Mitologia é a história do Arquivo X, do que aconteceu com os agentes e os arquivos X, desde que a série nasceu, até agora. Aqueles episódios em que acontece alguma coisa que muda alguma coisa na história da série, ou na história dos agentes, são os episódios mitológicos (os outros são os "Monstros da Semana"). Considerando tudo isso, acho que dá pra separar a mitologia por temporadas. Mas antes, vamos explicar como começou os Arquivos X.

Os Arquivos X são aqueles casos do FBI que não têm explicação, e que ninguém conseguiu resolver. Eles estavam sendo arquivados na letra N de "Não resolvidos", mas a letra N estava tão cheia que resolveram passá-los para a letra X, que não tinha nenhum caso. Foi aí que os casos sem explicação passaram a ir para o Arquivo X. E Foi lá, no porão do FBI, que aqueles casos sem explicação abandonados e desprezados pelos outros agentes do Bureau foram encontrados por Mulder.

O Agente Mulder era um agente com um passado esquisito. Ele dizia que sua irmã tinha sido abduzida quando ele tinha 12 anos, e que o governo estava por trás daquilo.

Por isso, Mulder se interessou por aqueles arquivos sem explicação e passou a investigá-los.

1ª Temporada - É aí que aparece a agente Scully. Scully era uma cientista, formada em Medicina, Mestrado em física, lecionava na academia do FBI até que foi designada para ser parceira de Mulder, nos Arquivos X. A sua função seria dar uma explicação científica para todos os casos malucos em questão, quem sabe assim ela não tirava Mulder de lá. No entanto, ao perceber com o que estava lidando, Scully percebe que não há explicação científica para os tais casos. A única resposta para cada caso, era aquela teoria que Mulder formulava, que era completamente absurda e impossível. Bom, na verdade, eu não diria impossível. No fim desse primeiro ano, os Arquivos X são fechados pelo diretor assistente Skinner.

2ª Temporada - Nessa temporada Scully e Mulder foram separados. Mulder recebe um novo parceiro, o agente Alex Krycek.. Scully é abduzida, Mulder descobre que Krycek é um agente duplo, porém é tarde demais. Ele já sumiu. Scully é encontrada e está a beira da morte, mas se salva. O arquivo X é reaberto e Mulder e Scully voltam a trabalhar juntos. Mais tarde, Mulder acha que encontrou sua irmã mas descobre que é um clone, entre vários.

3ª Temporada - Desculpa, eu não posso detalhar muito pois não vi essa temporada!.. Se você quiser me ajudar me dizendo resumidamente o que aconteceu nessa temporada, eu ficaria Muito feliz, muito mesmo...

4ª Temporada - Eu sei que no primeiro episódio, Mulder encontra mais alguns clones de sua irmã. Nessa temporada, Scully descobre que têm câncer, que aparece quando ela retira um ship encontrado na sua nuca, depois que ela foi abduzida.

5ª Temporada - Scully começa a ter problemas sérios com seu câncer, mas Mulder a salva. Scully descobre uma garota que poderia ser filha da sua falecida irmã, e descobre que na verdade, ela é filha da própria Scully!! No entanto ela tem uma doença que a mata. Scully também descobre que é estéril. Mulder é levado a acreditar que tudo o que viu, alienígenas, tal, foi colocado lá para que ele visse e que ele e Scully são dois bonecos nas mãos de pessoas de altos escalões. No final dessa temporada, Mulder e Scully encontram o que seria uma prova para os Arquivos X, um garoto, Gibson Praise, que podia ler mentes. Infelizmente acontecem coisas que fazem com que o Arquivo X seja novamente fechado.

O Filme - Mulder e Scully fora do Arquivo X, estão em um prédio federal em Dallas procurando por uma bomba, ou pelo menos deveriam estar. Ao não encontrar a bomba por lá, Mulder resolve procurar em outro prédio federal, do outro lado da rua, e não é que encontra? Eles chamam o FBI pra lá a tempo de desarmar a bomba, mas a bomba foi colocada lá estrategicamente, e tinha que explodir. Embora o encarregado de desarmar a bomba, Richard Michaud soubesse como desarmar a bomba, ele trabalhava para essas pessoas que haviam posto a bomba lá, portanto, ele não desarma a bomba. O prédio, já evacuado, explode. Mas três corpos são encontrados. Mulder e Scully são culpados pela morte dessas três pessoas que estavam no prédio, embora se não tivesse sido por eles, todas as outras pessoas que conseguiram fugir teriam morrido. Um homem misterioso, que eu esqueci o nome, avisa Mulder de que aqueles corpos no prédio já estavam mortos, a bomba estava lá para encobrir aquelas mortes. Mulder e Scully descobrem uma plantação de milho no meio do deserto do Arizona, e descobrem também abelhas que carregam um vírus que iria colonizar a raça humana. Uma das abelhas pica Scully e ela é levada pela turminha do Canceroso, o grande vilão que está sempre por trás de tudo. Uma pessoa do Sindicato (essa turminha aí), o conhecido como "Homem das Unhas Bem Feitas" entrega a Mulder o que seria a vacina para esse vírus. Mulder encontra Scully em uma nave, no meio da Atlântida. Embora tudo isso que aconteceu com os dois seja o suficiente pra provar uma enorme conspiração dentro do governo, eles não têm provas, pois apenas os dois viram o que aconteceu com eles, então, eles nada conseguem provar.

