Tendo por objetivo a disseminação da fé para as novas terras de além-mar, a Companhia de Jesus foi uma ordem missionária fundada por Santo Inácio de Loyola, no ano de 1534. O catolicismo no período sofria a oposição de novas doutrinas cristãs "desviantes", a partir do movimento da Reforma protestante de Lutero. Portanto, sob os desígnios da Contra Reforma, a Companhia de Jesus deu combate à expansão de doutrinas antagônicas ao catolicismo e ao próprio poder da Igreja.

O processo de catequização indígena no Brasil foi um dos alvos da Companhia: os jesuítas valiam-se de associações da cultura religiosa nativa aos elementos cristãos, para a melhor compreensão dos indígenas e, portanto, melhor persuasão na conversão destes povos. Outra tarefa da Companhia no Brasil era a educação religiosa dos colonos, portanto a manutenção da fé e do poder da Igreja romana no território. Uma das figuras principais neste contexto da catequização foi o padre Antônio Vieira, que angariou grande prestígio tanto entre colonos quanto entre os povos indígenas na região amazônica.

Outras funções iniciais são atribuídas a esta ordem religiosa: a fundação das primeiras instituições educacionais no país.

A instituição religiosa, passando gradualmente a possuir grande poder político sobre os seguidores religiosos, acabou por ser perseguida: os missionários faziam oposição aos colonos quanto à exploração da mão-de-obra indígena. Mais tarde, o evidente apoio dos missionários à resistência dos indígenas frente aos colonizadores levaram a conflitos mais graves, incluindo batalhas empreendidas pelas Entradas e Bandeiras às aldeias sob o poder missionário. Tais conflitos culminaram por sua vez, no ano de 1759, na resolução do Marquês de Pombal : valendo-se do argumento de que os jesuítas passaram a interferir excessivamente nas áreas de atuação política que deveriam ser restringidas ao próprio Estado, determinou objetivamente a expulsão dos jesuítas de Portugal e do Brasil.