Tendo sido lançado nos cinemas dos Estados Unidos em 01/09/2000 e em vídeo em 21/02/2001, em pouco mais de seis meses "Highlander: Endgame" tornou-se um dos mais editados filmes do Universo Highlander, com diversas versões diferentes circulando. As atualmente conhecidas são:
- "Working Version", versão de divulgação exibida para distribuidores e imprensa em agosto de 2000, antes do lançamento no cinema (com 110 minutos de duração, disponível apenas em cópias piratas em VCD e VHS)
- Versão cinematográfica americana (com 85 minutos de duração, já retirada de cartaz)
- Versão cinematográfica mundial (com alguns efeitos corrigidos, já retirada de cartaz)
- Versão comercial (igual à cinematográfica mundial, mas com edição melhorada e extendida para quase 100 minutos de duração, disponível em VHS e DVD)
- Versão "uncut rough", rascunho sem cortes distribuído como material extra junto com a versão comercial em DVD (com uma narrativa diferente e algumas cenas da "Working Version").

Meses antes da estréia de "Endgame", circulou pela internet um script datado de 01/09/1999, ou seja, escrito antes mesmo do início das filmagens, em novembro de 1999. Esse script foi retirado da rede por ordem judicial conseguida pelos produtores, alegando que o texto era uma fraude, e até hoje ninguém mais ousou divulgá-lo. O próprio Adrian Paul tentou leiloar pela internet uma cópia de outro script para caridade, e foi obrigado a cancelar a venda mesmo depois de já terem sido feitos os primeiros lances.

O script de 01/09/1999 possui nomes de personagens, datas e final diferentes, bem como uma história que foi muito mais aceita pelos fãs. Até onde se sabe, a "working version" é a que mais se aproximaria deste script. Essa versão e a "uncut rough" seriam também mais violentas que as outras, mostrando detalhes de cenas de decapitação, amputações, sangue e sexo. Algumas das cenas que aparecem apenas na "working version" foram divulgadas como material extra na versão comercial em DVD na seção de "cenas deletadas".

Sabe-se que muitas sequências foram refilmadas, alterando profundamente a história original, como mostram fotos feitas nos bastidores e fragmentos de filme resgatados do lixo que circularam pela internet antes do lançamento nos cinemas. Para aumentar a confusão, foram divulgados três diferentes trailers oficiais, contendo cenas com efeitos especiais que jamais foram incluídos em nenhuma das versões. Há ainda rumores sobre a existência de uma versão "director's cut" inédita, que teria sido vetada pelos produtores, proibindo sua divulgação.

Veja a seguir as diferenças conhecidas entre as versões:

Diferente das outras versões, a "Working Version" não inicia com Connor no Santuário, e sim em Glencoe com Heather, em 1555.

Na "Working Version", quando Connor é laçado com a corda pela cabeça, segue-se uma sequência em que Connor é quase linchado antes de ser preso, sendo espancado até desmaiar. Nas outras versões, Connor é laçado e em seguida já acorda na cela da masmorra.

Ao matar o padre Rainey, na "Working Version" Connor levanta-se com um olhar de remorso e balança a cabeça, indicando que aquilo não era realmente algo que ele queria ter feito. Kell teria visto isso, mas ainda assim atacou Connor. Nas outras versões, o remorso de Connor só é aparente ao matar Kell.

Uma cena dos trailers mostra Kell e seus alunos saindo de uma barreira de chamas. Este fragmento faz parte de uma sequência posterior ao Quickening de Kell no Santuário. O prédio explode em chamas e os Imortais emergem triunfantes do incêndio. Essa sequência jamais foi usada em nenhuma das versões.

Na "Working Version", o encontro entre Connor e Duncan em 1990 faz parte de uma sequência muito mais longa. Os dois saem da estação de metrô na 24th Street West, conversando alegremente em francês e inglês. Duncan compra cachorro-quente de um vendedor ambulante e reclama: "Sem catchup o bastante...". A sequência prossegue com Connor mostrando-se aborrecido com alguma coisa e dizendo que "pessoas mudam". Duncan faz o amigo prometer que o encontrará à noite num bar, às 8:00 PM. Connor concorda, então coloca os óculos de sol e caminha para o loft. Nas outras versões, apenas a fala de Connor sobre as pessoas mudarem foi mantida, pulando em seguida para Connor colocando os óculos e partindo à pé. A conversa alegre entre Connor e Duncan só é mostrada bem mais para frente, num minúsculo fragmento, quando Duncan recebe o Quickening do amigo.

