Lançado em 1998, a primeira aventura dos agentes mais famosos do FBI na telona agradou em cheio os fãs do seriado e também aos amantes de um bom filme de ficção-científica. O filme, situado cronologicamente entre as temporadas 5 e 6 da série de TV, serviu para apresentar Mulder e Scully para um novo público, além de incluir mais detalhes na já complexa mitologia da série, envolvendo alienígenas e a conspiração governamental.
O filme inicia a trinta e cinco mil anos antes de Cristo onde, no local onde seria o futuro Estado americano do Texas, dois homens pré-históricos correm e, ao chegarem em uma caverna, são atacados por uma criatura que, ao que tudo indica, não é deste planeta. Nos dias atuais, no que seria o mesmo local, um garoto cai na caverna, sendo tomado por um óleo negro, o mesmo que dominou um dos homens a milhares de anos. A partir daí, uma trama é criada para que os corpos infectados possam passar por vítimas da explosão de um prédio federal. Mulder e Scully, que não estão mais no Arquivo X (o departamento foi fechado no episódio final da 5ª Temporada, “O Fim”), acabam envolvidos com a explosão e, enquanto são investigados sobre o ocorrido, acabam descobrindo a verdade sobre a trama e as supostas vítimas. Quando Mulder é contatado por dois homens, o Dr. Kurtzweill e o Homem das Mãos Bem-Feitas, ele descobre a verdade sobre a presença dos alienígenas como o primeiro ser a viver na Terra, os planos de colonização dos alienígenas, o pacto com o governo e o desenvolvimento de uma vacina para impedir que a raça humana se torne escrava dos colonizadores. A partir daí, a busca de Mulder pela verdade ameaça novamente os planos do Sindicato, que acaba seqüestrando Scully e atirando em Mulder. O agente mais uma vez conta com a ajuda de Skinner e dos Pistoleiros Solitários para poder ir salvar a parceira.
O filme também trouxe uma cena que, se tivesse sido completada, teria sido um deleite para a maioria dos fãs: quando Mulder e Scully finalmente trocariam o primeiro beijo, Scully é picada por uma abelha que contém o vírus alienígena. Ainda não era para os agentes ficarem juntos...
Também foi no filme que Mulder presenciou várias imagens que provam a existência de vida alienígena. Na base na Antártica, Mulder pôde ver os alienígenas se desenvolvendo dentro dos corpos humanos; além disso, diante de uma desacordada Scully, Mulder vê um enorme disco-voador sair do meio de uma geleira e voar.
Ao final do filme, o Canceroso mostra que os testes envolvendo as abelhas continuam e que, a prova apresentada por Scully diante do comitê investigativo – uma abelha alterada geneticamente – foi capaz de conseguir aquilo que o Sindicato e outros membros do governo tanto temiam: a re-abertura dos Arquivo X, com Mulder e Scully de volta ao antigo departamento.

 

Momento piada: Mulder fazendo xixi no muro onde está o pôster do filme "Independence Day".