นอกจากนี้ ยังพิจารณาถึงสต๊อกข้าวปลายปีภายในประเทศเฉลี่ยย้อนหลัง 3 ปี ซึ่งจะอยู่ในระดับที่จะไม่เกิน 3.5 ล้านตันข้าวเปลือกต่อปี หรือเท่ากับว่าประเทศไทยจะมีสต๊อกข้าวเปลือกคงเหลือประมาณร้อยละ 13 ของผลผลิตข้าวทั้งประเทศ หลังจากนั้นจึงมากำหนดจุดที่จะตั้งไซโล ซึ่งคาดว่าความจุของไซโลนั้นเป็นเพียงร้อยละ 20 ของความต้องการไซโลของจังหวัดนั้น เนื่องจากการจัดเก็บข้าวในไซโลนั้นต้องเป็นการเก็บในลักษณะหมุนเวียนตามระยะเวลาที่ต้องการ 

อย่างไรก็ตาม มติคณะกรรมการนโยบายข้าว(กนข.) ในวันที่ 22 พฤษภาคม 2543 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรฯ ดำเนินการก่อสร้างไซโลแทนองค์การคลังสินค้า และหลังจากที่ทางกระทรวงเกษตรฯศึกษาในรายละเอียดแล้ว พิจารณาเห็นว่าควรมีการจัดสร้างไซโลเพื่อเก็บข้าวเปลือกจำนวน 2 ล้านตันต่อปี ในพื้นที่ 24 จังหวัด โดยจัดสร้าง 66 แห่งทั่วประเทศ ในวงเงินงบประมาณ 10,692 ล้านบาท จะเห็นได้ว่ามีการเพิ่มทั้งจำนวนจังหวัดที่จะมีการก่อสร้างไซโล จำนวนไซโลที่จะสร้าง และงบประมาณในการก่อสร้างไซโล 

หลักเกณฑ์ในการประเมินว่าสถานที่ใดควรจะมีการจัดตั้งไซโลข้าวเปลือกของกระทรวงเกษตรฯอิงพื้นที่ที่มีปัญหาเรื่องข้าวล้นตลาดกว่า 1 แสนตันขึ้นไป โดยกำหนดว่าจังหวัดที่มีข้าวล้นตลาด 1 แสนตัน ต้องมีการสร้างไซโล 1 แห่ง ถ้าข้าวล้นตลาด 2 แสนตัน ก็จะสร้าง 2 แห่ง ต้องมีการคมนาคมที่สะดวก และต้องมีที่ดินขององค์การตลาดเพื่อการเกษตร หรือสำนักงานปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม หรือที่สาธารณะ รวมไปถึงที่ดินที่ภาคเอกชนบริจาคให้สร้างไซโลไม่ต่ำกว่า 20-40 ไร่ 

วันที่ 20 มิถุนายน 2543 ทางคณะกรรมการนโยบายข้าวมีมติเห็นชอบในหลักการ แต่ทางกระทรวงเกษตรฯจะต้องไปหารือในเรื่องงบประมาณการก่อสร้างไซโลกับสำนักงบประมาณ กระทรวงการคลัง โดยทางกระทรวงเกษตรฯเสนอให้ใช้เงินกู้ทั้งในประเทศและต่างประเทศในอัตราดอกเบี้ยร้อยละ 3 ต่อปี และให้รัฐบาลรับผิดชอบในส่วนต่างของดอกเบี้ยที่เกิดขึ้น โดยคาดว่าโครงสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกนี้จะมีจุดคุ้มทุนภายใน 10 ปี และคาดว่าจะมีรายรับประมาณ 1,500-2,000 ล้านบาทต่อปี ซึ่งคาดว่าจะมีการคิดค่าบริการอบความชื้นและทำความสะอาดข้าว 180 บาทต่อตัน และค่าเช่าไซโล 50 บาทต่อตันต่อเดือน คาดว่าโครงการจะช่วยให้เกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการมีรายได้เพิ่มประมาณ 500 บาทต่อตัน ซึ่งจะใช้เก็บข้าวหมุนเวียนทุก 4-6 เดือน ก่อนนำไปจำหน่ายในประเทศและตลาดต่างประเทศ

