2007-2008 Dönem Ödevi:

Ödev biyoenformatik alanındadır: Mükerrer ödevler geçersiz sayılacaktır, onun için herkezin bizzat kendisi yapması gerekiyor. Ödevi yapabilmek için Yahoo vs motorları kullanabilmeniz yeterlidir. Ayrıca, İleri İngilizce gerekmemektedir.

Ödev Selçuk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Dergisi'nin yazım kurallarına uygun olarak hazırlanacaktır. Formatı uygun olmayan ödevler değerlendirilmeye alınmayacaktır.

Word Dosyası'nın bir kopyası, Ek olarak (Attach File)kendi e-mail adresinizden [email protected] e-mail adresine GENKAY2008 İsim SOYAD Öğrenci numarasının yer aldığı Konu (Subject) ile en son ödev kabul etme tarihi olan Finalden tam 1 hafta önceki gün e-mail ile gönderilecektir. Yani final Çarşamba günü ise en geç önceki Çarşamba gün bitiminden önce, 24.00, ödev teslim edilmiş olmalıdır. Ayrıca aynı gün A4'te basılmış ödev şeklinde de teslim edilecektir.

Final sınav notuna etki edecek ödev 30 puan değerindedir. Ödev zorunlu değildir. Final notunu yükseltmek isteyen öğrencilerimiz bu olanaktan yararlanabileceklerdir.

NCBI internet ortamında DNA bilgilerinin depolandığı gen bankasıdır. Yahoo veya benzeri bir arama motorundan bu NIH sayfalarına herhangi bir internet bağlantılı bilgisayardan ulaşılabilirsiniz. Aslında NCBI'ın kendisi de bir gelişmiş arama motoru olup milyonlarca sekansa ve genlere ait bilgilere ulaşılan bir biyoenformatik alanıdır.

NCBI'ı bulduktan sonra pek çok seçenekle karşı karşıya kalacaksınız. Siz Search Nucleotide komutunu vererek arama bölgesinde bir gene ait bilgileri bulacaksınız. Arama yapacağınız genin gen bankası aksesyon numarası / kodu AJ506087. Bu gen hangi proteini kodluyor yada herhangi bir proteini kodluyor mu? ismini, büyüklüğünü, varsa amino asit ve nükleotid sayısını, hangi canlıya ait olduğunu ve protein ya da mRNA sekansı olup olmadığını yazınız.

Bu genin ismini bulduğunuza göre, şimdi de Search Protein komutu ile arama bölgesinde bu genin (örn. Xa21 gibi) nohutta ve de bezelyede de sekanslanıp sekanslanmadığını araştırınız. Eğer birinde tamamı sekanslanmamış ise kısmi sekansın genin tamamını izole etmek için nasıl kullanılabileceğini tartışınız.

Eğer bu bitkilerden birisinde bu gen izole edilmiş ve sekanslanmışsa, sizin de, diyelim bitki nohut olsun, şöyle bir düşünceniz var: Elinizde daha önceden yabani formlarla melezlemeler sonucunda elde ettiğiniz üstün özelliklere sahip bir nohut çeşidiniz var. Ancak yabanilerden aldığı bir özelliği sizin için çok büyük problem. Bitkinin tarımını bu haliyle yapmak mümkün değil. Siz de yukarda incelediğimiz geni farkettiniz. Sahi bu genin fonksiyonu ne olabilir. Nohutunuzu iyileştirmek için bu genden nasıl yararlanabilirsiniz. Bu genin nohutun tarımına başlanması esnasında mutant yani ekspresyon yapmıyor olması ilk tarımcılara nasıl yardımcı olmuş olabilir, önceki bilgilerinizle birleştirerek tartışınız.

Sizce üzerinde çalıştığınız bu gen hangi kromozomda kodlanıyor olabilir?

Bu genin genbankası sekansına bakarak PCR ile klonlama yapmak istiyorsunuz. Primerlerinizden birisi 5'-ucu primeri başlama kodonunda başlıyorsa 20 nükleotidlik bu primerin 5'-->3' yönünde sekansını yazınız, ayrıca kopyala yapıştır yaptığınız bu genin sekansının (mRNA sekansı olmasına dikkat ediniz, neden?) word dosyasında primer bölgesinin altını çiziniz. Şimdi de sonlanma kodonundan (stop kodon) geriye doğru 20 nükleotidlik diğer primerin sekansını yazınız (PCR'da kullanılacağı şekilde, 5'-->3' yönünde) ve primer bölgesinin de gen üzerinde altını çiziniz.

PCR'ı bu primerlerle yaptınız ve jelde yürütünce gerçekten beklediğiniz uzunlukta bir ürün elde ettiniz. Bu uzunluk nedir ve jelde bu uzunluğun doğru olduğunu nasıl anladınız.

Şimdi de bu PCR ürününü bir plazmid vektörüne klonladınız (pGEMT vektörü olsun). Klonlamanın olup olmadığını anlamak için PCR yaptınız. vektör kendi üzerine kapandığında üniversal primerlerle amplifikasyon yaparsanız elde edeceğiniz fragman boyu 200 baz çifti uzunlukta. Bu negatif koloniler için. Siz genin başarılı bir şekilde klonlandığı pozitif kolonilerde PCR yaptığınızda elde edeceğiniz ürünün boyu ne olur?

Şimdi de herşey yolunda gittiğine göre klonladığınız geni taşıyan rekombinant plazmidi pozitif kolonilerden izole edip sekanslamak ve kendi özel bitkinizde  nükleotid farklılıkları olup olmadığını anlamak istiyorsunuz. Rekombinant plazmidi Sanger dideoksi zincir sonlandırma reaksiyonuna göre Sequenase enzimi ile sekansladığınızda (yöntemi açıklayınız) kullandığınız her bir tüpteki reaksiyonları sırasıyla A C G T tüpleri olarak yanyana manuel sekanslama jeline (akrilamid jeli) yüklediniz. Genin en baştaki 10 nükleotidini gösterecek şekilde sekansını A C G T tüplerindeki sıraya göre yüklendiğini varsayarak fragmanları çiziniz ve sekansları (toplam ilk 10 sekans) çıkarınız.

Başarılar!