Durante décadas recomendou-se reduzir o consumo de ácidos graxos para reduzir os riscos de doenças cardiovasculares. Isto deveu-se a constatação de que elevadas quantidades de LDL-colesterol (o colesterol de baixa densidade, ou mau colesterol) no plasma sangüíneo, estão associadas com o maior risco de desenvolvimento de doenças cardiovasculares.

Estudos recentes mostraram que são os ácidos graxos saturados que estão associados aos altos ríscos de se desenvolver doenças cardiovasculares, e que os ácidos graxos insaturados reduzem este risco.

Então, a composição e distribuição dos ácidos graxos no óleo determinam o seu valor nutricional, sabor, propriedades físicas, e seu efeito sobre a saúde. Uma relação 4:1 entre ácidos graxos poliinsaturados:saturados é considerada ideal para um óleo de boa qualidade.

O óleo corresponde, em média, a 20% da matéria seca dos grãos de soja, enquanto que a maioria das leguminosas (exceto o amendoin) contém de 2 a 14% de óleo. Aproximadamente 40% das calorias da soja são fornecidas pelo seu óleo. O óleo de soja é utilizado tanto na indústria, quanto na alimentação. O óleo de soja é o óleo de cozinha mais conhecido. Os chamados óleos vegetais são geralmente óleos de soja.

A maior parte do óleo de soja é composto por gordura insaturada. Ácidos graxos poliinsaturados (ácido linolênico e linoléico), monoinsaturados (ácido olêico) e saturados (ácido palmítico e esteárico) correspondem, em média, a 61%, 25% e 15%, respectivamente. O ácido linolênico (componente da fração poliinsaturada do óleo), qe corresponde, em média, a 7% da composição do óleo, é um ácido graxo ômega-3. A soja é uma das poucas fontes vegetais de ácidos graxos ômega-3. Ácidos graxos ômega-3 são nutrientes essenciais para crianças e podem ajudar a reduzir os riscos tanto de doenças do coração quanto de câncer.

Alguns alimentos de soja são isentos de gordura. Farinha de soja desengordurada não possui gordura, e a quantidade de gordura na proteína texturizada de soja é insignificante. Também são disponíveis tofu com teor de gordura reduzido, e leite de soja com teor reduzido ou ausência de gordura, para consumidores que necessitem diminuir a gordura em suas dietas.