A fines del año 1879, al enterarse el mando chileno de que el puerto de Ilo quedo desguarnecido a causa de la rebelión en Perú se decidió enviar una pequeña expedición a Ilo a fin de tantear las defensas aliadas y crear confusión, pero el jefe de la expedición Teniente Coronel Aristídes Martínez decidió ir a pasar el año nuevo a Moquegua, fin de la línea férrea, a pesar de los contratiempos que sufrió a su regreso, regreso sin problemas esta expedición fue llamada la "Calaverada de Moquegua".

Una vez decidido el lugar de donde debía desarrollarse la siguiente campaña, se determinó además que el lugar de desembarco sería el puerto de Ilo, la campaña se inició en Febrero, ocupando sin problema el puerto, inmediatamente se estableció una avanzada en la estación de Conde.

Una vez establecido el ministro Sotomayor se encontró con la decidida oposición del general Escala para realizar nuevas operaciones, pero finalmente vencida esta resistencia se decidió despachar a la 2° División contra Moquegua a fin de limpiar de enemigos el sector y permitir el avance de las tropas hacía Tacna, al mismo tiempo a fin de distraer de la verdadera intención de los chilenos al mando aliado, se despachó por mar una parte de la 4° División del Coronel Barboza contra el puerto de Mollendo, esta expedición culminó en el saqueo e incendio del puerto, lo que fue ocultado a pesar de que Barboza ordenó iniciar un sumario contra cuatro oficiales del RI 3° de Línea implicados.

La expedición contra Moquegua fue puesta bajo el mando del General Baquedano, esta fuerza dificultosamente logró pasar el desierto y ocupar la ciudad, las fuerzas defensoras se retiraron a las posiciones de Los Angeles, desde donde tras un atrevido asalto Baquedano logró desalojarlas.

Con el flanco cubierto no existía excusa para retrasar el avance, pero las malas relaciones entre Escala y Sotomayor tocaron fondo, debiendo el ministro ordenar la separación del mando del General, el gobierno se encontró entonces con la disyuntiva de nombrar sucesor para Escala, muchos pidieron a Vergara, pero ese nombramiento traería un gran resentimiento por parte de los militares, por lo que se decidió que lo mejor sería nombrar a Baquedano, quien idolatraba a Sotomayor, y con el que no tendría problemas.

Entre tanto una patrulla chilena al mando del Teniente Coronel Duble Almeyda fue destruida por los peruanos en Locumba, razón que permitió a Vergara tomar la caballería y dar una batida general a fin de abrir el camino a Tacna al ejército, luego de una dura persecución finalmente logró derrotar al Escuadrón "Flanqueadores de Tacna" y a los guerrilleros en Buenavista.

Con esto, el ejército inició la marcha hacía el sur, la 1° y 3° divisiones desde Ilo, la 2° desde Moquegua y la 4° con la artillería desde la caleta de Ite, cuando se hubo completado la concentración ocurrió la peor desgracia, el gran Ministro y organizador de la victoria, don Rafael Sotomayor fallecía en el campamento chileno, esto produjo un gran desconcierto en el mando, el cual fue finalmente entregado a una suerte de triunvirato compuesto por Baquedano, Velázquez y Vergara.

Pero Baquedano cooptó fácilmente a Velázquez y Vergara a fin de evitar roces con Baquedano se le subordinó. Con este mando se emprendió la marcha hacía la batalla decisiva de la campaña.

En el campo aliado al que no hemos prestado mucha atención se había optado por mantener un dispositivo estático, limitándose a establecer una línea fortificada en las afueras de Tacna, la que fue rebautizada como "Campo de la alianza", permanecían en el el ejército boliviano y seis divisiones peruanas, otras dos divisiones fueron dejadas para la protección de la plaza fuerte de Arica.

Como plan de batalla Vergara propuso realizar un envolvimiento al flanco derecho de las tropas aliadas, a fin de cortarles la retirada hacía el interior y cortarles el agua, pero Baquedano optó por un ataque de frente, el resultado de este asalto fue una sangrienta batalla, 14.000 chilenos y 10.000 aliados se batieron con ferocidad el 26 de Mayo de 1880, hasta que al final de la jornada unos 4.000 hombres estaban muertos o heridos y otro millar eran prisioneros de los chilenos.

Enviadas fuerzas de caballería en persecución de los restos de los ejércitos aliados estas creyeron encontrar una fuerza organizada al ser enfrentados por dispersos, inmediatamente fue enviada la reserva del ejército que casi no había participado en la batalla del 26, bajo el mando del Coronel Pedro Lagos, pero no logró resultados. Este hecho marco una ruptura definitiva entre Baquedano y Vergara ya que este último herido en su amor propio al ser rechazado su plan y al haber ordenado Baquedano a los comandantes de la caballería no obedecerle a su Comandante General, cosa que casí tiene graves resultados cuando Vergara ordenó a los "Granaderos" cargar sobre los aliados que perseguían a la 1° División a fin de alivianar la presión, y el comandante Yabar se negó por no tener una orden directa de Baquedano, finalmente el problema se zanjó y los "Granaderos" cargaron, pero Vergara al tener noticias de la existencia de una "fuerza organizada" aliada, telegrafío al gobierno señalando que el ejército aliado se retiraba intacto.

Mientras tanto diversas partidas se habían despachado hacía la costa donde permanecían aún sin ordenes de marchar las dos divisiones peruanas del Coronel Bolognesi, necesitando que el puerto se abriera definitivamente a las fuerzas chilenas, Baquedano ordenó a lagos que con la reserva reforzado con el regimiento "Lautaro", caballería y artillería tomara Arica, para ese fin solo contaba con solo cien balas por soldado, por lo que su única esperanza de llevar a buen termino su misión era la rendición de la plaza o el asalto, por su parte Bolognesi se sabía perdido, tarde o temprano sus 1.900 hombres serían vencidos por los 5.000 sitiadores, pero valientemente el anciano Coronel optó por luchar hasta el final, mismo que demoró solo una hora y media, el 7 de Junio de 1880, a pesar de la valiente resistencia ofrecida por los defensores, estos fueron aplastados, cerca de 1.000 de ellos murieron, cumpliendo la consigna de su jefe "Luchar hasta el último cartucho".

Como reconocimiento a su valor los chilenos permitieron la repatriación de los cadáveres de Bolognesi, Moore y Zavala, muertos en la batalla.

Finalmente a causa de que tres oficiales del Lautaro fueron capturados mientras paseaban, por los guerrilleros que rápidamente se habían organizado, se comisionó una pequeña columna para darles una batida general, resultando de esta manera el combate de Taratá donde los guerrilleros fueron desbandados, terminando de esta forma la campaña.