As outras surpresas ficam por conta de dois novos personagens, o diretor-assistente Brad Follmer (Dicary Elwes) e uma mulher misteriosa, interpretada pela atriz Lucy Lawless, a Xena do seriado Xena: A Princesa Guerreira.
Cada seriado conta com algumas participações especiais tais como Burt Reynolds, interpretando um tipo estranho e misterioso e ainda, participação em dois episódios de Barbara Patrick, esposa de Robert Patrick, interpretando sua esposa também na série.
Nada Importante Aconteceu Hoje (Nothing Important Happened Today I) (#9x01)
Uma fita de investigação ameaça perturbar a investigação de Doggett sobre o diretor interino Kersh; uma linda mulher com a capacidade de ficar submersa na água se infiltra no FBI; Mulder desaparece.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
Nada Importante Aconteceu Hoje II (Nothing Important Happened Today II) (#9x02)
Enquanto Doggett continua sua investigação sobre o Diretor Kersh, ele procura encobrir a verdade sobre uma mulher com poderes sobre-humanos, que pode ou não ser incluída em sua investigação e que tem alguma ligação com experiências científicas realizadas em um navio da marinha da época da Segunda Guerra Mundial.
Obs: Participação especial de Lucy Lawless como Shannon.
Direção de Tony Wharmby
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
Dæmonicus (Daemonicus) (#9x03)
Com Scully novamente designada para lecionar na academia do FBI, em quântico, Doggett e Reyes investigam seu primeiro Arquivo X juntos.
Os agentes procuram encontrar uma ligação entre um paciente psiquiátrico e uma série de bizarros assassinatos satânicos.
Dirigido e escrito por Frank Spotnitz
4-D (4-D) (#9x04)
Agente Reyes especula o fato de que um maníaco assassino que feriu perigosamente Doggett possa ter vindo de uma outra dimensão ao nosso mundo.A única coisa certa é que ele está sempre um passo a frente de todos.
Direção de Tony Wharmby
Escrito por Steven Maeda
Senhor dos Insetos (Lord of the Flies) (#9x05)
Os agentes investigam o assassinato de uma adolescente que morreu enquanto apresentava uma performance após insetos devorarem seu cérebro.
Direção de Kim Manners
Escrito por Thomas Schnauz
Não Confie em Ninguém (Trust No 1) (#9x06)
Scully fica conhecendo um casal que acredita que seu filho possui as mesmas características inusitadas do bebê William; um detetive sombrio convence Scully a contactar Mulder e tirá-lo do isolamento.
Direção de Tony Wharmby
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
Desaparecido (John Doe) (#9x07)
Sem a mínima idéia de sua identidade ou seu passado, Doggett é encontrado vagueando em uma cidade mexicana corrupta e violenta. Ele se esforça para reaver sua memória, como a perdeu e o que está fazendo em uma cidade estrangeira.
Direção de Michelle MacLaren
Escrito por Vince Gilligan
O Círculo da Morte (Hellbound)(#9x08)
A agente Reyes pressente que de alguma maneira tomou parte em uma série de terríveis assassinatos há mais de um século, nos quais as vítimas tiveram a pele arrancada ainda vivas.
Direção de Kim Manners
Escrito por David Amann
Providência - Parte 1 (Provenance) (#9x09)
Quando uma seita religiosa sediada no Canadá descobre uma espaçonave semelhante àquela encontrada por Scully na África, uma trama é planejada para matar o bebê William.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
Providência - Parte 2 (Providence) (#9x10)
Depois de descobrir que Mulder poderia estar morto, o medo de Scully aumenta em relação a bebê William, ainda mais ao bebê Willian ser raptado por um culto alienígena.
Enquanto Scully procura desesperadamente seu filho, membros da seita religiosa preparam-se para entrar na espaçonave que eles acreditam ser o local da manifestação física de Deus.
