Kenshin decidiu ir atrás de Makoto Shishio, um ex-Retalhador que pretende derrubar o Governo Meiji e tomar o poder do Japão. Apesar de não se entenderem muito bem, lado de Battousai, estará nas Batalhas Hajime Saito. Mas esta decisão de Kenshin deixou seus amigos Kaoru, Yahiko e Sanosuke revoltados por tê-los deixado de fora das lutas contra Shishio. Tudo isso é só o começo da Saga Shishio, uma das mais eletrizantes de Samurai X. Boa diversão!!!