A Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul surgiu na tarde de 10 de abril de 1935, resultado de uma fusão de dois clubes tradicionalmente rivais de nossa cidade, com a denominação de Grêmio Esportivo Flamengo.
Porém, nossa fusão possui uma história de muita maior amplitude. Duas entidades de muito prestígio na década de 30, Rio Branco, a qual reunia seus moradores para a prática do desporto e atividades sociais, e vizinho a este, no Bairro São Pelegrino, o clube Ruy Barbosa.
Como conta a história, na época existia um grande evento anual de escolha de Rainha dos Clubes de Caxias do Sul, onde a escolhida seria apontada através da compra de votos. Presentes neste evento, estavam os principais clubes da cidade, dentre eles o Esporte Clube Juventude, promotor do evento do mesmo ano. Considerando que a escolhida seria apontada através da compra de votos, Rio Branco e Ruy Barbosa, que uniram-se em torno de um único propósito, ou seja, duas rivais torcidas lideradas pelos seus dirigentes, formaram uma única entidade, nascendo então o Grêmio Esportivo Flamengo.
 

O Flamengo ao longo de sua existência, participou e conquistou inúmeros campeonatos citadinos e outros regionais. O período de conquista do Flamengo teve seu ápice na década de 60 com a conquista do título de campeão do interior.

O Flamengo foi um dos primeiros clubes a fazer parte da elite do futebol profissional gaúcho, juntamente com os clubes da capital, disputando na época o chamado Campeonato Metropolitano, hoje Campeonato Gaúcho.

Em 14 de dezembro de 1971, em virtude de dificuldades financeiras do clube, o departamento de futebol do Flamengo une-se ao Departamento de Futebol do Juventude, que enfrentava situação semelhante, originando a ACF (Associação Caxias de Futebol), nas cores preto e branco.

A ACF durou até 1975, quando, em razão da desistência do Juventude na referida fusão, o empresariado local decidiu apoiar financeiramente o clube, desde que este continuasse carregando o nome da cidade, surgindo então a Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul.

A S.E.R. Caxias nasceu grande, tanto que, no primeiro ano de existência conquista o direito de participar do Campeonato Nacional de 1976. Para a época foi uma conquista espetacular, pois fora a dupla Grenal, nenhum outro clube gaúcho havia estado entre os grandes do futebol brasileiro. Os anos de 1977 e 1978 também foram brilhantes para a S.E.R. Caxias. No Campeonato Gaúcho, ficou em terceiro lugar, conquistando o simbólico título de campeão do interior. No Campeonato Brasileiro reprisou a excelente colocação de estréia: vigésimo primeiro lugar entre 62 clubes, e décimo lugar entre 74 participantes.

Depois de 1979, participou ainda de outros Campeonatos Brasileiros, porém não mais na série principal e com o brilhantismo inicial.

Em 1990 sagrou-se vice-campeão gaúcho, habilitando-se assim a disputar a Copa do Brasil do seguinte ano. Novamente foi o primeiro clube do interior a participar de uma competição nacional. Durante a década de 90 o Caxias teve discretas participações nos campeonatos nacionais disputados, mas sempre foi força ativa e predominante a nível regional.

No ano de 2000, após brilhante campanha, o Caxias sagrou-se Campeão Gaúcho sobre o Grêmio. Com esse título o Caxias conquistou também o direito de participar da Copa do Brasil do ano seguinte.