อย่างไรก็ตาม การก่อสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกนั้น เป็นโครงการที่ต้องใช้เงิน ลงทุน และเงินหมุนเวียนในการดำเนินการอยู่ในเกณฑ์สูง ซึ่งคงต้องมีการพิจารณาอย่างรอบคอบถึงความคุ้มค่าในการลงทุน

นอกจากนี้ ยังไม่มีหลักประกันว่าเมื่อสร้าง ไซโลเก็บข้าวเปลือก แล้วจะทำให้ราคาข้าวสูงขึ้นตามวัตถุประสงค์หลักของโครงการได้จริงหรือไม่ เนื่องจากเมื่อพิจารณาแล้วจะเห็นว่าปริมาณการปลูกข้าวนาปรังของเกษตรกรเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง และการแข่งขันในตลาดโลกของข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำ ซึ่งเป็นข้าวส่วนใหญ่ที่ได้จากการผลิตในช่วงนาปรังนั้นมีแนวโน้มรุนแรงขึ้น นอกจากนี้ราคายังมีแนวโน้มลดลงอย่างต่อเนื่องอีกด้วย

2. ต้องมีการทบทวนในเรื่องต้นทุนการก่อสร้าง ต้นทุนในการจัดสร้างไซโลตามข้อเสนอของกระทรวงเกษตรฯนั้นควรจะมีการพิจารณาให้สอดคล้องกับผลการศึกษาการจัดสร้างไซโลขององค์การคลังสินค้า เนื่องจากงบฯการจัดสร้างของกระทรวงเกษตรฯนั้นสูงกว่างบฯเดิมถึง 7,292 ล้านบาท โดยทางองค์การคลังสินค้าตั้งงบฯก่อสร้างไซโลไว้เพียง 3,400 ล้านบาทเท่านั้น นอกจากนี้คงต้องมีการทบทวนหลักเกณฑ์ในการคัดเลือกว่าพื้นที่ใดควรจะมีการสร้างไซโล และไซโลที่จะสร้างควรจะมีขนาดความจุเท่าใดเพื่อความเหมาะสมในแต่ละพื้นที่ เนื่องจากการสร้างไซโลไม่ควรกระจุกตัวอยู่ในจังหวัดใดจังหวัดหนึ่งมากเกินไป

3. ความซ้ำซ้อนของโครงการ การศึกษาของโครงการก่อสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกของรัฐบาลมีทั้งหมด 3 โครงการ คือ

- โครงการสร้างไซโลของกรมส่งเสริมสหกรณ์ที่ยังรอการอนุมัติงบฯดำเนินการจากธนาคารเพื่อการพัฒนาเอเชีย

- โครงการสร้างไซโลข้าวเปลือกและคลังสินค้าเก็บข้าวสารขององค์การคลังสินค้า 

- โครงการสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกของกระทรวงเกษตรฯ

ปัญหาก็คือ เมื่อเปรียบเทียบโครงการสร้างไซโลของกระทรวงเกษตรฯกับโครงการของกรมส่งเสริมสหกรณ์ที่จะดำเนินโครงการก่อสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือก ลานตาก และเครื่องอบความชื้นภายใต้โครงการเงินกู้ของธนาคารเพื่อการพัฒนาแห่งเอเชีย โดยได้รับอนุมัติให้ก่อสร้างแล้ว 68 สหกรณ์ งบลงทุนประมาณ 1,600 ล้านบาท และเมื่อเทียบกับโครงการสร้างไซโลข้าวเปลือกที่เคยมีการศึกษาไว้ขององค์การคลังสินค้า จะเห็นข้อแตกต่างกันอย่างชัดเจนถึงสถานที่จะก่อสร้างไซโล และความจุของไซโล ซึ่งมีผลทำให้งบประมาณในการก่อสร้างไซโลนั้นแตกต่างกันอย่างมาก

