เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ เป็นเรือพระที่นั่งกิ่ง ประเภทเรือรูปสัตว์กล่าวคือ เป็นเรือที่แกะสลักหัวเรือเป็นรูปสัตว์ต่าง ๆ ทั้งสัตว์จริงและสัตว์ในเทพนิยาย เรือรูปสัตว์ปรากฎขึ้นในสมัยสมเด็จพระมหาจักพรรดิ พระองค์ทรงแก้เรือแซงเป็นเรือไชยและเรือรูปสัตว์ต่าง ๆ เพื่อจะให้ตั้งปืนใหญ่ที่หัวเรือได้ เรือรูปสัตว์มาจากตราประจำตำแหน่งของเสนาบดี เช่น ราชสีห์ คชสีห์ นาค ฯลฯ นอกจากนี้ เรือพระที่นั่งก็มีหัวเรือเป็นรูปสัตว์ตามพระราชลัญจกรเช่น เรือครุฑและพระราชลัญจกร "พระครุฑพ่าห์" หัวเรือแต่เดิมทำเป็นรูปครุฑเท่านั้นซึ่งก็เป็นสัญลักษณ์หมายถึง เรือพระที่นั่งแห่งพระมหากษัตริย์ ผู้อยู่ในฐานะสมมติเทพนั่นเอง
เรือนารายณ์ทรงสุบรรณ มีชื่อเดิมว่า "มงคลสุบรรณ" รัชกาลที่ ๓ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ต่อขึ้นตามแบบอย่างสมัยอยุธยา โดยมีพระราชประสงค์ตามที่ปรากฎความในพระราชพงศาวดารว่า "ไว้เป็นเกียรติยศสำหรับแผ่นดิน"
ลักษณะของเรือมีความยาว ๑๓ วา ๓ ศอก กว้าง ๕ ศอก ลึก ๑ ศอก ๖ นิ้ว กำลัง ๖ ศอก ๖ นิ้ว พื้นท้องเรือภายนอกสีแดง กำลังพาย ๖๕ คน โขนเรือแต่เดิมจำหลักไม้รูปพญาสุบรรณ หรือพญาครุฑยุดนาคเท่านั้น มีช่องกลมสำหรับติดตั้งปืนใหญ่อยู่ที่หัวเรือใต้ตัวครุฑ จวบจนสมัยรัชกาลที่ ๔ มีพระราชดำริให้เสริมรูปพระนารายณ์ประทับยืนบนหลังพญาสุบรรณ เพื่อความสง่างามของลำเรือ และเพื่อให้ต้องตามคติในเทพ์ปกรณัมของศาสนาพราหมณ์ว่า พญาสุบรรณนั้นเป็นเทพพาหนะของพระนารายณ์ เทวรูปพระนารายณ์ที่สร้างขึ้นใหม่ในรัชกาลที่ ๔ นั้น สร้างด้วยไม้จำหลักปิดทองประดับกระจก องค์พระนารายณ์ทรงเครื่องภูษิตาภรณ์และมงกุฎยอดชัยพระพักตร์และพระวรกายประดับกระจกสีขาบ (สีน้ำเงินเข้ม) มี ๔ พระกร ทรงเทพศาสตราในพระกรทั้ง ๔ คือ ตรี คฑา จักร สังข์ ตามลักษณะในเทพปกรณัมของพราหมณ์ ซึ่งปรากฎในบทพระราชนิพนธ์เรื่องรามเกียรติ์ ในรัชกาลที่ ๑ ตอนกุมภกรรณต้องศรพระรามสิ้นชีวิตว่า
"แลเห็นพระองค์ทรงลักษณ์ ผ่องพักตร์จำรัสรัศมี
สีเขียวดั่งนิลมณี มีกายปรากฎเป็นสี่กร
ทรงเทพอาวุธจักรสังข์ ทั้งตรี คฑา ศิลป์ศร
จึงรู้ว่านารายณ์ฤทธิรอน จากเกษียรสาครเสด็จมา"
และเมื่อเสริมรูปพระนารายณ์แล้ว โปรดเกล้าฯ ให้ขนานนามเรือลำนี้ใหม่ว่า "นารายณ์ทรงสุบรรณ"
ในสมัยรัตโกสินทร์ พบหลักฐานการนำเรือพระที่นั่งมงคลสุบรรณหรือนารายณ์ทรงสุบรรณ เข้าร่วมในกระบวนพยุหยาตราชลมารคเป็นครั้งสำคัญ ๒ ครั้งคือ
๑. กระบวนพยุหยาตราชลมารคในการเสด็จเลียบพระนครของรัชกาลที่ ๔ เนื่องในการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก เมื่อวันที่ ๒๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๓๙๔ ซึ่งในขณะนั้นเรือลำนี้ยังไม่มีการเสริมรูปพระนารายณ์ ทั้งยังมีชื่อมงคลสุบรรณ
๒. การจัดกระบวนพยุหยาตราชลมารค เนื่องในการพระราชพิธีสถาปนาสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฎราชกุมาร เมื่อวันที่ ๑๙ มกราคม พ.ศ. ๒๔๒๙ ในสมัยรัชกาลที่ ๕
