Procura Incessante ( Herrenvolk) (#4x01)
Mulder e Scully tentam proteger Jeremiah Smith do caçador alienígena. Enquanto isso, Jeremiah Smith apresenta a Mulder uma colônia canadense formada por clones de crianças, entre elas, Samantha. Jeremiah Smith conta que o projeto de colonização envolve a criação de uma nova espécie. Mas a única preocupação de Mulder proteger Jeremiah Smith é levá-lo até sua mãe para que ele utilize seus poderes paranormais e salve-a da morte, mas o Caçador de Recompensas reaparece, mata os clones e destrói a fazenda. Último episódio em que aparece o Sr. X, morto ao final da história, e passando a tarefa de manter Mulder informado sobre a conspiração para Marita Covarrubius (Laurie Holden). A partir desta temporada, Glen Morgan e James Wong voltam à equipe da série como produtores assistentes, roteiristas e revisores de roteiros.
Inquietação (Unruhe) (#4x02)
Os agentes investigam casos de seqüestro nos quais o seqüestrador deixava impressões psíquicas em fotografias.
Quando Scully torna-se a próxima vítima de um assassino psicopata, a única esperança de Mulder para impedi-lo de matar novamente são fotografias psíquicas que revelam as fantasias mais sombrias do louco. Mulder terá de estudá-las a fundo até compreender a mente criminosa e, assim, deduzir seus passos.
O Lar (Home) (#4x03)
Em uma pequena e tranqüila cidade do interior, a investigação da morte de uma criança, cujo corpo é encontrado acidentalmente em uma cova, perto de uma casa, na qual viviam uma família que não era vista há muito tempo.Exames realizados mostraram que o bebê tinha várias deformações genéticas e leva Mulder e Scully a uma incrível descoberta: uma família que, devido à procriação por endogamia, tem gerado filhos deformados e assassinos. Um episódio assustador, especialmente quando os dois agentes tentam entrar na casa da família, com Mulder e Scully disparando suas armas para conter as aberrações.
Teliko (Teliko) (#4x04)
Quatro afro-americanos desaparecem e uma bizarra pigmentação nos corpos indica a presença de uma doença. Mas as investigações de Mulder levam a uma morte semelhante, ocorrida num vôo proveniente da África, e a uma planta tóxica da mesma região. Após descobrirem que a glândula pituitária das vítimas fora destruída, eles prendem um imigrante africano com uma peculiaridade: ele não tem uma glândula pituitária.
O Campo Onde Morri (The Field Where I Died) (#4x05)
Por meio de uma denúncias o FBI é alertado sobre abuso de menores e a existência de armamento pesado na sede de uma seita religiosa. No local, Mulder tem um pressentimento e encontra 6 mulheres prontas a cometer suicídio. Uma delas chama a atenção de Mulder, Melissa (Kristen Cloke) parece sofrer de múltiplas personalidades e ela afirma que eles se conheciam de vidas passadas. A Princípio, essa mulher demonstra possuir esquizofrenia mas Mulder descobre que ela consegue relembrar de suas vidas passadas. Ele se submete à regressão hipnótica e descobre que a história era verdadeira, e ainda que Scully e o Canceroso faziam parte de suas vidas passadas.
Obs.:Kristen Cloke trabalhou na série Comando Espacial. Episódio escrito pela dupla Glen Morgan e James Wong.
Sanguinário (Sanguinarium) (#4x06)
Uma série de mortes misteriosas que assolam uma clínica de cirurgia plástica levam Mulder a acreditar que talvez elas não sejam resultado de erro médico e sim de sacrifício humano.
Meditações sobre um Canceroso (Musings of a Cigarette Smoking-Man) (#4x07)
Frohike, um dos Pistoleiros Solitários, monta o que poderia ser o segredo por trás do misterioso passado do Canceroso e revelam a história para Mulder e Scully. Suas especulações talvez lhe custem a vida.
Episódio narrado em flashback que mostra como surgiu o homem conhecido como Canceroso que pode ter sido responsável por mortes como a de Martin Luther King e a do Presidente Kennedy, e até por derrotas de times de futebol americano. Chris Owens,interpreta o Canceroso quando jovem.
Episódio escrito por Glen Morgan e dirigido por James Wong, numa versão bem humorada e bizarra do filme Forrest Gump- O Contador de Histórias.
Corações de Pano (Paper Hearts)(#4x08)
Mulder tem uma série de sonhos esquisito, em que é levado a um parque, onde lhe é indicado um determinado local. Quando ele vai ao lugar apontado, descobre o esqueleto de uma menina assassinada com um coração recortado de suas roupas.
