Nuestros comienzos se remontan a 1951, año en el que surge la entidad como departamento de migración de la Conferencia Episcopal. En estos momentos la actividad principal se centraba en la atención de refugiados cubanos en tránsito a su reasentamiento en terceros paises. Posteriormente esto se fue ampliando a otras nacionalidades procedentes de diferentes países como Polonia.

Tras la firma por parte de España de la Convención de Ginebra, la actividad de ACCEM se adapta al perfil del colectivo de refugiados, que ya no consideran a España un país solo de tránsito sino como un destino. De aquí en adelante se desarrollan actividades de intervención social con estos refugiados.

En febrero de 1991, ACCEM se registra como Asociación sin ánimo de lucro. Así se profesionalizan y amplian los servicios de la organización y se convierte en una entidad de ámbito estatal.