Ödevler:

Ödevler biyoenformatik konusundadır: Mükerrer ödevler geçersiz sayılacaktır, onun için herkezin bizzat kendisi yapması gerekiyor. Ödevi yapabilmek için Yahoo vs motorları kullanabilmeniz yeterlidir. Ayrıca, İleri İngilizce gerekmemektedir. Ödevler A4'e Arial 10, kenar boşlukları 2 punto üst ve alt, 2.5 punto sol, 1.5 punto sağ tarafta olacak şekilde hazırlanacak. Word Dosyası'nın bir kopyası Ek olarak (Attach File) [email protected] e-mail adresine BTEK2005Vize İsim SOYAD Öğrenci numarasının yer aldığı Konu (Subject) ile 9 Mayıs 2005'ten önce e-mai gönderilecek, ayrıca aynı gün A4'te basılmış ödev şeklinde de teslim edilecektir. Final ödevi için de üstteki kurallar geçerli olup en son ödev kabul etme tarihi final ödevi için Finalden tam 1 hafta önceki gündür. Yani final Çarşamba günü ise en geç önceki Çarşamba gün bitiminden önce, 24.00 ödev teslim edilmiş olmalıdır.

Vize ödevini özgün ve de doğru bir şekilde yaparak 9 Mayıs EN SON getirme tarihine kadar teslim eden öğrencilerimizin vize notlarına 10 puana kadar eklemeler yapılacaktır. Bu ekleme Genetik mühendisliği sorularına yapılacaktır. Genetik mühendisliği konularındaki sorulardan 50 tam not almayı bekleyen öğrencilerimiz bu ödevi yapmayabilirler, çünkü alabilecekleri toplam not 50'nin üzerinde olmayacaktır. Ama sınavından şüphe edip te notunu yükseltmek (50'ye tamamlamak) isteyen öğrencilerimiz bunu bir fırsat olarak değerlendirebilirler.

Ara sınav notuna etki edecek ödev:

NCBI internet ortamında DNA bilgilerinin depolandığı gen bankasıdır. Yahoo veya benzeri bir arama motorundan bu NIH sayfalarına ulaşılabilir. Aslında NCBI'ın kendisi de bir gelişmiş arama motoru olup milyonlarca sekansa ve genlere ait bilgilere ulaşılan bir biyoenformatik alanıdır.

NCBI'ı bulduktan sonra pek çok seçenekle karşı karşıya kalacaksınız. Siz Search Nucleotide komutunu vererek arama bölgesinde bir gene ait bilgileri bulacaksınız. Arama yapacağınız genin gen bankası aksesyon numarası / kodu NM_100732. Bu gen hangi proteini kodluyor? ismini, büyüklüğünü, amino asit ve nükleotid sayısını, hangi bitkiye ait olduğunu ve protein ya da mRNA sekansı olup olmadığını yazınız.

Bu genin ismini bulduğunuza göre, şimdi de Search Protein komutu ile arama bölgesine bu genin ismini yazarak (örn. Xa21 gibi) tarama yapın. kaç adet bulgu çıktı. Bunlar arasında herhangi bir tahıl bitkisi var mı. Varsa bu tahılın bulduğunuz proteininin nükleotid dizisini bulun şimdi de. Bu genin uzunluğu nedir.

Bu gene ait belli bir bölgesini seçerek PCR'da kullanabileceğiniz 400 baz çifti uzunlukta bir ürün verecek bir çift primer tasarlayın. Bunun için PCR ders notlarına (internette bu dersin sayfasında var) tekrar göz atın. 3' uçlarının komplementer olmamasına dikkat edin primerlerin. Herkez istediği bölgeden tasarlayabilir primerlerini. Tüm genin sekansını ödevinize kopyala, yapıştır komutları ile geçirip tasarladığınız primer bölgelerinin altını çiziniz. Ayrıca primerlerin sekanslarını 5'-xxxxxxxxxxxxxxxx-3' olacak şekilde yazınız.

Final Sınavına en az 20 puan ilave getirecek ödev:

NCBI'da tarama yaparak Nohut bitkisinden izole edilmiş herhangi bir gene ait nükleotid sekanslarını çıkarınız (Nohutun sistematikteki Latince ismi ile arama yapacaksınız). Bu sekansları kullanarak, internette Yahoo vs arama motorlarında bulacağınız Primer3 primer tasarlama programını kullanarak bu genin (mRNA sekansı olmasına dikkat ediniz) bir çift primerini tasarlayınız.

Geni kopyaladığınız sayfanın primerlere ait sekanslarını vize ödevinde de olduğu gibi altını çiziniz ve primer sekanslarını da yine vize ödevindeki gibi 5'--->3' yönünde ayrıca yazınız. Interneten veya başka kaynaklardan bulacağınız fX174 DNA'sının Hinf I restriksiyon enzimi ile kesilmesi sonucunda bu fragmanların agaroz jelinde yürütüldüklerinde ayrımı yapılırken bunlarla eşzamanlı yükleme yaptığınız kendi PCR ürününüzün bu fragmanların hangi bandına yakın bir amplifikasyon ürünü verdiğini bütün bantların boylarına göre sıralamasını yaparak (nükleotid uzunluklarını yazınız) belirleyiniz.

Bu ürünü TA klonlama vektörüne klonladığınızda bu plasmidin klonlama bölgesinin sağında ve solunda yer alan sırasıyla T7 ve Sp6 primer bölgelerine ait elinizdeki primerleri kullanarak vektörde klonlama başarılı bir şekilde yapılmış olduğunda elde edeceğiniz ürünün boyunu belirtiniz. Klonlama başarısız olup vektör kendi üzerine kapandığında aynı primerlerle PCR yaparsanız elde edeceğiniz ürünün boyu 150 baz çifti uzunluğundadır.

Son olarak bu ürünü başarılı bir şekilde klonladığınızda Sanger dideoksi zincir sonlandırma reaksiyonları ile sekanslama yaparken manuel sekanslama jelinde PCR ürününüzün 5' tarafındaki primerin ilk 10 nükleotidini gösteren autoradiograf görüntüsünü bantlar şeklinde çizerek gösteriniz (A C G T tüplerinin sırasında). Bu işlemlerin her aşamasında izlediğiniz prosedürleri de yazınız.

Başarılar.