Japão, século XIX. Governado pelo Imperador Tokugawa, o arquipélago nipônico vivia isoladamente do mundo, não participando do cenário mundial. Tudo começa a mudar quando chegaram vários navios estrangeiros exigindo a abertura do Japão ao exterior. Desde então surgiram duas correntes políticas no Japão, uma que apoiava a abertura do Japão ao exterior: a Meiji Ishin e outra que apoiava aa idéia de o Japão continuasse como estava, ou seja isolada do resto do mundo: a Edo Bakufu. Com a formação dessas duas correntes políticas o inevitável aconteceu: uma nova guerra civil.
Como a guerra já era provável, a Edo Bakufu montou seu próprio exército, que ficou conhecido como Shinsengumi, a Meiji Ishin também montou seu exército, que levou o nome de Ishin shishi.
Assim a nova guerra explodiu, muitos assassinatos foram feitos e muito sangue foi derramado.Um samurai se destacou pelo número de pessoas que assassinava com sua espada, ele ficou conhecido como Battousai, o Retalhador.
Com fim da guerra e com a vitória da Meiji Ishin, uma nova era começou, a Era Meiji, assim Battousai, o Retalhador desapareceu; tornando-se uma lenda.
Então Battousai passa a ser um andarilho, assumindo o seu verdadeiro nome, Kenshin Himura, e que agora se recusava a tirar mais uma vida, para isso passou a usar uma sakabatou (espada com lamina invertida), que ao mesmo tempo servia para não matar ninguém e também servia para ajudar as outras pessoas, seu novo propósito.
Kenshin, agora andarilho,passa a vagar pelo Japão a procura de um lugar que possa descansar em paz, o destino o leva para Tóquio, onde conhece uma linda jovem chamada Kaoru, e passa a conviver com ela em seu dojo.A partir daí começa uma nova fase na vida de Kenshin Himura, o legendário Hitokiri Battousai.