Die 16 jährige Honey Kisaragi war bisher eine völlig normale und sehr beliebte Schülerin, doch ab ihrem 16ten Geburtstag sollte sich ihr ganzes Leben verändern, denn sie wartet am besagtem Tag auf ihren geliebten und hochverehrten Vater (Oto-sama) und während sie ihren Kindheitserinnerungen nachhängt, taucht plötzlich ihr Vater auf und will sie scheinbar vor irgendetwas warnen. Doch es ist schon zu spät, da tauchen auch schon die "Panther Claws", deren Anführerin Sister Jill ist und außerdem haben sie noch eine mächtige Herrscherin Panther Zora, auf. Sie versuchen Dr. Kisaragi und dessen Tochter Honey zu entführen. Trotz der Hilfe des Detektivs Seiji Hayami, gelingt es dieser Verbrecherorganisation, die sich eigentlich auf das stehlen von Schmuck und anderen Wertsachen beschränkt hat, Honeys Vater zu entführen. Doch das ist noch nicht das Ende, denn auch das Haus ihres Vaters wurde von denselben niedergebrannt. Vor den Trümmern ihres Zuhauses taucht plötzlich ein "Prinz" auf und übergibt ihr ein Halsband und ein Ring, jeweils mit einem Herzen daran. Fragen auf die Identität des Unbekannten übergeht dieser schlicht und einfach. Nachdem Honey diese Schmuckstücke angelegt hat, erwacht irgendetwas unbekanntes in ihr und sie erinnert sich an zwei Worte ihres Vaters "HONEY FLASH!". Kurz darauf verwandelt sie sich das erste mal und zwar in eine Motorradfahrerin, welche sich sofort aufmacht um ihren Vater zu retten. Was jedoch schief läuft, er stirbt anscheinend bei der Explosion des Luftschiffes, in welchem er gefangen gehalten wurde. Honey trifft nun immer öfters auf die "Panther Claws" und versucht zu verhindern, dass diese wertvollen Schmuck stehlen und zwar indem sie sich in Cutey Honey verwandelt, die letzte Form ihrer Verwandlungen, eine Kriegerin des Lichts. Auch taucht der "Prinz der Zwielichts" immer wieder auf und gibt ihr Tips, doch ist er wirklich auf Honeys Seite? Auch Seiji hilft ihr (als Cutey Honey, er weiß nicht, dass Honey und die Kriegerin ein und die selbe Person sind) so ziemlich bei jedem Fall. Der Kampf beginnt und die scheinbar hoffnungslose Suche nach ihrem Vater....... Außerdem taucht später noch Seira Hazuki auf, welche tatsächlich behauptet Honeys Schwester zu sein, sie verwandelt sich in "Misty Honey" und stellt sich als diese deutlich gegen Cutey Honey!