ส่วนเครื่องแต่งกายของเจ้าพนักงานและฝีพายประจำเรือนั้น มีปรากฎข้อความในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๔ ตอนที่ว่าด้วยการเสด็จเลียบพระนครทางชลมารคในพ.ศ. ๒๓๙๔ ดังนี้
"เรือมงคลสุบรรณ เรือศรีสุพรรณหงส์ นักสราชถือธงหักทองขวางหน้าเรือท้ายเรือ มีกลองชนะทำด้วยเงินลำละ ๕ คน เจ้าพนักงานเป็นนายกำกับลำนุ่งปูม สวมเสื้อเข้มขาบ โพกขลิบทอง ฝีพายลำละ ๖๕ คน ฝีพายใส่เสื้อสักหลาดขลิบโหมด หมวกกลีบลำดวน กางเกงมีกรวยเชิง ใช้พายทอง"
สันนิษฐานว่า ตัวเรือนารายณ์ทรงสุบรรณคงเสื่อมสภาพไปตามกาลเวลา จึงไม่พบหลักฐานการนำออกมาร่วมในกระบวนพยุหยาตราชลมารคในรัชกาลต่อๆ มา คงเหลือแต่โขนเรือ ซึ่งตัวเรือในปัจจุบันเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติจนถึงปัจจุบัน
โขนเรือนารายณ์ทรงสุบรรณ เป็นงานปราณีตศิลป์ชิ้นเอกของสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น โดยเฉพาะในรัชกาลที่ ๓ ที่งานแกะสลักและปิดทองประดับกระจกได้พัฒนาไปจนถึงขั้นสูงสุด มีการคิดวิธีการประดับกระจกและลวดลายขึ้นอีกหลายแบบ โขนเรือลำนี้ยังมีความสำคัญในด้านความหมายต่อสถาบันพระมหากษัตริย์ไทยเป็นอย่างยิ่ง โดยเหตุที่ลักษณะอันงดงามของโขนเรือลำนี้สะท้อนคติความเชื่อในการเทิดทูนสมเด็จพระมหากษัตริยาธิราชของชาวไทยโบราณว่าทรงเป็นสมมติเทพ คือ ปางอวตารของพระเป็นเจ้า ตามคติของพราหมณ์ที่มีอิทธิพลต่อความเชื่อของคนไทย
คติความเชื่อในเรื่องสมมติเทพของคนไทยตั้งแต่โบราณนั้นถือว่า องค์พระมหากษัตริย์ทรงเป็นปางอวตารของพระอิศวรและพระนารายณ์รวมอยู่ในพระองค์เดียวกัน แต่ความเป็น "พระนารายณ์เป็นเจ้า" ซึ่งเป็นเทพคุ้มครองรักษาโลกนั้นดูจะเป็นการนำมาเป็นสาระของสัญลักษณ์มากเป็นพิเศษเช่น การสร้างรูปพระนารายณ์ทรงสุบรรณเป็นลายหน้าบันพระอุโบสถของพระอารามหลวง การสร้างรูปสัตว์อันเป็นเทพพาหนะคือ ครุฑ และสัตว์อันเป็นเทพบัลลังก์คือ อนันตนาคราชเป็นโขนเรือพระที่นั่งและเรือพระราชพิธีหลายลำ ตลอดจนการสร้างพระแสงจักรและพระแสงตรีเป็นเครื่องประกอบในพระแสงอัษฎาวุธ สำหรับพระองค์สมเด็จพระมหากษัตริย์เจ้า ก็ล้วนเป็นการเทิดทูนและยกย่องพระองค์ให้มีพระราชสถานะและพระบรมราชานุภาพดุจองค์พระนารายณ์ทั้งสิ้น
ดังนั้น การต่อเรือซึ่งมีโขนเรือเป็นรูปนารายณ์ทรงสุบรรณนี้ น้อมเกล้าฯ ถวายในมหามงคลวโรกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษก จึงนับว่าเป็นการเทิดพระเกียรติและเสริมส่งพระบรมเดชานุภาพของพระบามสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ตามคติธรรมเนียมแต่โบราณมา
อนึ่ง ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเรือพระที่นั่งต่อใหม่นี้ว่า "เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณรัชกาลที่ ๙" ซึ่งปรากฎเป็นสัญลักษณ์แห่งพระบรมเดชานุภาพและเป็นเกียรติยศสำหรับแผ่นดินสืบไปชั่วกาลนาน
เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