Criterios Generales de Muestreo.

• Todo el material que se use debe esterilizarse y envolverse.
• Al colectar la muestra hay que evitar contaminación del ambiente (polvo, tierra, agua, saliva).
• Rotular o etiquetar.
• Consignar información que pueda afectar la prueba o el significado del resultado. Por ejemplo la presencia de algún conservador, olor, color, condiciones de conservación, temperatura.
• Para muestras sólidas se recomienda un peso de 100 gramos. Si se encuentra a granel o en recipientes o piezas grandes habrá que retirar porciones de diferentes puntos para integrar una muestra representativa. O bien manejar varias muestras independientes de áreas que se considere pueden tener mayor riesgo.
• En productos como carne y pescado deben tomarse muestras de la superficie y profundas (minimizando la contaminación de la superficie).
• En alimentos congelados  se pueden usar sacabocados para tener muestras sin descongelar.
• Transportar muestras de alimentos perecederos bajo refrigeración (2-8°C) o en congelación si son alimentos congelados. Evitar agua de deshielo que pueda contaminar el alimento.
• Acortar el tiempo comprendido entre recolección y entrega de la muestra.
• Muestras líquidas deben encontrarse homogéneas, emplearse de 100 a 500 ml.
• Obtención de muestras superficiales mediante transferencia de pedazos con la ayuda de bisturí y pinzas, uso de isopos inertes estériles humedecidos en solución diluyente estéril.

Para determinar anaerobios estrictos se debe exponer lo menos posible a la atmósfera y usar líquidos de dilución con bajo potencial redox como el medio de Stuart (a partir de tioglicolato) o medio enriquecido para clostridios (con cisteína).