El fundamento teórico que sirvió de base para usar información molecular con el fin de realizar una clasificación de los organismos es la siguiente. Todos los genes (=fragmentos de ácidos nucleicos con secuencias únicas de nucleótidos) sirven como un "plano" para la fabricación de proteínas específicas. Sin embargo, los genes son susceptibles a cambios en sus secuencias (estos cambios reciben el nombre de mutaciones); algunas veces, esto altera la proteína codificada. Las mutaciones genéticas que no afectan la función de una proteína o que la mejoran, se acumulan a través del tiempo. Si dos especies se derivan de un ancestro común, las secuencias de nucleótidos en sus genes también manifestarán cambios; en este caso, las secuencias nucleotídicas de ambas presentarán regiones comunes (por estar relacionadas evolutivamente) y algunas diferencias (por ser especies diferentes). A medida que transcurre el tiempo, las diferencias genéticas aumentan; entonces los investigadores pueden reconstruir el pasado evolutivo de las especies vivientes (pueden construir sus árboles filogenéticos al valorar los cambios en las secuencias de los genes). En el caso del ARNr, éste sirve como un "cronómetro molecular universal".

Como consecuencia de la aplicación de las técnicas de secuenciación, para realizar una clasificación con información filogenética, se encontró que el reino monera en realidad estaba formado por dos grandes grupos de organismos (bacteria y archaea), que aunque guardan gran similitud morfológica, son muy distintos desde el punto de vista genético y bioquímico. Los resultados de estos estudios revelaron que archaea es un grupo filogenéticamente único, con secuencias nucleotídicas muy distintas a las que presentan las bacterias comunes. Estudios posteriores a nivel bioquímico, han fortalecido la noción que el grupo archaea es diferente al grupo bacteria, en varios aspectos: la pared celular de archaea tiene diferentes componentes, pero nunca peptidoglucano que es un componente importante de la pared celular bacteriana; la membrana celular de archaea está compuesta de lípidos únicos, que son muy distintos en sus propiedades físicas, constituyentes químicos y enlaces, a los lípidos de las bacterias; las proteínas de archaea responsables de muchos procesos celulares críticos (tales como la transcripción y traducción genética) tienen distinta estructura de aquellas con la misma función, presentes en bacterias. La ARN polimerasa (importante en la transcripción) de archaea tiene más semejanza con la de los eucariotas que con las bacterias; los componentes proteicos de los ribosomas, que traducen los ARN de archaea, son también más parecidos a los que se encuentran en los eucariotas.

• Pared celular (excepto micoplasma, que son los procariotas más pequeños que se conocen).
• Membrana celular.
• Citoplasma
• Nucleoide
• Ribosomas

• Cianobacterias y Bacterias comunes (Dominio Bacteria).
• Microbios extremófilos (Dominio Archaea: metanógenos, halófilos, hipertermófilos, etc)

CIANOBACTERIAS (=cianófitas,=cianoclorontas,=algas verde-azules)

• Son organismos unicelulares, ya que cada célula puede existir independientemente de las demás.
• Parecidos estructuralmente a las bacterias comunes, pero son más grandes.
• Muchas están cubiertas de una sustancia mucilaginosa o mucilágeno.

• Es una capa viscosa y gelatinosa que envuelve externamente a las células.
• Está constituida de carbohidratos complejos (sustancias pécticas).
• Las protégé de la pérdida de humedad.

• La mayoría se encuentran organizadas en colonias filamentosas o globulares.
• Presentan pared celular (compuesta por ác. Murámico, glucosamina, y glucopiranosa).
• Son organismos fotosintéticos.

• Su principal pigmento fotosintético es la clorofila a (color verde); pero además, tienen ficocianina (color azul) y ficoeritrina (color rojo), estos últimos sólo están presentes en ellas y en las algas rojas.

• Usualmente se reproducen por fisión binaria; algunas por esporas y pocas por gemación.
• Producen una sustancia de reserva llamada almidón cianofíceo, solo producido por ellas.
• Son cosmopolitas o sea que viven en casi cualquier lugar: agua dulce o salada, superficies rocosas o troncos, aguas termales o regiones frías .
• Generalmente, las masas limosas de estanque u otras superficies están constituidos de algas verde-azules.
• Tienen importancia ecológica:

• Algunos son fijadores de nitrógeno (Nostoc, Oscillatoria,etc)
• Todas son fotosintéticas.
• Son colonizadores pioneros en la sucesión ecológica (fase inicial es la lava u otros sustratos rocosos).
• Participan en la degradación de la materia orgánica.

• Ejemplos de algas verde-azules más comunes: Oscillatoria, Anabaena, Nostoc, Rivularia, Chroococcus.