Casou-se com Alexandrina Augusta Alves de Abreu , com quem teve Harmódio Joaquim de Souza.
"Aos vinte e quatro dias de setembro de mil oitocentos e cinqüenta e nove, em cazas de morada de Francisco Fernandes de Moraes Gordo, com provisão do Reverendo Vigário da Vara e com licença do Reverendo Pároco depois de cumpridas as penitências em minha presença e das testemunhas abaixo assignadas, se receberão 'solenemente' em matrimônio em oratório particular Antonio Joaquim de Souza e D. Alexandrina Augusta Alves de Abrêo, elle filho legítimo de Manoel Joaquim de Souza e de Dona Maria Joaquina de Almeida, ella filha legítimas dos finados Joaquim do Amaral e Abrêo e de Dona Anna Alves Rodrigues, todos desta cidade, dispensados no quarto grao liquidos e conferi-lhes a bênção nupcial. Padre Manoel ... Camargo... (assinaram Francisco Fernandes de Moraes Gordo e José Fernandes Bastos)"
Irmão de Claudino (Silva Leme)
Inventário de Antônio Joaquim de Souza, falecido em 26 de julho de 1887, completo os dados:
Esposa do falecido: Alexandrina Alves de Souza (também falecida no ato do inventário, datado de 13/08/1887).
Filhos do casal:
Harmodio Augusto de Souza, casado com Auta Maurília de Campos Mello (Obs. - Harmodio, tutor, foi o inventariante.
Maria Augusta de Souza, casada com Cantídio Fernandes Bastos;
Anna Clara de Souza, solteira, com 16 anos;
Julieta Eufrosina de Souza, solteira, com 14 anos;
José Joaquim de Souza Sobrinho, 13 anos;
Antônio Joaquim de Souza, 12 anos.
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