Na "Working Version" e na "uncut rough", há cerca de 30 a 40 segundos a mais de conversa entre Duncan e Methos, em que Methos menciona ter sido, há séculos atrás, proprietário de grandes vinhedos em Londres, incluindo o terreno onde hoje está sua casa.

No flashback da Itália, a "Working Version" mostra a cena de um rapaz homossexual tentando paquerar Duncan. Essa cena não existe em nenhuma outra versão.

Na "Working Version", a luta entre Duncan e os discípulos de Kell é bem mais longa. Cada um dos discípulos de Kell faz uma pequena apresentação, depois todos fazem piadinhas sobre Duncan, que rebate os comentários com ironia. Duncan zomba do visual escalafobético de Cracker Bob, que reclama sobre isso com Kate. Criadora das roupas de Cracker Bob, Kate dá de ombros. A luta em grupo tem cerca de dois minutos a mais, com Duncan batendo muito em todos os homens de Kell. Duncan derruba todos das escadas e Cracker Bob é mostrado tirando os pregos do bastão da cabeça. A versão comercial exibe apenas uma melhor edição das cenas de luta, especialmente o duelo entre Duncan e Jin Ke.

Antes de decapitar Carlos, na "Working Version" Kell faz um mórbido discurso sobre sua cabeça decapitada poder ver seu próprio cadáver antes de morrer. Há também uma pequena cena de Jin Ke, claramente balançando a cabeça e franzindo a testa em objeção às atitudes de Carlos. Jin Ke parece indicar que não quer que Carlos morra. Nas outras versões, a cena de Jin Ke foi removida e o discurso de Kell foi alterado, mas a cabeça de Carlos é mostrada com os olhos abertos, indicando que ele viu seu próprio corpo decapitado.

Quando Duncan é amarrado à cadeira no Santuário, na "Working Version" e na versão comercial o Sentinela explica por cerca de um minuto porque Kell é tão poderoso. Na versão cinematográfica, essa explicação foi resumida.

Na "Working Version", durante a fuga de carro, há uma sequência em que Methos devolve a katana de Duncan. Methos diz que encontrou a espada numa seção de "Achados e Perdidos". Duncan reclama que há sangue na espada e Methos responde com um irônico "Eu não disse que foi fácil". Nas outras versões esta sequência foi deletada.

Uma cena divulgada nos trailers mostra Methos explicando que Kell tornou-se poderoso porque controla um bando de Imortais perigosos, fiéis a seu comando. Essa cena jamais foi utilizada em nenhuma das versões.

Quando Kell provoca Connor no cemitério, a "Working Version" e a "uncut rough" mostram flashes não apenas do loft de Connor explodindo, mas também de uma mulher francesa caindo de um cavalo e partindo o pescoço, e também um pequeno fragmento de Brenda Wyatt, segunda esposa de Connor, sendo atropelada por um carro, indicando que Kell seria responsável por muitas mortes na vida de Connor. Nas outras versões estas cenas foram cortadas.

No reencontro entre Duncan e Kate no atelier, a "Working Version" possui uma conversa um pouco mais longa.

A "Working Version" mostra ainda uma sequência após a conversa no atelier, em que Duncan e Kate aparecem andando sozinhos pela rua, cada um por um caminho mas ambos pensando na conversa que tiveram. Kate parece refletir sobre seu ódio por Duncan. Nas outras versões, essa sequência foi alterada. Duncan é mostrado andando sozinho pela rua à tarde, e Kate é mostrada apenas à noite, indo encontrá-lo no hotel.