ดังนั้น เพื่อให้การสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกของกระทรวงเกษตรฯนั้นมีประสิทธิภาพและประสิทธิผลตามที่มุ่งหวังจึงควรจะมีการสะสางปัญหาภายใน หรือมีการดำเนินการศึกษาร่วมกันเพื่อวางแนวทางในการก่อสร้างไซโลให้เป็นอันหนึ่งอันเดียวกันก่อน และทำเป็นแผนการลงทุนที่มีหลักเกณฑ์การพิจารณาทั้งสถานที่ตั้ง และความจุของไซโลแต่ละแห่งอย่างละเอียดชัดเจน

นอกจากนี้ ทางองค์การคลังสินค้าคงต้องยกเลิกการสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกตามแผนเดิมที่มีอยู่ เนื่องจากเป็นการซ้ำซ้อนกับโครงการของกระทรวงเกษตรฯ แต่จะสร้างเป็นโกดังเก็บข้าวสารแทน โดยคาดว่าจะต้องใช้เงินประมาณ 1,000 ล้านบาท และจะต้องเลือกพื้นที่ที่จะสร้างให้สอดคล้องกับไซโลเก็บข้าวเปลือกของกระทรวงเกษตรฯด้วย

4. ปัญหาในเรื่องรูปแบบการดำเนินการ เนื่องจากการสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกนั้นรัฐบาลร่วมทุนอยู่ร้อยละ 50 ในระยะแรกนั้นโครงการสร้างไซโลนี้ทางองค์การตลาดเพื่อเกษตรกรจะเป็นหน่วยงานหลักในการประสานงาน และในการบริหารงานต้องเป็นการประสานงานเชื่อมโยงกันระหว่างกระทรวงเกษตรฯและคณะกรรมการนโยบายข้าว ซึ่งน่าจะมีปัญหาในเรื่องประสิทธิภาพในการบริหารงาน โดยเฉพาะการประสานงานกันระหว่างหน่วยงานรัฐบาล การป้องกันปัญหานี้รัฐบาลน่าจะใช้ทางเลือกในการให้เงินกู้ยืมในระยะยาวดอกเบี้ยต่ำเพื่อส่งเสริมให้เอกชนเข้ามาลงทุนในธุรกิจไซโลอบพืชน่าจะมีประสิทธิภาพในการดำเนินงานมากกว่า

นอกจากนี้ การสร้างไซโลเก็บพืชผลทางการเกษตรฯนั้นจะมีเป็นการเก็บในลักษณะหมุนเวียน ไม่ใช่การเก็บในลักษณะเก็บเป็นระยะเวลานานตามที่กระทรวงเกษตรฯจะดำเนินการ เนื่องจากการเก็บข้าวเปลือกนานเกินกว่า 6 เดือนจะมีผลต่อคุณภาพข้าว ทำให้เมื่อนำข้าวออกมาจำหน่ายก็ไม่ได้ราคา และยังต้องเสียค่าใช้จ่ายในการเก็บรักษาอีกด้วย

นอกจากนี้ การบริหารกิจการไซโลอบพืชต้องการผู้ที่มีความชำนาญการเฉพาะเพื่อให้มีความคุ้มทุนในเชิงธุรกิจด้วย ซึ่งน่าจะเป็นการบริหารงานของเอกชนมากกว่า การดำเนินงานในลักษณะการจัดตั้งหน่วยงานรัฐวิสาหกิจแห่งใหม่ นอกจากนี้ ในการดำเนินการรับซื้อข้าวเปลือกต้องใช้เงินมหาศาล กรณีที่ต้องรับซื้อข้าวถึง 2 ล้านตันคงต้องใช้เงินไม่ต่ำกว่า 10,000 ล้านบาท และรัฐบาลยังต้องเสียค่าใช้จ่ายในการเก็บสต๊อกข้ามปี รวมทั้งต้องมีการแยกคุณภาพข้าวในการจัดเก็บอีกด้วย

