Borja es una ciudad milenaria, donde han convivido de forma pacífica cristianos, musulmanes y judios. Sus origenes se remontan al siglo V a.C. cuando ya existía una población celtibérica, denominada Bursau, en el Cerro de la Corona, situado cerca de los actuales restos del castillo.

Tras la conquista romana (siglo I a.C.) se inician los asentamientos en las laderas del cerro, aunque su mayor auge se produjo en el siglo VIII, con la llegada de los musulmanes.

En el siglo XII es reconquistada por los cristianos, y en los siglos XV y XVI se convirtió en una fortaleza militar, frente a las invasiones castellanas, llegando a recibir del rey Alfonso V el título de Ciudad en 1438. Durante el reinado de los Reyes Católicos son expulsados los judíos, que formaban una comunidad importante en Borja.
Estos dos siglos representaron un periodo de prosperidad para Borja, y fue la época en la que se contruyeron la mayor parte de los monumentos y casas palaciegas que existen en la actualidad.

Los siglos XVII y XVIII fueron periodos de recesión, enfermedades y sequía. En el siglo XIX se inicia la recuperación económica y se construye la linea ferroviaria Borja-Cortes de Navarra, que ayudó a la prosperidad de la ciudad.

Durante el siglo XX, la actividad agraria sobre la que estaba basada la economía de Borja fue perdiendo peso específico, y no se llega a producir el auge industrial que benefició a otras ciudades, por lo que Borja fue perdiendo peso económico y político, y una parte importante de su población tuvo que emigrar en busca de nuevas oportunidades en las zonas industriales.

En los últimos años del siglo XX, Borja ha consolidado su economía tradicional, mediante la tecnificación de su agricultura y la calificación con Denominación de Origen de sus magnificos vinos. También se está consolidando y modernizando un sector servicios en constante auge, que le permite atender con profesionalidad la demanda del turismo. La actividad industrial, aunque de forma incipiente, se empieza a implantar en el Polígono Industrial "Barbalanca", y ha favorecido el cambio de tendencia a la despoblación, ya que permite a los jóvenes tener un futuro asegurado en su localidad de origen.

Otra de las características de Borja es su compromiso con el mantenimiento del Medio Ambiente: Borja fue el primer municipio de Aragón que recibió en el año 2.001 el premio ''Bandera Verde-Ciudad Sostenible'', concedido durante 5 años consecutivos por la Federación de Usuarios y Consumidores Independientes de España, por la labor realizada en materia medioambiental, y en el año 2.002 ha recibió el ''Premio Medio Ambiente de Aragón'' que el Gobierno de Aragón concede anualmente para reconocer las acciones a favor del Medio Ambiente.