Si yo tengo una MDE, con algún procedimiento almacenado, por ejemplo:
Funciones.Mde, situada en la ruta C:\MisFicheros\Funciones.Mde
y dicha Mde tiene una función en un modulo Bas de la forma:
Public Function EscribeMensaje(Nombre As String)
 Msgbox Nombre
End Function

Si yo , desde cualquier MDB pongo...
Dim LLamadaAccess As Access.Application
Set LLamadaAccess = CreateObject("Access.application.9")
LLamadaAccess.OpenCurrentDatabase "C:\MisFicheros\Funciones.Mde", False
LLamadaAccess.Run "EscribeMensaje", "Hola tío"
Set LLamadaAccess = Nothing

efectivamente, desde mi MDB se ejecuta dicho procedimiento de la
C:\MisFicheros\Funciones.Mde
y se muestra un maravilloso mensaje msgbox con HOLA TIO
Bueno, por lo que a mi respecta esto responde a las dudas e inquietudes del
día de hoy.

Hay una cosa clara. La llamada a un procedimiento almacenado en otra MDE por
el metodo que te he descrito, es mucho mas lento que referenciar en VBA
dicha MDE.-