Instalando o Lilo
Provavelmente sua distribuição deve ter instalado o lilo, portanto, mudanças no arquivo de configuração do lilo serão realizadas dentro do /etc/lilo.conf que já existe. Para que as alterações tenham efeito, basta digitar como root, # lilo , aí o lilo ira reconhecer as mudanças no arquivo de configuração e atualizará o setor de boot; na próxima inicialização do sistema as mudanças já terão efeito.

Se o arquivo /etc/lilo.conf não existir, provavelmente você não tem o lilo instalado ou, se tiver, o assistente de configuração nunca foi utilizado. Tente usar o comando # liloconfig para testar se esse utilitário existe. Se existir, o lilo está instalado mas não em uso. Se não existir, provavelmente você não tem o lilo no seu sistema e será necessário fazer o download dele para instalá-lo em seu sistema.

Após toda e qualquer mudança relativa ao LILO é necessário chamar o lilo para que ele atualize os dados no setor de boot; basta digitar lilo no prompt (como root). A saída do comando deve ser os nomes das opções de boot que você tem e uma delas será precedida por um asterisco (*), indicando que é a opção default de boot. A opção default é a que vem primeiro no arquivo de configuração do lilo, nesse caso a imagem Linux.

Problemas com o Lilo
Quando o LILO é carregado, ele apresenta a palavra "LILO". Cada letra é apresentada na seqüência de inicialização do lilo, portanto a presença das letras ou a falta delas indica os erros que estão ocorrendo na inicialização.

---- (nenhuma letra é apresentada e o boot pára ): Nenhuma parte do LILO foi carregada. O lilo pode não estar instalado ou a partição no qual o setor de inicialização está localizado não está ativa ou não foi encontrado esse setor de inicialização.

Provavelmente problemas na opção boot nos parâmetros do lilo.conf.
L--- (a letra L é apresentada e não é seguida por nenhuma outra): O primeiro estágio do carregador foi iniciado e executado, mas não foi possivel carregar o segundo estágio. Os códigos de erro com dois dígitos indicam o tipo de problema. Esta condição indica normalmente a falha na mídia (impossivel ler o setor onde estão gravados os dados do lilo) ou erro de geometria (parâmetros de disco incorretos). Leia mais em Pormenores do Lilo.
LI-- (as letras LI são apresentadas): O primeiro estágio foi capaz de carregar o segundo, mas falhou na sua execução. Isso pode ser causado por erro de geometria ou pela movimentação do /boot/boot.b sem a execução do instalador.
LIL- (as letras LIL são apresentadas): O segundo estágio conseguiu ser iniciado, mas não pode carregar a tabela de descritores do arquivo map. Isso normalmente é causado por falha na mídia (impossibilidade de ler o arquivo) ou erro de geometria.
LIL? (as letras LIL são apresentadas seguidas de uma interrogação (?)): O segundo estágio do LILO foi carregado para um endereço incorreto. Isso é tipicamente causado por erros de geometria ou pela movimentação do arquivo /boot/boot.b sem a execução do instalador.
LIL- (as letras LIL são apresentadas seguidas por um sinal de menos (-)): A tabela de descritores está corrompida. Isso pode ser causado por erros de geometria ou pela movimentação do arquivo /boot/boot.b sem a execução do instalador.
LILO (as letras LILO são apresentadas e o boot ocorre): Todas as partes do LILO foram carregadas corretamente, possibilitando o boot. Caso ocorra algum erro depois daqui, o erro estará na indicação dos parâmetros de imagem.
Caso o BIOS apresente algum erro quando o LILO estiver tentando carregar uma imagem de inicialização, o respectivo código de erro é apresentado. Estescódigos variam de 0x00 até 0xbb (códigos hexadecimais). Veja o Guia do Usuário LILO para maiores detalhes. Esses erros não são comuns e não serão abordados aqui.

Pormenores do LILO
Existe um problema de compatibilidade entre o lilo e discos muito grandes. Discos que tenham o setor de boot de um SO acima do cilindro 1024 normalmente causam problemas com o lilo.
Para resolver esse problema, instale o lilo abaixo desse cilindro, criando para isso partição de cerca de 5MB a 10MB no início do disco e instale o lilo nessa partição. Com isso você estará evitando os erros de geometria de disco que podem ocorrer com o lilo.

Recuperando o LILO
Se por acaso você tinha o lilo instalado e por algum motivo perdeu o lilo, você pode facilmente recuperá-lo (dependendo do caso).
Normalmente SO mal comportados, como é o caso do Windows 9X, NT, ME, 2000, sobrescrevem o setor de boot sem dar satisfação alguma sobre isso, portanto, acabam sobrescrevendo o lilo e este não mais podera gerenciar o boot da máquina.
Para fazer o lilo voltar a gerenciar o boot basta reescrever esse setor de boot. Para isso utilize um disco de inicialização do Linux e após, quando estiver no prompt de comando do Linux, logue-se como root no sistema e digite: # lilo . Seu problema deverá ser sanado sem maiores difuldades. Normalmente, se você tiver um outro boot manager, como é o caso do NT, após o lilo, ele continuará funcionando sem causar interferências no funcionamento deste.
Esse procedimento pode ser usado também caso seja executado o comando do DOS® C:\> fdisk /MBR . Apesar de não ser um comando documentado, várias pessoas o usam sem saber realmente para que serve. Com esse comando a MBR (Master Boot Record , ou Setor Principal de Boot) é sobrescrita e o lilo não mais funcionará.
Outros aplicativos também causam esse tipo de dano, como o Norton Utilities®.