ข้าวที่จะมีการเก็บในไซโลนั้นเป็นข้าวที่ได้จากการแทรกแซงราคาตามนโยบายของรัฐบาลและข้าวที่ได้จากการรับจำนำข้าวของธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร ซึ่งข้าวเหล่านี้เป็นข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำ และการส่งออกจะอยู่ในลักษณะรัฐต่อรัฐ ทำให้บางครั้งจำหน่ายได้ไม่คุ้มกับราคาที่รับซื้อเข้ามา ดังนั้นถ้ามีค่าใช้จ่ายในเรื่องไซโลและการอบลดความชื้นด้วยแล้ว น่าจะมีผลทำให้ภาระค่าใช้จ่ายของรัฐบาลเพิ่มสูงขึ้นกว่าเดิม

5. ขนาดของไซโลที่จะสร้าง คงต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมว่ามีความจำเป็นมากน้อยเพียงใดที่จะต้องจัดสร้างไซโลเก็บข้าวเปลือกขนาดใหญ่ในแต่ละพื้นที่ เนื่องจากในกรณีที่จะให้เอกชนดำเนินการเองคงต้องมีการศึกษาความคุ้มทุนในเชิงพาณิชย์ด้วย ซึ่งจะนำไปสู่การปรับขนาดของไซโลให้เหมาะสมในแต่ละพื้นที่ คาดว่าขนาดของไซโลอบพืชแต่ละแห่งที่เหมาะสมนั้น ควรจะมีขนาดความจุอยู่ในระหว่าง 120-150 ตันเท่านั้น หรืออาจกล่าวได้ว่าภาคเอกชนเห็นว่าการสร้างไซโลอบพืชขนาดเล็กน่าจะเหมาะสมมากกว่าการสร้างไซโลขนาดใหญ่ 

นอกจากนี้ การส่งออกข้าวยังจะเป็นปัญหาต่อเนื่องทั้งปี โดยเฉพาะการส่งออกข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำ เนื่องจากยังต้องเผชิญกับการแข่งขันในการส่งออกที่รุนแรงจากการที่ผลผลิตข้าวมีมากเกินความต้องการ เพราะผลผลิตข้าวในตลาดโลกเพิ่มขึ้น ขณะที่ความต้องการข้าวในตลาดโลกลดลง

นอกจากนี้ผู้ส่งออกไทยยังไม่กล้าทำสัญญาซื้อขายข้าวล่วงหน้าเนื่องจากไม่แน่ใจถึงผลกระทบจากนโยบายการแทรกแซงตลาดข้าวของรัฐบาลต่อราคาข้าวในประเทศ คาดว่าผลของราคาข้าวที่ยังตกต่ำอย่างต่อเนื่องจะส่งผลกระทบต่อราคาข้าวในประเทศ และจะเป็นแรงกระตุ้นให้ชาวนาในเขตภาคกลางที่เป็นแหล่งปลูกข้าวหลักออกมาเรียกร้องให้รัฐบาลเข้าแทรกแซงตลาดเพื่อยกระดับราคาข้าวอีกครั้งหนึ่ง 