6ª Temporada - No começo dela, Mulder e Scully ficam tendo que investigar casos fora do Arquivo X, mas sempre acabam de debatendo com um ou outro Arquivo X para investigar. Até que mais coisas acontecem. Mulder e Scully descobrem muito sobre o Canceroso e o Sindicato, por pouco, conseguem impedir a raça humana de ser colonizada pelos alienígenas. Eles também conseguem voltar para o Arquivo X. Feliz, Mulder volta a investigar os casos esquisitos sem precisar quebrar as regras do FBI. No Final desse ano, no entanto, Mulder tem um problema no cérebro, Scully encontra uma nave espacial e descobre um monte de coisas cujas provas é obrigada a deixar na Costa do Marfim, na África (onde as encontrou) para voltar e salvar Mulder.

7ª Temporada - Com a ajuda de Diana Fowley (que era uma falsa amiga de Mulder que na verdade trabalhava para o Canceroso), Scully consegue salvar Mulder. Na verdade, Scully sabe que não pode confiar em Fowley e não pode mesmo, porque ela trabalha para o Canceroso, mas no último segundo, ela resolve salvar Mulder, dando sua vida pela dele. Mulder é salvo e Diana morre.O Canceroso engana Scully para conseguir um material muito poderoso, qual infelizmente, eu sei muito pouco. É revelado que ele está morrendo. No final do ano, Mulder é abduzido, o Canceroso morre e Scully descobre que está grávida.

8ª Temporada - Scully passa metade desse ano procurando por Mulder, com a ajuda de um outro agente, o John Doggett. No meio do ano, Mulder reaparece, morto. Três meses depois, entretanto, ele ressuscita. No entanto, se Scully não der um jeito rápido, ele vai se transformar em um alienígena malvado. Scully descobre como salvá-lo (e o salva). Mulder e Scully (e Doggett) agora têm que se preocupar com o nascimento do bebê de Scully, pois existem alienígenas que pretendem impedir que esse bebê nasça, pois ele é diferente. (lembrem-se que a Scully era estéril!). Mulder sai do FBI. Depois de muito fugir daqueles que querem impedir Scully de dar a luz, com a ajuda de Mulder, Doggett, outra agente, Monica Reyes, e o diretor assistente Skinner, Scully consegue ter o bebê e assim a temporada acaba. Lembrando que é nessa temporada que aparecem os supersoldados. São infelizes que não tem absolutamente nenhuma fraqueza. E eles que estão ameaçando a vida do bebê de Scully porque.. parece que o bebê pode nascer alienígena, ou coisa assim. Mas ele acaba nascendo normalzinho. Aparentemente.

9ª Temporada - Mulder some de novo. Dessa vez ele foi embora. Se foi, como diz Scully a Doggett, no primeiro episódio, que está procurando por Mulder. Mulder na verdade se esconde, em algum lugar que nem a Scully conhece, pelo fato de que ele pode estar correndo risco de vida e de que se ele ficar ele pode estar pondo em risco a vida de Scully e do bebê, a essa hora obviamente também filho dele. Durante a temporada descobre-se a única fraqueza dos supersoldados, que pelo jeito estão novamente atrás do bebê da Scully, que definitivamente não é normal. Eles são sensíveis a um tipo de rocha que existe no Novo México. Acreditando não poder proteger seu bebê, Scully o dá para adoção. Durante a temporada, também, em um episódio centrado nos pistoleiros solitários, esses reencontram Yves (alguém que só apareceu no Spin-off the Arquivo X: Os pistoleiros solitários) e ela está tentando salvar o mundo de ser exposto a um vírus. No final, os pistoleiros, tendo por alguns minutos em mãos as vidas de todos os seres da Terra (não posso garantir as dos alienígenas, no entanto.), acabam por dar suas próprias vidas para salvar o Mundo. (sim, eles... morrem! que triste!!!!). Anyway, no último episódio da temporada, então, que também acaba por ser o último de toda a série Mulder reaparece, e acusado de assassinato. Só que claro, era tudo uma montagem, Mulder não tinha matado ninguém e todos sabiam disso. Ainda assim ele é condenado à morte, então Scully, Doggett, Skinner e Reyes ajudam-no a fugir e ele e Scully fogem. Na teoria eles deveriam deixar o país, mas Mulder preferiu fazer uma visita ao Canceroso, que, na verdade, não está morto!!! (eu sabia!! Eu sabia!! ele sempre volta!) O mesmo revela então para Scully a verdade que Mulder já sabia: Os alienígenas vão invadir a terra no dia 22 de Dezembro de 2212 e não há nada que ninguém possa fazer para impedi-los. Então uns helicópteros aparecem e destroem tudo, matando o Canceroso pela terceira vez. Mas Mulder e Scully escapam, e o episódio, a temporada E a série acabam com Mulder e Scully conversando sobre a verdade num quarto de motel, o mesmo lugar onde Mulder, no primeiro episódio, revelou a Scully sua causa.