O Shinsengumi foi criado pelo Comissariado de Kyoto, com o objetivo de proteger acidade de Kyoto e combater os monarquistas.
Inicialmente, o Xogunato havia criado um exército chamado Roushi-tai, para defender o atual Xogum que iria viajar até Kyoto. O grupo contava com aproximadamente 240 membros e seu líder era Hachirou Kiyokawa. Após o término da viagem, Kiyokawa traiu o Xogunato, e tentou usar o grupo para lutar contra o próprio governo; assim foi dada uma ordem para que o restante do grupo voltasse a Edo, mas 13 deles ficaram em Kyoto: os grupos de Kamo Serizawa e Isami Kondou, que eram muito respeitados e temidos pelos inimigos, formando um novo grupo, o Roushingumi.
Como eles resolveram ficar por conta própria em Kyoto, significava que iriam trabalhar por si só, então resolveram trabalhar para o Comissariado de Kyoto, e foi dada a eles a missão de eliminar todos os monarquistas da cidade de Kyoto.
Com o passar do tempo, o Roushingumi foi ficando famoso, após ajudar a expulsar os monarquistas de Choushuu do Portão Imperial e principalmente após do Incidente da Hospedaria Ikeda.
Assim, o governo reconheceu a importância do grupo e o nomeou como Shinsengumi (algo como Grupo dos novos escolhidos ou o Novo grupo escolhido), que contava agora com aproximadamente 200 integrantes.
O uniforme dos integrantes do Shinsengumi era azul com detalhes em branco e sua bandeira era vermelha com um ideograma branco ao centro indicando fidelidade.
Ficaram conhecidos como "Miburo" ou "Lobos de Mibu", pois o QG do grupo ficava inicialmente no feudo de Mibu, Kyoto.
Os membros mais fortes do Shinsengumi foram os capitães das três primeiras divisões do grupo, Souji Okita, Shinpachi Nagakura e Hajime Saitou, além de Serizawa e Kondou.
Com o final do Bakumatsu e a derrota do Xogunato, o Shinsengumi deixou de existir e a maior parte de seus membros morreram, e restou aos sobreviventes do grupo, começar uma nova vida.
P.S: Um dos sobreviventes do Shinsengumi foi o Capitão da 3ª divisão, Hajime Saitou, que mais tarde trabalharia para a polícia e se tornaria delegado da polícia de Kyoto, adotando o nome de Gorou Fujita.