Dadas las condiciones logísticas deplorables del ejército, el comandante ordenó que antes del final de Noviembre se debía retirar al ejército a Arica, la retirada empezó el 26 de Noviembre cuando se despachan a Pachía dos divisiones a las que debían seguir las otras cuatro el 27, pero inesperadamente una fuerza chilena al mando del Coronel Luis Arteaga logró localizar al ejército, pero fracasó al intentar una sorpresa, esta fuerza chilena fue derrotada, con fuertes bajas, logrando el ejército capturar el único estandarte chileno que los ejércitos aliados tomaron durante toda la guerra, además de 60 prisioneros y una batería de 8 cañones.

Luego de esta batalla, el 28 el ejército inició una penosa marcha hasta el puerto de Arica, esta marcha debió realizarla por la precordillera, ante el peligro constante de que los chilenos intentarán cortar la marcha.

Llegado a Arica, fue destituido el comandante del ejército, y junto a varios jefes fueron sometidos a proceso.

Luego de reorganizado el ejército fijó su cuartel general en la ciudad de Tacna hasta mediados de Mayo de 1880, cuando, dependiendo ahora de un mando boliviano, fue trasladado luego de varias marchas y contramarchas al "campo de la alianza", donde combatió al Ejército chileno cuando invadió el departamento.

Nuevamente derrotado, logró retirarse a Arequipa, pero dejó en Arica dos divisiones, que fueron totalmente aniquiladas por los chilenos el 7 de Junio de 1880, luego de un glorioso combate. De 7.500 hombres que formaban el ejército, solo fueron reagrupado menos de 2.000.

En Arequipa, el ejército fue nuevamente reorganizado, y permaneció en dicho lugar hasta Agosto de 1884, cuando se disolvió ante la llegada de Tropas chilenas al mando del Coronel Velázquez.

Col. Artillería de Costa

Brigada de Artillería

Cazadores de Cuzco Nº5

Cazadores de la Guardia Nº7

Regimiento de Caballería Húsares de Junín Nº1

2 de Mayo

Zepita Nº2

2º de Ayacucho

Guardia de Arequipa

Iquique Nº1

Cazadores de Tarapacá

Col. Loa

Col. Tarapacá

Col. Naval

Col. Gendarmes

Col. Celadores

1º Ayacucho Nº3

Provisional de Lima Nº3

Col. Voluntarios de Pasco

Cazadores de Puno Nº6

Lima Nº8

Regimiento de Caballería Guías Nº3

Escuadrón Castilla

BI Lima Nº11

Granaderos de Cuzco Nº19

BI Zepita Nº1

BI Cazadores del Misti Nº15

BI Pisagua Nº9

BI Arica Nº27

BI Victoria Nº4

BI Huascar Nº13

BI Ayacucho Nº3

BI Arequipa Nº17

BI Cazadores del Rimac Nº5

BI Lima Nº21

BI Cazadores de Piérola Nº25

BI Artesanos de Tacna Nº29

BI Granaderos de Tacna Nº31

BI Tarapacá Nº23

BI Iquique Nº33

Columna Gendarmes

Columna Agricultores de Para

Columna Artesanos

RC Húsares de Junín Nº1

RC Guías Nº3

Flanqueadores de Tacna Nº5

Escuadrón Lluta

BI Ayacucho

BI Apurimac

BI Grau

BI Lima

BI 2 de Mayo

BI Libres de Cuzco

BI Tarapacá

BI Legión peruana

BI Piquinza

BI Piérola

BI Paruro

BI Andahuailas

General Juan Buendia (hasta Diciembre de 1879)

Contralmirante Lizardo Montero