteellisen vaikutuksen vai eikö ole: Esittääkö se positiivisen selitysmallin? Jos julkaisu on negatiivista kritisointia, käsitteleekö se aiheet tarkasti ja huolella? Totuus on että julkaisu on surkea näiltä kohdin, ja se on tärkeämpää kuin persoonat jotka asiaan liittyvät. Tälläiset vastaukset pelaavat ainoastaan kreationistien käteen, jotka voivat vedota "dogmaattiseeen Darwinismin tiedepoliisiin" jotka epäreilusti antavat Meyerille ja PBSW vaikeuksia. Samin ei Sternbergin kannata ryhtyä marttyyriksi; Kaikki kommunikaatio PBSW:lle tulee keskittää siihen, että julkaisu oli huono valinta: Siinä on monta asiavirhettä, se ohittaa relevantteja aiheita, ja se esittää väärin näkemyksiä, joita se väittää vastustavansa.
Ratkaiseva testi peer -julkaistulle tutkimukselle on kuitenkin se, aikaansaako se oikeaa tutkimusta, ja vakuuttaako se skeptikkoja. Vaikka kyseessä on tiede, ei politiikka, on tämä lopullinen testi, jolla tieteellinen idea punnitaan. Ja kuten olemme sanoneet aikaisemmin, kaikkien ID -kannattajien tulisi ottaa tämä huomioon ja demonstroida että heillä on jotakin joka toimii. He tarvitsevat positiivisen tutkimusohjelman, joka näyttää että ID:llä on muutakin tarjottavaa kuin "Poof, ID teki sen"
Johtopäätökset
Ei ole mitään väärää haastaa tunnettu viisaus - haastamisen jatkaminen on tieteen ydin. Mutta
haasteiden pitäisi olla tietoisia siitä datasta joka tukee tunnettua viisautta, eikä pelkästään
rakentaa retorista rakennelmia valikoivat laiunauksia,
huonoja analogioita, olkinukkejen rakentelua, tahallisia väärin esittämisiä -ja jotka eivät edes käsittele relevantteja faktoja.
Kunnes ja kun ID -liike kuitenkin tekee näin, he eivät ole vakavasti mukana pelissä. He eivät edes pelaa samaa urheilulajia.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
PS
Kuten olemme sanoneet, Meyerin julkaisun virheet ovat liian suuret jotta ne kaikki voisi dokumentoida tähän.
Me kutsumme lukijat löytämään enemmän virheitä ja virhe -esityksiin ja lisäämään ne kommenttiosioomme,
ja/tai emailaamaan ne meille, jotta voimme liittää ne online kritiikkiin.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
Loppumuistiinpanot
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic
categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka
on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n
johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic
University:ssä.
"To assure the perpetuation of these basic concepts of its founders, it is resolved that all
those who become associated with Palm Beach Atlantic as trustees, officers, members of the
faculty or of the staff, must believe...that man was directly created by God."
Viitteet
Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4. PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology 301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology 341(5):1295-1315. PubMed — In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Library/2001/IEEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal — PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”. http://www.antievolution.org/people/wre/papers/eandsdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151. JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR — PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.” Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.” Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601. PubMed
Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.” Paleobiology 12:217-228.
1. Alkuperäinen lause “The origin of biological information and the higher taxonomic categories”, Meyerin julkaisun nimestä. Randomgeneroitu tekstu tuotettiin osoitteessa
http://barnyard.syr.edu/monkey.html
2. Sivunumerot Axen 2004 tutkimuksessa viittaavat esijulkaistuun versioon Axen tutkimuksesta, joka on luettavissa
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058.
3. Kuten aikaisemmin mainittu, Meyer on Discovery Instituten Center for Science and Culture:n johtaja. Meyer sanoi seuraavaa PBSW tutkimuksessa Palm Beach Atlantic University:ssä.