Konflik berbau SARA di Halmahera bagian Utara ternyata makin hari makin berkembang kearah Bagian Halmahera yang lain, bagian yang kali ini agak dasyat adalah di Kecamatan Gane Timur wilayah Halmahera bagian selatan, konflik yang terjadi sejak tanggal 27 Januari 2000 ini telah menelan korban baik meninggal maupun luka-luka. Akibat terganggunya komunikasi dan transportasi ke Ternate sehingga kejadian ini baru di ketahui pasti pada awal bulan ini, menurut Sumber Pos Keadilan di lokasi kejadian suasana desa-desa di wilayah Kecamatan Gane Timur sudah mulai memanas sejak kerusuhan Tobelo dan beberapa tempat di Halmahera bagian utara dan bagian tengah. Konflik terjadi penyebabnya adalah :

1. Adanya efakuasi (eksodus ) warga Nasrani dari kecamatan lain yang terkena konflik seperti di Halmahera bagian tengah yaitu Oba, Gita dan Payahe di Ibukota kecamatan Maffa dan desa-desa basis nasrani seperti Lalubi, Fida dan Botonam
2. Lambanya pemerintah kecamatan menangani pengungsi dan tidak pro aktif mengendalikan provokasi yang dilsakukan oleh warga nasrani yang eksodus.
3. Lalainya warga muslim yang telah mengetahui bahwa provokasi yang dilakukan warga eksodus dan tetap memegang prinsip budaya yang kuat (yang diciptakan dengan kesan konflik etnis).

Berawal dari ketiga penyebab tersebut, di jelaskan saksi mata bahwa awal kejadian tepatnya di Desa Wosi (muslim) yang mayorotas etnis Makian melakukan persipan untuk do selamatan untuk naik haji ketika akan berlangsung pada tanggal l 27 Januari 2000, ternyata sejak pukul 06.00 wit telah terjadi penyerangan oleh warga nasrani dari tetangga desanya yang merupakan kumpulan tiga buah desa yaitu Lalubi sampai Fida dengan peralatan lengkap sedangkan warga muslim tidak mempunyai persipan samasekali, penyerangan yang terjadi hingga pukul 11.00 wit siang hari itu menelan korban dipihak muslim 13 orang sebagai syuhadah dan belasan luka-luka sedangkan dipihak nasrani belum diketahu. Kejadian serentak dengan pasikan nasrani yang jumlahnya jauh lebih besar ini sehingga sempat membumihanguskan 3 desa muslim yaitu Tanjung Jere, Taba Hijra dan Matuting.

Kejadian awal pada bulan Nopember 1999 yang lalu di Desa Durian oleh warga desa tetangga kemudian Desa boso dan akhirnya di desa Fulai dengan pasukan nasrani berhasil membakar Desa Fulai (muslim) kemudian konflik berhasil dilerai oleh aparat namun kembali muncul pada awal bulan Pebruari dan Sejumlah desa di Kecamatan Gane Barat bagian selatan akhirnya juga bobol dari koflik, desa yang semula komposisi penduduknya ada muslim dan ada nasrani ini, dilaporkan bahwa pada tanggal 2 Pebruari terjadi saling menyerang, konflik disebabkan pengaruh konflik di bagian timur (kec. Gane timur), Di Pasipalele, Jibubu, Yamli, Sekli, Yome. Sejak adanya kejadian diutara suasana semakin tegang, dan akhirnya warga nasrani mulai memanas-manasi warga muslim, diceritakan oleh sumber Pos Keadilan warga nasrani sebelumnya telah mempersiapkan ruma-rumah darurat di kebun yang diistilakan "befak", hal ini yang membuat warga muslim semakin tidak tertahan, korban penyerangan antara tetangga desa tersebut tercatat untuk muslim 5 orang, sedangkan dari pihak nasrani tidak diketahui yang jelas korban lebih banyak tutur sumber Pos Keadilan. Kondisi terakhir Masyarakat nasrani yang berada di bagian selatan Gane barat semuanya telah mengungsi di Ranga-ranga (nasrani)

Ranga-ranga (nasrani) di serang warga muslim, konflik ini beruntun karena kemarahan warga desa muslim mengetahui penyerangan ke Wosi adalah warga Ranga-ranga di ceritakan saksi ketika warga setempat sementara melaksanakan syukuran Doa selamatan Haji dan tidak menyangka samsekali akan adanya penyerangan, danpaknya masyarakat berkumpul dan menyerang Ranga-ranga, korban banyak di pihak Ranga-ranga.

Sementara di Jailolo pasukan jihad sekitar pukul 10.00 – 14.00 wit, dilakukan penyerangan penyisiran (istilah pasukan jihad) dan berhasil menyandera 6 orang dari Desa Boso ke Akelamo kao seterusnya ke Bayamahay, terjadi penyanderaan warga nasrani yang sempat di wawancarai salah satu kru Pos Keadilan " kami tidak lari karena kami tahu saudara kami yang muslim ini tidak berbuat jahat " ujar salah satu yang disandra ketika ditanya kenapa tidak melarikan diri, lanjutnya " kami sempat diperintahkan lari oleh pendeta saya melihat sebgian lain warga mengikuti namun kami tidak mau ". Para sandra tersebut sanpai sekrang dalam keadaan aman dan sehat serta di beri makanan. Keenam sandra tersebut ada 1 orang dari desa Akelaha dan 4 orang dari Tuguraci.

Di desa Lata-lata (nasrani) Kecamatan Bacan terjadi konflik lagi, serangan berasal dari warga kayoa karena dilaporkan korban 5 orang luka-luka dan 1 meninggal, sedangkan dipihak nasrani belum diketahui.

Keinginan masyarakat muslim Malifut yang terusir dari kampung halaman sejak nopember ’99 lalu paling tidak tepat tanggal 6 Pebruari 2000 ini sedikit terobati (walau hanya menginjakan kaki mereka di daratan malifut) namun dibayar mahal dengan korban meninggal dunia 8 (delapan) orang, puluhan luka-luka dan hanya beberapa jam saja pasukan nasrani dari arah utara kembali melakukan penyerangan sehingga kembali mundur di perbatasan Malifut.

Menurut Sumber Pos Keadilan yang berada difron melaporkan pasukan jihad yang bergerak sejak pagi dinihari sempat menguasai sampai ke jembatan Tahane dan merebut Pos Polisi Sektor Malifut (pertengahan Malifut) hingga pukul 6 sore. Ada hal yang menyakitkan karena selama merebut Malifut pihak aparat memblokade jalan sehingga bantuan makanan tidak sempat sampai di malifut padahal sebagian besar pasukan jihad sudah dua hari berada difront belum menikmati makanan.

Dari data yang ada kedelapan korban yang sempat di evakuasi baru 5 orang yang diketahui asal daerah yaitu masing-masing desa Sabale, Moti, Tobelo, Tidore (jawa) dan Matsa yang bernama Usman.