Numa época em que o Homem desafia a autoridade de Deus e tenta alcançar a sua posição,este manda para a terra umas criaturas,denominadas por Anjos,que têm a missão de destruir para tentar manter o Homem no seu devido lugar,mas claro o Homem não fica parado e trata de arranjar formas de combater esta ameaça á humanidade.Tudo começa quando no dia 13 de setembro do ano 2000 ocorre uma explosão no polo Norte,que fica conheçida como o Segundo Impacto(para quem não sabe,o Impacto dá-se quando dois Anjos se juntam),que provoca a morte e destruição a muitas pessoas.É para tentar travar esta ameaça que surge a NERV,uma organização que actua do governo pela defesa do futuro da população e que estuda os anjos para conçeber defesas.
Esta organização constrói armas muito poderosas para fazer frente aos Anjos,os EVANGELIONs.