Op 1 mei 1863 werd een tweede design voor de officiële vlag aanvaard. De "Battle Flag" (ook wel "Southern Cross" genoemd) werd in de linker bovenhoek op een wit vlak geplaats.
Bij windstil weer werd deze vlag nogal eens aanzien als de witte vlag (vlag van overgave), wat ook tot heel wat misverstanden leidde.
Pogingen tot afscheiding van Missouri en Kentucky faalden, omdat ze vertegenwoordigs hadden in beide regeringen. Doordat ze troepen leverden aan de Confederatie, werden ze door twee sterren op de vlag voorgesteld. Maar officieel waren ze geen lid. Daarom komen ze in onderstaand lijstje niet voor.
Onder de dertien sterren, zijn er vier nieuwe leden:
