En los alrrededores de Borja hay numerosas rutas por los que se puede circular con bicicleta, tanto de carretera como de montaña.

Las rutas pueden ser muy variadas: desde caminos muy pendientes, hasta cómodos paseos entre pinos, encinas o campos de cultivo.

Los caminos mas utilizados son los que llevan al Santuario de Misericordia, a la Estanca, y el que utiliza la antigua vía del tren, desde Borja hasta Cortes de Navarra.

Desde los caminos que recorren la Muela Alta y Baja hay magnificas vistas del Valle del Huecha, el Moncayo, y el Valle del Ebro.