Reconhecendo o modus operandi de um criminoso que ele prendera, o agente teme que essa descoberta indique haver mais vítimas do que as confessadas por Roche, cujos troféus são corações feitos com o tecido das roupas das vítimas, mas estes nunca foram achados.
Mulder descobre o paradeiro dos corações e mostra que havia mais três vítimas, ele desconfia que uma delas possa ser sua irmã. O criminoso revela a identidade de duas das três vítimas e então foge. Uma dúvida interessante sobre o assassino serial: teria ele raptado e morto a irmã de Mulder, ou ela realmente foi abduzida por alienígenas?
Tunguska, a Pedra da Morte (Parte 1-2) (Tunguska) (#4x09)
Como vingança por ter sido traído, Alex Krycek ressurge e promete expor o Canceroso e seu grupo.
Seguindo pistas, Mulder intercepta um mensageiro russo e confisca uma rocha, possivelmente alienígena, na qual há uma desconhecida e perigosa substância preta.
Em seguida, ele e Krycek partem para a República da Geórgia na Rússia para investigar a origem da misteriosa rocha, deixando Scully em Washington diante de um subcomitê do senado a quem ela nega revelar a localização de seu colega.
Terma, a Pedra da Morte (Parte 2-2) (Terma) (#4x10)
Um assassino russo sai da aposentadoria para eliminar todas as ligações com experiências americanas envolvendo o misterioso "câncer negro", que está sendo testado em prisioneiros de um gulag, Mulder e Krycek são capturados, mas Krycek mostra-se um agente duplo, conseguindo ficar fora da cela.
Durante os testes, Mulder é contaminado com o Óleo Negro, pela inoculação da varíola. Ele e Krycek conseguem fugir. O povo local corta seus próprios braços esquerdos para fugir dos testes. Krycek tem seu braço amputado. Mulder e Scully descobrem evidências dos testes americanos com o Câncer Negro, mas, a mando de Krycek, elas são destruídas.
Obs.:O prisioneiro da cela vizinha à de Mulder é interpretado por Stefan Arngrim, o menino Barry em Terra de Gigantes.
O Mundo Gira (El Mundo Gira) (#4x11)
Mulder e Scully vão a San Joaquin Valley seguindo um rastro de corpos deixados pelo que poderia ser o lendário Chupacabra, criatura que, de acordo com o folclore de Porto Rico, é cinza, não tem cabelo, tem corpo pequeno, a cabeça grande e olhos enormes e pretos,eles chegam a um assentamento de imigrantes mexicanos na Califórnia.
Os corpos de uma moça e de uma cabra aparecem desfigurados após uma chuva amarela.
Dois irmãos que lutavam pelo amor da garota são responsabilizados, e os agentes têm de investigar se eles são ou não da raça dos Chupa-Cabras.
Obs.:Depois desse episódio, o Chupacabra acabou entrando no noticiário brasileiro como um dos "primos" do E.T. de Varginha.
Oração para um morto (Kaddish) (#4x12)
Um judeu é assassinado por neonazistas no Brooklyn. Quando os responsáveis começam a ser assassinados, Mulder e Scully têm de descobrir quem é o assasino.
Mulder suspeita que um golem, monstro de barro da mitologia hebraica que é criado pelo homem,
pode ser responsável pelas mortes de várias pessoas que espalhavam o ódio e haviam assassinado este judeu.
Nunca Mais (Never Again) (#4x13)
Durante as férias de Mulder,Scully fica encarregada de vigiar um russo suspeito de possuir informações de OVNIs.
Scully conhece um charmoso divorciado, pelo qual se interessa romanticamente. O rapaz possui uma graciosa tatuagem de uma garota em seu braço, que curiosamente parece ter vida própria e sente ciúmes de Scully.
Obs.: Jodi Foster dubla a tatuagem. A atriz Gillian Anderson separou-se do marido e namorou o ator Rodney Rowland, que interpretou o rapaz da tatuagem. Ele também estava no elenco de Comando Espacial, série criada pela dupla Glen Morgan e James Wong.
O Homem do Câncer (Leonard Betts) (#4x14)
Leonard Betts, um paramédico dedicado, tem sua cabeça decepada em um acidente. No entanto, seu corpo acéfalo sai andando do necrotério. Os agentes são chamados para investigar o caso deste humanóide altamente evoluído, possuidor de poderes de regeneração inimagináveis.
Este episódio muda, novamente, o rumo da personagem Scully, quando lhe é revelado que ela sofre de câncer.
Lembranças Finais (Memento Mori) (#4x15)
Scully faz diversos exames e descobre que seu câncer não pode ser diagnosticado. Mulder começa a investigar as mulheres que foram abduzidas e nota que todas desenvolveram o mesmo tipo de câncer que Scully. A situação de Scully se complica.
