Der 17 jährige Shinichi Kudo wird eines Tages im Vergnügungspark angegriffen, nachdem er schon einige verdächtige Personen bemerkt hatte. Man verabreicht ihm das Gift "Aptoxin". Als er nun wieder zu sich kommt, ist echt nicht mehr ein Junger Mann, sondern ein kleiner Junge im Grundschulalter. Professer Agasa empfiehlt ihm seine wahre Identität zu verheimlichen, da die Leute die ihm dies angetan haben, wahrscheinlich damit rechnen, dass er tot ist, wenn sie jedoch herausfinden würden, dass er noch lebt, könnten sie es wieder auf ihn abgesehen haben und würden ihn und seine Umwelt bedrohen. Shinichi stimmt ihm zu und nennt sich ab jetzt Conan Edogawa. Er lebt ihm Detekivbüro von dem Vater von seiner Freundin Ran. Von dort aus stellt er Nachforschungen an um diese Leute zu finden die für seinen Zustand verantwortlich sind zu finden, außerdem hilft er noch Rans Vater, der Detektiv ist bei seinen Fällen, da dieser ziemlich tolpatschig und unfähig ist.
