A S.H.I.E.L.D. foi criada nos anos 60 como resposta a descoberta das operações da organização internacional conhecida como H.I.D.R.A. Para seu diretor foi convocado o ex-soldado americano e ex-agente da CIA, coronel Nicholas (Nick) Fury.

Embora seja uma organização internacional, a maior parte dos agentes e do financiamento da organização partem dos EUA. É por isso motivo de críticas e discussões já por muitos anos o papel de "agente do imperialismo americano" da S.H.I.E.L.D.

Na teoria, seu corpo de diretores é multinacional e somente a ONU pode autorizar ações da agência. Na prática, ela já foi usada como arma pelas potências ocidentais na Guerra Fria e contra governos "rebeldes" do terceiro mundo várias vezes.

Nick Fury mantêm o cargo de diretor da S.H.I.E.L.D. por décadas, tornando-se uma lenda viva. Diversas vezes seus métodos "diretos" o colocaram em confronto contra os burocratas, políticos e outros que controlam e fiscalizam a organização.