Tentando encontrar uma forma de curar o câncer de Scully, Mulder fica desesperado e chega a pedir ajuda aos Pistoleiros Solitários e ao Canceroso.
Desprezado (Unriquited) (#4x16)
Militares de alto escalão estão sendo misteriosamente assassinados por algo que parece ser um homem invisível. Junto aos corpos, é deixada a carta da morte e a arma do crime nunca é encontrada. As investigações levam os agentes a suspeitar de Nathaniel Teager, um boina verde que capturado pelo inimigo em 1971 e dado como morto. Mas Teager ainda vive e estaria matando os comandantes para vingar-se por ter sido deixado de lado no Vietnã. Mulder acredita que ele desenvolveu uma técnica que os vietnamitas usavam, saindo do campo de visão.
Lapso do Tempo (Parte 1-2) (Tempus Fugit) (#4x17)
Após Max Fenig (Caçada Sangrenta- 1o. Ano) morrer em um desastre de avião,sua irmã Sharon Graffia, procura Mulder e Scully.
Os agentes juntam-se ao grupo de salvamento e começam a investigar o desastre. De acordo com o pessoal do controle de tráfego aéreo, um blip não identificado havia invadido o espaço aéreo do avião, após houve uma explosão.
A investigação leva a crer que um OVNI foi abatido por outra aeronave próxima do avião, o que gerou sua queda. Mulder mergulha em um lago onde poderiam estar destroços do avião e encontra o que parecer ser o corpo de um alienígena, muitas luzes, mostrando uma possível interferência do Governo.
Lapso do Tempo (Parte 2-2) (Max) (#4x18)
Enquanto a investigação da queda prossegue, Mulder é preso pelos militares por ter descoberto a existência de um local submerso onde um OVNI caíra. Após ser liberado, ele encontra descobre uma fita de vídeo no qual Max Fenig afirma ter provas de que os militares obtiveram tecnologia alienígena.
Sincronia (Synchrony) (#4x19)
Quando os pesquisadores Nichols e Menand começam a discutir na rua, um velho se aproxima de Menand para avisá-lo que ele será atropelado, no entanto, ele é preso por aborrecê-lo e minutos depois, o fato acontece. Mais tarde, o guarda que prendera o velho morre congelado como resultado de um produto químico que, aparentemente, veio do futuro.
Insignificâncias (Small Potatoes) (#4x20)
Cinco crianças em West Virgínia nascem com "rabinhos". Ao investigarem descobrem que as cinco mães eram pacientes da mesma clínica e, coincidentemente, todas as mães tinham o mesmo médico especialista em inseminação artificial. Scully descobre que todas as crianças têm o mesmo pai. Na clínica, trabalha um homem com uma incrível habilidade de mutação. Episódio com muito humor e uma sequência antológica com o mutante se transformando em Mulder e tentando seduzir Scully.
Não Restou Mais Nada (Zero Sum) (#4x21)
Aventura-solo do Diretor Assistente Skinner. Preso por um acordo com o Canceroso, que prometera a cura do câncer de Scully, Skinner vê-se obrigado a, secretamente, destruir todas as evidências de um ataque de abelhas, sumindo inclusive com o corpo da vítima. Ao investigar, Mulder especula em torno da hipótese de alguém ter criado um método de espalhar o vírus da varíola usando insetos.
Elegia (Elegy) (#4x22)
Os agentes suspeitam que um homem mentalmente perturbado tem uma conexão com as mortes de diversas jovens cujos espíritos tentaram fazer contato com os vivos. Pela primeira vez, Mulder e Scully se desentendem de verdade, a ponto de fazer Scully chorar.
Demônios (Demons) (#4x23)
Mulder acorda num quarto de hotel com as mãos e a camisa ensangüentadas. Ele telefona a Scully pedindo ajuda e logo revela estar com bloqueio mental. Sua arma fora disparada duas vezes. As pistas levam a uma casa, onde são encontrados dois corpos, o que torna Mulder o principal suspeito das mortes.
A Maior das Mentiras (Gethsemane) (#4x24)
Primeira de três partes. Mulder e Scully procuram a verdade quando um antropólogo descobre o que poderiam ser os restos congelados de uma vida extraterrestre, corpo some, mas o gelo analisado mostra a presença de elementos químicos desconhecidos. A mãe de Scully volta a aparecer. O episódio termina com o suposto suicídio de Mulder e sem as famosas palavras "to be continued" no final do episódio, que é marca registrada do final da temporada. Mais uma sutileza de Chris Carter para com os fãs.
