Buscando un lugar donde establecerse, ayud� en la reconstrucci�n de la iglesia de San Dami�n. Emprendi� un trabajo semejante en la iglesia de San Pedro. Despu�s se traslad� a una capillita llamada Porci�ncula, que pertenec�a a la abad�a benedictina de Monte Subasio. El nombre de esta peque�a capilla alud�a al hecho de que estaba construida en una reducida parcela de tierra. La Porci�ncula se hallaba en una llanura, a unos 4 kil�metros de As�s. Se hallaba casi en ruinas. Francisco la repar� y fij� en ella su residencia.
Dios le hab�a concedido el don de profec�a y de milagros. Cuando ped�a limosna para reparar la iglesia de San Dami�n dec�a: "Ay�dame a terminar esta iglesia, un d�a habr� ah� un convento de religiosas en cuyo nombre se glorificar�n el Se�or y la Iglesia universal". Esto se verific� cinco a�os m�s tarde en Santa Clara y sus religiosas.
En 1220 fue a Roma a presentar al Sumo Pont�fice la aprobaci�n de su regla. Inocencio III se mostr� adverso al principio, ya que dudaba de que esa nueva forma de pobreza pudiese ser practicable. Finalmente, el mismo Papa la aprob� verbalmente, dando como misi�n a sus
practicantes, predicar la penitencia. Muri� el 3 de octubre de 1226, a los 45 a�os de edad.
La orden que fund� y sus tres ramas - la de los frailes menores, la de los frailes menores capuchinos y los conventuales- formaro el instituto religioso m�s numeroso. Seg�n el historiador David Knowles, al fundar este instituto, San Francisco "contribuy� m�s que a nadie a salvar a la Iglesia del desorden en que hab�a ca�do en la Edad Media.