2. ปรับเปลี่ยนมาปลูกข้าวพันธุ์ดี พันธุ์ข้าวของไทยที่ปลูกอยู่ในปัจจุบันเกือบร้อยละ 60 เป็นข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำ ซึ่งเป็นที่น่าสังเกตว่าข้าวนาปรังที่ปลูกทั้งหมดนั้นเป็นข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำทั้งหมด และเมื่อถึงฤดูกาลที่ข้าวนาปรังออกสู่ตลาดก็จะมีปัญหาราคาข้าวตกต่ำ ซึ่งในปีนี้ราคาตกต่ำเป็นประวัติการณ์เนื่องจากมีปัญหาในเรื่องที่การส่งออกลดลงด้วย ทางออกของรัฐบาลก็คือ ทำอย่างไรที่จะลดปริมาณผลผลิตข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำซึ่งมีปัญหาในการส่งออก และหันไปเพิ่มปริมาณการผลิตข้าวคุณภาพดีโดยเฉพาะข้าวหอมมะลิ เนื่องจากเมื่อพิจารณาแล้วไทยไม่มีทางที่จะแข่งขันในการส่งออกข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำได้ในตลาดโลก

3. ส่งเสริมการผลิตภัณฑ์ข้าว ปัญหาของการส่งออกข้าวคือ ไทยไม่สามารถแข่งขันในการส่งออกข้าวคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำได้ ซึ่งทางเลือกของรัฐบาลนั้นสามารถเร่งส่งเสริมการผลิตภัณฑ์ข้าว เช่น แป้งข้าว เส้นหมี่ เส้นก๋วยเตี๋ยว ขนมปังกรอบ แผ่นแป้ง เป็นต้น ซึ่งผลิตภัณฑ์ข้าวเหล่านี้ต้องใช้ข้าวคุณคุณภาพปานกลางและคุณภาพต่ำเป็นวัตถุดิบในการผลิต เนื่องจากในปัจจุบันการส่งออกผลิตภัณฑ์ข้าวของไทยมีแนวโน้มแจ่มใส เท่ากับเป็นการลดปัญหาในการแข่งขันที่จะต้องส่งออกแล้วยังเป็นการสร้างมูลค่าเพิ่มอีกด้วย  

4. ส่งเสริมการปลูกข้าวปลอดสารพิษ ข้าวปลอดสารพิษนั้นกำลังเป็นที่ต้องการของตลาดโดยเฉพาะตลาดในประเทศที่พัฒนาแล้ว ซึ่งการส่งออกยังมีการขยายตัวอย่างต่อเนื่อง อันเป็นผลมาจากกระแสอนุรักษ์ธรรมชาติและการบริโภคสินค้าที่การผลิตเป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อม ซึ่งในปัจจุบันมีเพียงเอกชนเท่านั้นที่เข้าไปส่งเสริมให้มีการปลูกข้าวปลอดสารพิษ ดังนั้นรัฐบาลควรเข้าไปมีบทบาทเพิ่มขึ้นด้วยเพื่อให้การปลูกข้าวปลอดสารพิษขยายตัวเพิ่มขึ้น

5. ส่งเสริมการปลูกข้าวเมล็ดสั้น เพื่อส่งตลาดญี่ปุ่นตามพันธกรณีที่ผูกพันกับองค์การการค้าโลก ทำให้ญี่ปุ่นต้องเปิดตลาดข้าวตั้งแต่ปี 2538 ซึ่งน่าจะเป็นโอกาสในการขยายการส่งออกข้าวของไทย แต่ติดปัญหาอยู่ที่ผู้บริโภคในญี่ปุ่นนิยมบริโภคข้าวเมล็ดสั้น ในขณะที่ข้าวของไทยที่ปลูกได้เป็นข้าวเมล็ดยาว

ดังนั้น การที่จะประสบความสำเร็จในการเจาะตลาดญี่ปุ่น น่าจะเป็นการส่งเสริมให้พื้นที่ที่ปลูกข้าวเมล็ดสั้นได้นั้น ปลูกข้าวเพื่อส่งออกไปยังตลาดญี่ปุ่นโดยเฉพาะ ซึ่งไทยนั้นมีความได้เปรียบสหรัฐ ที่ครองตลาดข้าวส่วนนี้ของ ญี่ปุ่นในเรื่องระยะทางการขนส่ง ทำให้ต้นทุนข้าวเมล็ดสั้นจากไทยน่าจะถูกกว่าสหรัฐ