Marduk es el nombre clave de la organización que busca a los elegidos (children) capaces de pilotar las Unidades Evangelion, mediante la realización de estudios físicos, psíquicos y genéticos, recogidos anualmente en el Informe Marduk. Está organizada corno una empresa independiente a NERV y tiene 108 sucursales alrededor del mundo. Desde que se inició esta misión (en el año 2004) y después de ser adquirida por NERV, su función no ha variado lo más mínimo, pudiendo mantener su estructura sin militarizaría.
Esto es lo que dicen los informes oficiales, pero no está ni mucho menos cerca de la verdad. Como deja entrever Kaji en el episodio 15, Marduk no existe como tal. En realidad Marduk es el nombre en clave del instituto donde estudian Shinji y compañía. Así, NERV puede tener controlados a los candidatos (children) en un solo lugar pues todos sus padres trabajan en NERV y pueden ser trasladados sin generar sospechas. Además, esto explica el hecho que se obligara a Asuka a estudiar allí aunque ella ya se hubiese graduado en la Universidad, Esto es el camuflaje perfecto.
Marduk esta controlada por Gendo Ikan y Ritsuko Akagi, que usan a agentes especiales (los profesores) como contacto con los elegidos (children) y al ordenador Maggi para procesar sus datos. El hecho que la organización Marduk se haya mantenido tanto tiempo sin ser descubierta, se debe en gran parte por ser un centro de trabajo externo a Nerv.