Direção de Chris Carter
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
Audrey Pauley (Audrey Pauley) (#9x11)
Quando a agente Reyes é ferida em um acidente de carro, ela se encontra em um estado entre a vida e a morte, e sua única esperança de sobrevivência é um funcionário de um hospital.
Direção de Kim Manners
Escrito por Steven Maeda
Sob a Superfície (Underneath) (#9x12)
Quando testes de DNA absolve um assassino que Doggett ajudou a ser preso há treze anos atrás, obcecado, tenta desesperadamente levá-lo de volta à prisão antes que ele ataque novamente, entrando assim em conflito com as teorias da agente Reyes e agente Scully.
Obs:Participação Especial de Arthur Nascarella como Duke Tomasick.
Dirigido e Escrito por John Shiban
Improvável (Improbable) (#9x13)
Quando a agente Reyes usa a numerologia para conectar os assassinatos de várias mulheres, Scully e ela se envolvem com um homem misterioso que pode ser o assassino.
Obs:Participação especial de Burt Reynolds como Sr. Burt.
Direção e Escrito por Chris Carter
Monstros Assustadores (Scary Monsters) (#9x14)
Um garoto parece ser o foco de misteriosos e mortais acontecimentos, envolvendo estranhas criaturas que aparentemente escondem-se em corpos humanos.
Direção de Dwight Little
Escrito por Thomas Schnauz
Eles nunca morrem (Jump the Shark) (#9x15)
Quando o artista desonesto Morris Fletcher afirma saber a identidade secreta de um supersoldado, os agentes Reyes e Doggett pedem ajuda aos Pistoleiros Solitários, que os levou a uma jornada para encontrar seu velho amigo, Yves Adele Harlow, suspeito de assassinar um professor universitário.
Direção de Cliff Bole
Escrito por Vince Gilligan, John Shiban, Frank Spotnitz
William (William) (#9x16)
Os agentes detêm um homem cheio de cicatrizes horríveis que tenta entrar no escritório dos Arquivo - X, para tentar descobrir sua verdadeira identidade... Um homem que Doggett acredita ser o Fox Mulder, as coisas ficam mais estranhas quando este mesmo homem ameaça a vida de William...
Direção de David Duchovny
Escrito por David Duchovny & Frank Spotnitz & Chris Carter
Libertação (Release) (#9x17)
Um cadete do FBI, aluno da agente Scully, tem um estranho instinto para solucionar crimes, uma incrível abilidade para traçar perfis de assassinos, põe uma nova luz no caso ainda não solucionado do assassinato do filho de Doggett.
Direção de Kim Manners
Escrito por John Shiban & David Amann
Dias Alegres (Sunshine Days) (#9x18)
Os agentes tentam decifrar uma série de mortes estranhas que estão ligadas a um homem que mora numa casa que é uma réplica exata da casa da série de TV The Brady Bunch, incluindo os próprios personagens do programa.Sua abilidade telecinética leva os agentes a acreditar que descobriram a prova para O Arquivo X.
Dirigido e Escrito por Vince Gilligan
A Verdade - Parte 2 (The Truth II)(#9x19)
Quando Mulder é acusado de assassinar Knowle Rohrer, os militares o colocam na prisão - e escutam testemunhas de um grupo de testemunhas de defesa que exigem as pistas de Mulder quanto à conspiração e existência de vida extraterrestre. Participação especial de William Devane como general Mark Suveg.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter
A Verdade - Parte 2 (The Truth II) (#9x20)
Com a ajuda de seus amigos, Mulder escapa da cela militar e embarca em uma jornada para encontrar o homem que pode mostrar a verdade sobre a conspiração governamental.
O episódio acaba, com a cena dos dois juntos em um motel, como a nove anos atrás, Scully deitada na cama ouvindo as confissões de Mulder e ele sentado no chão atento a ela, com a diferença que este episódio realmente é acaba com uma cena shipper os dois dividem a mesma cama,abraçadinhos ... (Eles só estão deitados, juntos, hein!)
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter