Na primeira década do século XVII, logo após o regresso de Nicolau Barreto com inúmeras "peças" (assim eram chamados os escravos, índios ou negros) capturadas, os paulistas lançaram-se ao sertão.

Sucederam-se, desse modo, as bandeiras de Diogo de Quadros (1606), Manuel Preto (1606-1607), Belchior Dias Rodrigues (1607-1609). Os primeiros guerreou os carijós, Manuel Preto voltou da região do Guairá com índios, utilizados em sua fazenda de Nossa Senhora da Expectação (atual bairro da Freguesia do Ó). As outras duas entradas seguiram para a região dos índios "bilreiros", tribo não identificada, provavelmente situada entre os rios Paraná, Paraguai e Araguaia. O certo é que a expedição de Martim Rodrigues foi totalmente destruída.

Em 1610 partiram as entradas de Clemente Álvares, Cristóvão de Aguiar e Brás Golçalves, todas dirigidas ao sertão dos carijós. No ano seguinte foi a vez de Diogo Fernandes e Pêro Vaz de Barros - este último à frente de uma bandeira organizada por D. Luís de Souza, filho de D. Francisco de Souza, destinada a apresar índios nas missões do Guairá para o trabalho nas minas de Araçoiaba. Em 1612, Sebastião Preto seguiu para o Guairá, retornando com muitos índígenas. Três anos depois, Lázaro da Costa tomou rumo sul, enquanto Antônio Pedroso Alvarenga conduzia sua bandeira para os sertões goianos, atingindo o Tocantins e seus afluentes.

Em 1623, partiram tantas bandeiras que São Paulo tornou-se quase que uma povoação só de mulheres e velhos. Nesse ano, penetraram no sertão, entre outros, Henrique da Cunha Gago e Fernão Dias Leme (tio de Fernão Dias Pais), além de Sebastião e Manuel Preto, que voltavam, mais uma vez, a caçar índios. No ano seguinte, os bandeirantes protestavam, indignados, contra uma provisão do governador, que destinava à Coroa a quinta parte dos indígenas capturados. O apresamento havia-se tornado uma atividade econômica de vulto. Devia, protanto, pagar impostos, da mesma forma que a pesca da baleia e o comércio de pau-brasil.

Organização das bandeiras

Por essa época, as expedições de apresamento e as de prospecção apresentavam formas de organização vastante diferentes. As primeiras, estruturadas militarmente pro D. Francisco de Souza e, mais tarde, pelos mestres-de-campo Manuel Preto e Antônio Raposo Tavares, reuniam milhares de índios, liderados por algumas centenas de mamelucos (mestiços) e portugueses. Dividiam-se me companhias com estados-maiores, vanguardas e flanqueadores. O armamento básico era o arco e flecha, mas contavam também com armas de fogo. As bandeiras de prospecção eram bem menores: alguamas dezenas de sertanistas que se esgueiravam pelas matas, procurando passar despercebidos às tribos guerreiras. Seu armamento era leve, para defesa contra eventuais ataques indígenas e de animais.