A "Working Version" exibe então uma vista panorâmica do quartel-general de Kell, indicando que se trata de uma espécie de enorme templo inacabado, perto de uma ponte. Kate chega ao templo e encontra Kell esperando. Ela o cumprimenta com indiferença e diz: "Não, hoje à noite não, estou cansada", dando a entender a existência de um relacionamento sexual entre ambos. Segue-se uma conversação numa varanda do templo, que Kate menciona estar ainda em construção. Os dois então falam sobre o Jogo, o Quickening, as motivações de Kell e os papéis que Kate e os outros representam em tudo isso. Kell pergunta a Kate: "Você sabe o que é VIDA (LIVE) soletrado ao contrário?". Kate responde: "Vida seria MAL (EVIL), mas VIVIDO (LIVED) seria..." Ela se vira, e Kell desapareceu. Kate então lembra do assalto na estrada, quando conheceu Duncan, em uma montagem mais longa, com os salteadores brincando entre si, como Duncan e Connor também fazem. A certa altura os bandidos sacam suas espadas quando pensam que Duncan vai atacá-los, mas logo guardam as armas quando ele os perdoa. Duncan senta-se e critica as técnicas de Connor enquanto Connor acaba com os dois últimos ladrões. Kate lembra-se também da festa de casamento, quando um bêbado grita "Beije-a!!!" para Duncan, que rapidamente obedece. Kate então dança sozinha no templo, como se ainda ouvisse a música do casamento. Nas outras versões, toda essa sequência foi suprimida. O flashback com os salteadores aparece de forma resumida como uma lembrança de Duncan, ao vê-la no loft de Connor. A festa de casamento também aparece resumida e como lembrança de Duncan, e teve a cena no bêbado suprimida nas outras versões. Mesmo assim, o nome do ator que interpreta o bêbado aparece nos créditos das versões comercial e cinematográfica.

A cena de sexo entre Duncan e Kate é mais longa e ousada na "Working Version" e na "uncut rough". Em ambas as versões, Kate acaricia levemente o corpo de Duncan da cabeça aos pés antes de tirar a saia. Há mais cenas mostrando os seios de Kate e três cenas com as nádegas de Duncan, incluindo uma em que Kate literalmente agarra o traseiro do marido. Nas versões comercial e para cinema, a sequência foi suavizada, provavelmente para evitar problemas com a censura.

O flashback em que Duncan apunhala Kate é mais longo na "Working Version". Numa sequência logo após a festa, Duncan fica parado sozinho na chuva, pensando nas palavras de Connor e segurando o colar com a palavra "Forever", que pretende dar a Kate. Só então Duncan decide transformar Kate em Imortal. Sozinho depois que Kate foge, Duncan começa a chorar e soluça: "Dane-se, Connor MacLeod!". Essa cena foi resumida nas outras versões e transformada em pequenos fragmentos de memórias.

Na "Working Version", depois que o elevador do hotel se fecha na saída de Kate, a sequência continua com Duncan sentindo a presença de Connor, o que leva diretamente à luta no telhado. A luta aparece intercalada com o jantar de Kell e não separadamente, como nas outras versões.

Circularam pela internet fotos indicando uma discussão (provavelmente uma luta) entre Connor e Duncan num local completamente diferente, parecendo uma fábrica. Duncan inclusive estaria usando um sobretudo. Esta sequência jamais foi usada em nenhuma das versões conhecidas.

No fatídico jantar mostrado na "Working Version" e na "uncut rough", Kell agradece a cada um de seus discípulos individualmente. Ele os surpreende e, num piscar de olhos, com dois volteios, mata a todos, exceto Jin Ke e Kate. Depois que vê os outros mortos (Manny, Cracker Bob, Winston) Jin Ke saca sua espada em posição de defesa, olha para Kell e balança a cabeça, sabendo que é um homem morto. Jin Ke então finca a própria espada na parede, corre em direção à lâmina e decapita a si próprio. Diante disso, na "Working Version" Kell diz para Kate, logo antes do Quickening: "Saia daqui!", indicando que ela foi poupada. Na "uncut rough", Kate é decapitada também. Nas outras versões, Jin Ke é o primeiro a morrer pelas mãos de Kell, a decapitação de Manny sequer é mostrada e Kate morre por último.

A luta entre Connor e Duncan no telhado do hotel é mais violenta e menos sentimental na "Working Version", e antes de matar o amigo Duncan não diz a frase: "I love you, Connor!", que aparece nas outras versões.

