O segundo longa-metragem do Universo Highlander foi o que mais desagradou aos fãs justamente por tentar explicar o que deveria permanecer um mistério. Para tentar consertar a situação, foram feitas outras edições da história, que tampouco fizeram sucesso. As versões conhecidas são as seguintes:
- versão original (com 92 minutos de duração, lançada nos cinemas dos EUA e disponível em VHS e DVD)
- "Director's Cut Highlander II: The Renegade Version" (com 108 minutos de duração e uma história diferente, disponível em VHS e DVD; a versão VLD está fora do mercado)
- versão televisiva (mais comum na televisão, mas também disponível em VHS e DVD)

A "Renegade Version" tem 16 minutos a mais, alterando diálogos e invertendo a ordem de alguns acontecimentos para preencher falhas de continuidade apresentadas na versão original, e a idéia de os Imortais terem vindo do Planeta Zeist é banida da história. Já a versão televisiva segue a linha da história mostrada nos cinemas, misturando algumas cenas extras presentes na "Renegade Version" com outras não mostradas nas duas versões anteriores. Há também rumores sobre cenas ainda inéditas, não usadas em nenhuma das três edições.

Veja as diferenças conhecidas entre as versões:

A versão televisiva e a "Renegade Version" mostram um comercial de televisão do período pré-escudo, indicando o perigo por que passa a humanidade devido ao desaparecimento da camada de ozônio. Neste comercial, uma modelo de biquíni lambuza todo o corpo com um bloqueador solar azul, com fator de proteção altíssimo, e deita-se orgulhosamente para tomar sol. Na versão para cinema este comercial foi cortado.

Na versão televisiva há uma sequência da reunião dos rebeldes onde outros Imortais do primeiro filme também aparecem, principalmente Sunda Kastagir. Na versão do cinema Kastagir não existe.

A luta entre os rebeldes e os soldados de Katana é bem mais longa na versão televisiva, mostrando que ambos os lados estão usando metralhadoras. Connor seria o líder dos rebeldes nessa batalha, travada no deserto. Na versão para cinema Katana simplesmente manda invadir uma reunião dos rebeldes, capturando-os praticamente sem resistência.

A versão televisiva mostra uma sequência maior do julgamento dos rebeldes, onde outros Imortais do primeiro filme também estão presentes, presos numa plataforma mais alta, ao redor do círculo onde ficam Ramirez e Connor. Todos são condenados a irem juntos para a Terra, onde duelarão entre si até que reste apenas um. Kastagir e Iman Fasil estão entre os condenados. Na versão para cinema esta cena foi editada e os outros Imortais não são mostrados.

Uma sequência inédita explica que Kurgan, o vilão do primeiro filme, também era de Zeist e foi contratado por Katana para matar Connor. A batalha final entre Kurgan e Connor no primeiro filme é mostrada num telão para os dirigentes de Zeist e, quando Kurgan falha, Katana decide enviar seus dois assistentes, Corda e Reno, para acabar o serviço. Esta sequência nunca foi incluída em nenhuma das versões.

A versão televisiva mostra Corda e Reno como criaturas muito mais imbecis do que aparentam nas outras versões.

A "Renegade Version" explica o que teria ocorrido com Brenda Wyatt, segunda esposa de Connor de acordo com o primeiro filme: Brenda morreu num acidente de carro na Escócia pouco depois do casamento. Na versão original Connor é visto apenas visitando o túmulo da esposa falecida no cemitério, onde é surpreendido por Katana, recém-chegado de Zeist.

A versão televisiva tem uma sequência final em que Connor e Louise viajam para o planeta Zeist após a morte de Katana. Nas outras versões, Connor simplesmente mata Katana, destrói o escudo e salva a Terra.