Hace un tiempo, alguien pidió una utilidad como esta.

El usuario selecciona un archivo .mdb como origen y otro como destino; el
programa agrega a la base de destino todas las tablas, campos e indices de
la de origen que no aparezcan en ella.

Elimina los índices de la tabla de destino que no estén presentes en la de
origen.

Está escrito a martillazos, pero funciona