O Quickening de Connor para Duncan é muito mais explosivo e longo na "Working Version" e na "uncut rough". Nas outras versões a sequência foi resumida.

Antes da luta final, na "Working Version" Kell é mostrado rapidamente com duas mulheres nuas na cama, olhando fixamente para a parede ao sentir a aproximação de Duncan. Isso indica que a luta ocorreu no quartel-general de Kell. Nas outras versões, esta sequência foi deletada e não se sabe ao certo onde a luta ocorreu.

A luta final da "Working Version" é cerca de 2 minutos mais longa, incluindo um golpe em que Kell acerta uma válvula de gás. Duncan, pensando em ferir Kell, corta um fio elétrico que encosta no gás, iniciando um incêndio. Entretanto, as chamas começam a subir pelo chão em direção a Duncan, que é perseguido por uma trilha de fogo. O gás explode e Duncan acaba sendo lançado a alguns metros de distância. Duncan amarrra então uma bandagem feita com um trapo de pano na perna machucada. A seguir Kell e Duncan lutam em uma sala cheia de correntes penduradas do teto. A espada de Duncan fica presa numa corrente que está subindo e é içada para o topo do templo. Desarmado, Duncan agarra-se à mesma corrente para escapar de Kell. No telhado, Duncan olha para seus ferimentos e diz "É fim de jogo para você, Kell!". A luta então termina com Duncan decapitando Kell, mas sem o efeito especial de transfiguração de Duncan em Connor, mostrado nas outras versões.

A "Working Version" mostra também uma sequência em que Joe Dawson atira em um Sentinela que prentendia interferir no duelo entre Duncan e Kell. Joe avisa que os Sentinelas não podem se meter nos assuntos dos Imortais, esvazia o revólver no Sentinela e diz: "Feliz Natal!" Esta sequência foi retirada de todas as outras versões.

Na "Working Version" o Quickening final é mais longo, com mais explosões.

A versão cinematográfica americana mostra apenas um fundo azul enquanto Duncan está ao pé do túmulo de Connor. Ao virar-se para ir embora, Duncan visivelmente é obrigado a parar após alguns passos, indicando que a cena foi filmada em estúdio e havia uma parede ao fundo. Nas demais versões, a cena foi corrigida com aplicação de um cenário de montanhas e cortando os passos de Duncan antes que ele seja visto parando junto à parede.

Na "Working Version" é mostrado um final completamente diferente, com uma sequência após o funeral de Connor em que Duncan entra solenemente no que parece ser um tipo de conjunto moderno de prédios, com fogos de artifício ao fundo. Duncan surpreende-se ao ver Kate, que abandonou seu visual radical e a maquiagem de antes. Segue-se um diálogo entre os dois. Duncan pergunta: "E agora?" Kate: "Confiança." Duncan: "Você pode sempre confiar em mim, Faith." Kate: "Faith morreu... Eu pensei que devêssemos dar a Kate uma outra chance." Duncan tenta devolver a ela o colar que Kell deixou cair sobre ele durante a luta final, mas Kate recusa e diz: "Ainda não... Guarde-o para mim. Nós temos muito tempo." Este final indica que Kate provavelmente reatou o romance com Duncan, perdoando-o. Nas outras versões, Kate foi irremediavelmente morta por Kell durante o jantar.

Cenas usadas nos trailes mostram Connor cortando Kell ao meio com a espada, da cabeça aos pés, e então as metades de Kell se transformam em dois corpos inteiros, separados, para surpresa de Connor. Outra cena mostra uma espada voando com a ponta voltada diretamente para Kell. Com um gesto da mão, Kell bloqueia a espada, que fica parada em pleno ar. Em uma terceira cena, Kell segura uma pequena bola de cristal flutuante, com o rosto de Connor dentro. Kell assopra sobre a bola e o rosto de Connor grita, enquanto a bola explode em mil pedaços. Outra cena ainda mostra Connor e Duncan pulando juntos através do que parece ser um portal de energia. Nenhuma destas sequências foi usada posteriormente e foram feitas apenas para divulgação prévia do filme.