Los modernos SISTEMAS DE FILTRACIÓN han sido desarrollados tras décadas de investigación, y están extensamente probados. Mantienen el agua en circulación, limpia y oxigenada. Eliminan partículas, detritus, y sustancias tóxicas para los peces. Reducen la necesidad de recurrir a frecuentes cambios de agua. Evitan la proliferación de algas y cianobacterias, y reducen la incidencia de enfermedades en los peces. Su diseño asegura un funcionamiento satisfactorio con un mantenimiento mínimo.
Se componen de una o varias cámaras (ver figura adjunta) que realizan las siguientes funciones:
A) Sedimentación de detritus y partículas gruesas en suspensión
B) Filtración mecánica diversos materiales filtrantes retienen partículas finas en suspensión.
C) Filtración biológica diversos materiales porosos (roca volcánica, cerámica, grava, fibras, etc.), dan soporte a colonias de bacterias aerobias que evitan la acumulación de compuestos nitrogenados tóxicos.
D) Filtro verde (opcional). Con plantas acuáticas que usarán los restos de nutrientes que queden en el agua.
E) Filtro de luz ultravioleta germicida mata las algas unicelulares que ponen el agua verde, así como muchas bacterias y virus potencialmente dañinos.
La superficie del sistema de filtración debería de ser un tercio de la superficie del estanque, aunque los sistemas más modernos (filtro de lecho fluido) son muy compactos.

El drenaje de fondo (1) nos permitirá eliminar periódicamente agua del fondo cargada de detritus y sedimentos con sólo abrir la válvula 2. El sistema de filtración irá anexo al estanque, al mismo nivel. El agua circula por gravedad a través de la salida lateral (3), y opcionalmente por el drenaje 1, pasando secuencialmente a través de la cámara de sedimentación (A), de filtración mecánica (B) y biológica (C). Se suelen disponer difusores de aire en el fondo. Opcionalmente pasará por un filtro verde (D) con plantas acuáticas que asimilan nitratos y fosfatos. El diseño de la conexión entre cámaras (entrada baja, salida alta) ayuda a evitar el paso de impurezas, y aumenta la aireación del agua (efecto whirpool). Después el agua es impulsada por una bomba (M) situada al final del sistema, protegida de partículas que la podrían bloquear o dañar. El agua pasa entonces a través del filtro de luz ultravioleta (11), que eliminará las algas que provocan la coloración verde del agua, así como gérmenes patógenos. Finalmente el agua vuelve al estanque a través de una pequeña cascada (12), o bien de un venturi, que contribuyen a su oxigenación. Las llaves 9 y 10 facilitan las operaciones de mantenimiento y sustitución de la bomba en caso de avería. Para estanques grandes esto es infinitamente mejor que colocar una bomba sumergida.
Los sistemas de filtración desarrollados para estanques de Kois TOMAN AGUA del estanque A MEDIA profundidad POR GRAVEDAD, explotando el principio de los vasos comunicantes (no hay bomba sumergida impulsora que triture y pulverize los excrementos de los Kois y otros desechos). Este agua pasa al filtro, que tiene varias secciones diferentes con cometidos distintos. En primer lugar, el agua entra tangencialmente y por el fondo en una cámara de sedimentación cilíndrica. Inicia una ascensión rotatoria (diseño vórtex) que facilita la decantación y sedimentación de partículas gruesas, que se eliminan periódicamente al alcantarillado. Cerca de la parte superior de esta cámara de sedimentación, el agua encuentra la salida hacia una segunda cámara de filtración mecánica, en la que hileras de cepillos cilíndricos u otros dispositivos retienen las partículas finas y materia orgánica en suspensión. Posteriormente el agua pasa a una tercera cámara de filtración biológica. En ella se dispone un importante volumen de material poroso que sirve de sustrato a colonias de bacterias nitrificantes. Existe una gran diversidad de materiales utilizables con este fin, y es frecuente que se usen varios, ordenados de mayor a menor porosidad (bien en una única cámara de filtración biológica, bien en varias cámaras dispuestas en serie).
Para elegir los materiales filtrantes se debe tener en cuenta varias características esenciales:
precio algunos materiales comerciales son muy caros, hay alternativas eficaces y más económicas
peso específico (peso por unidad de volumen) a menor peso, más facilidad de manejo y limpieza
porosidad a mayor porosidad, mayor superficie por unidad de volumen, y por tanto mayor capacidad para albergar bacterias
Sugerencias: tubo coarrugado de aislamiento eléctrico, cortado en trozos;
rulos para el pelo comprados al por mayor en almacenes de "todoacien"
(o como se llamen ahora); filtrina o material filtrante que se emplea en
fabricación y reparación de aire acondicionado; piedra
volcánica; bolas de arcilla expandida; grava, etc.) 
Se pueden usar bolsas grandes de red para lavar ropa, que tienen una gran cremallera, para mantener agrupado el material filtrante. Algunos de los materiales antes mencionados flotan, por lo que puede ser necesario colocar un peso encima de la bolsa para que mantenga su posición dentro de la cámara.
El flujo de agua a través del sistema de filtración no debe ser demasiado intenso, pues dificultaría el crecimiento de las colonias de bacterias. El agua vuelve al estanque CON NIVELES INAPRECIABLES DE COMPUESTOS TÓXICOS Y DE NUTRIENTES.
Los productos de desecho y sólidos en suspensión tenderán a
depositarse en la cámara de sedimentación A, que drenaremos con
cierta frecuencia (válvula 5). Las cámaras de sedimentación
tipo "vórtice" son más eficientes. La circulación
giratoria favorece que las partículas más gruesas se vayan al
fondo de la cámara. 
El trabajo de limpieza periódica de las restantes cámaras se minimiza gracias a las válvulas de drenaje (5, 6, 7, 8). Una vez interrumpido el flujo de agua y cerrada la válvula 3, podemos enjuagar fácilmente el material filtrante de cada cámara dejando abierta la respectiva válvula de drenaje.
El fluorescente UV germicida debe ser reemplazado cada año.