Eine schreckliche Zeit ist auf der Erde angebrochen, ein Großteil der Welt ist überflutet, Seuchen sind ausgebrochen und schreckliche Wesen sind aufgetaucht, Wesen die nur im Wasser überleben können, ihr Ziel ist es dafür zu Sorgen, dass es kein Land mehr gibt nur noch Meere, ihre Heimat. Dies alles begann mit dem Schmelzen der Polarkappen und nun kämpft die Menschheit um ihr Überleben und zwar mit Hilfe der Blauen Flotte, welche mit ihrem hochentwickelten U-Boot der Blue Submarine No. 6 die Möglichkeit hat, die Wesen, die "Kinder" Zorndykes, der die Art wie der Mensch lebt nicht verstehen kann und diesen deshalb abgrundtief hasst, zumindest zurückzuhalten. Kino Mayumi Mitglied der Mannschaft der Blue 6 wird mit dem Auftrag Hayami Testu zu finden und ihn dazu zu bringen ein neues Mitglied der Crew zu werden an Land geschickt, den nur Hayami ist gut genug durch seinen unglaublichen Umgang mit Waffen noch etwas gegen die immer mächtiger werdenden Wesen zu unternehmen. Der zurückgezogene und leicht depressive Mensch ist von dieser Idee alles andere als begeistert und antwortet mit vorgehaltener Waffe (Nein!). Als er dann jedoch Mayumi vor einem Angriff der "Wesen" rettet, erklärt er sich doch noch bereit zu helfen. Nun macht sich die gesamte Blaue Flotte auf den Weg zum Südpol um Zorndyke aufzuhalten.
