Pero solo cuatro días después el gobierno decidió transformar la unidad en Batallón de la Guardia Nacional Movilizado, recibiendo el nombre de “Chacabuco”, en recuerdo de la batalla del 17 de Febrero de 1817, en la que el ejército argentino de “Los Andes” venció a las tropas realistas y pudo ocupar Santiago.

La unidad apenas logró un poco de cohesión fue trasladada a Antofagasta donde culminó su adiestramiento, a fines de Octubre de 1879, la unidad fue embarcada como parte de las fuerzas destinadas a ocupar el departamento peruano de Tarapacá

Desembarcado en Pisagua tras los combates de ese lugar, permaneció en dicho lugar hasta que fue trasladado al interior, no participó en la batalla de Dolores.

A fines de Noviembre formó parte de las fuerzas enviadas a Tarapacá a destruir lo que se creían los restos desmoralizados del ejército aliado. El 27 de Noviembre de 1879, la unidad tiene su bautismo de fuego, al entrar en combate en Tarapacá, como parte de las tropas que dirigía Coronel Luis Arteaga, debió entrar apresuradamente en combate como apoyo de las tropas del Teniente Coronel Ricardo Santa Cruz, quienes se batían con las de la 2° división peruana.

Al final de la jornada las derrotadas tropas chilenas iniciaron la retirada, luego de sufrir graves bajas, el “Chacabuco” perdió en esta batalla 105 hombres entre muertos y heridos, entre ellos el segundo comandante de la unidad Sargento Mayor Graduado Polidoro Valdivieso.

Reorganizado tras este revés, la unidad fue incorporada a la 3° división, en Febrero de 1880 fue trasladado como parte de las tropas chilenas destinadas a ocupar Tacna, siendo desembarcado en el puerto peruano de Ilo.

Permaneció en esta zona hasta Abril, cuando recibe orden de avanzar por tierra hasta el río Sama, lugar de concentración del ejército chileno.

Al fin a fines de Mayo la unidad se pone en movimiento contra la ciudad de Tacna, participa en la batalla de ese nombre el 26 de Mayo de 1880, no participa del primer choque y debe contemplar esperando ordenes el contrataque aliado contra las fuerzas de la primera ola de choque, por fin recibe orden de avanzar al combate, en refuerzo de la 2° división chilena, mezclada con tropas de esta gran unidad participa en la ofensiva que culminará con la victoria chilena, el precio pagado por la unidad fueron 9 muertos y 40 heridos.

Permanece acampado en Tacna, siendo transformado en Regimiento el 2 de Agosto de 1880, incorporado ahora a la II Brigada de la 1° División, vuelve a salir a campaña en Noviembre de 1880, siendo desembarcado en Pisco, en dicho lugar permanece hasta que la división completa recibe ordenes de ponerse en movimiento por tierra hacía el norte, debido a las dificultades que implicaba realizar la marcha es demorada su partida, y apenas iniciada recibe contraorden y es reembarcado y desembarcado con el grueso del ejército chileno, es acampado en la hacienda de Lurín, donde permanece hasta el 12 de Enero de 1881, cuando recibe orden de ponerse en marcha hacía Chorrillos.

El 13 de Enero de 1881, le corresponde una activa participación en la batalla de Chorrillos, participando en los combates de Villa, Santa Teresa y luego del morro Solar, donde pasa por momentos difíciles ante un contrataque peruano, pero finalmente con la llegada de refuerzos desde San Juan se alza vencedor.

Permanece el 14 reorganizándose, y el día 15 debe volver a ponerse en marcha al estallar sorpresivamente la batalla de Miraflores, la 1° División entra en acción a la derecha de la 3°, cargando de frente contra los reductos peruanos.

Terminada la batalla de Miraflores resulta posible realizar un balance de las bajas de la unidad, del total de 914 hombres que entraron en combate el día 13 de Enero, 375 estaban muertos o heridos el 15, es decir la escalofriante cifra de un 41% de bajas.

Desde el inicio de la guerra hasta la caída de Lima la unidad perdió en combate un total de 529 hombres, casi el equivalente a un batallón de Infantería completo.

La unidad es trasladada al Callao, y luego a Lima, como premio el gobierno transforma a la unidad en un batallón de Línea, es decir del ejército regular, siendo rebautizado como Batallón 6° de Línea “Chacabuco”. Permaneció con las tropas que ocuparon Perú hasta el final de la guerra, participando en varios combates y acciones en la sierra peruana, siendo el más importante el combate de Concepción, cuando la 4° Compañía completa del batallón, de poco más de 60 hombres (poco más de un tercio de su efectivo nominal de 153 hombres), junto a una docena de enfermos fue totalmente exterminada hasta el último hombre tras una heroica resistencia de unas 18 horas, entre los días 9 y 10 de Julio de 1882.

A su regreso a Chile la unidad no fue disuelta, permaneciendo en activo en el ejército chileno hasta 1891.