Pada awalnya Centra Khatulistiwa terdiri dari 4 divisi Yaitu ;

1. Divisi IEM (Informasi, Edukasi dan Motivasi)

   Divisi ini melakukan sosialisai program melalui ceramah ke sekolah, perguruan tinggi dan  institusi.

2. Divisi DIC (Development Information Center)

Divisi tugasnya membuat materi-materi yang diperlukan untuk kegiatan Centra.

3. Divisi konseling

Divisi ini menangani konseling lewat telpon, surat dan Tatap Muka.

4. Divisi AIDS

Divisi ini menangani masalah AIDS, dengan melakukan kegiatan-kegiatan outreach ke kelompok beresiko tinggi seperti ; Pekerja sex komersil, Waria ,gay, dan pemakai Narkoba.

Sejalan dengan waktu yang terus bergulir, pada saat sekarang Centra terus berkembang didukung dengan program UNFPA, Centra terus berupaya memberikan informasi kepada remaja Kalbar melalui :

a. Centra Internet Accses

Centra Internet Accses ini mempunyai 2 buah unit komputer online, sehingga remaja bisa mendaptakan informasi dari cyber world ini lebih cepat.

b. Informasi, edukasi dan komunikasi

Melalui program ini dilakukan ceramah ke sekolah, diskusi kelompok dan berbagai kegiatan yang tujuan nya adalah menyebarkan informasi tentang kesehatan reproduksi di kalangan remaja.

c. Konseling

Sebagai tindak lanjut dari ceramah dan sebagainya konseling merupakan sarana yang disediakan  untuk menampung semua uneg-uneg kamu. Bisa lewat telpon, surat, tatap muka dan e-mail.

d. Klinik Remaja

Di Klinik ini remaja bisa berkonsultasi dengan petugas tentang permasalahan yang berhunbungan dengan kesehatan umumnya dan kespro khususnya.