Durante el Concilio Vaticano II, del que fue perito (consultor) y posteriormente teólogo oficial, Ratzinger mantuvo una línea liberal y fue coautor de una muy comentada ponencia en la que el entonces cardenal-arzobispo de Colonia, Josef Frings, abogó por una profunda renovación en la Iglesia católica. Ratzinger fue además durante años compañero de fatigas de Hans Küng, el más destacado de los teólogos críticos de Roma y al que el Vaticano retiró la venia docente en 1979 por sus cuestionamientos a la infalibilidad del papado.

   En sus numerosas publicaciones teológicas, Ratzinger aboga por un refuerzo en el ecumenismo entre las confesiones cristianas y reitera una y otra vez que lo importante es la relación personal del ser humano con Dios. Cuando el periodista Peter Seewald le pregunta en el libro-entrevista "La sal de la tierra" (en español publicado por Palabra) "¿cuántos caminos hay hacia Dios?", el cardenal contesta: "Tantos como personas hay en el mundo".

   No obstante, al mismo tiempo, como prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe defiende la institución Iglesia a ultranza y trata de proteger el carisma transmitido en los dos últimos milenios en momentos de creciente relativismo moral y religioso. A la pregunta de qué camino debe recorrer la Iglesia en los próximos cincuenta años, contesta que "tendrá que afrontar un diálogo cada vez más intenso con las demás religiones, sobre todo con el Islam y las religiones místicas de Asia", y considera por ello que "en esta situación tendrá que reforzar su propia identidad".