Semula ia tergabung dalam Batalyon IV Gapertis. Setelah cukup mampu untuk berdiri sendiri, maka pada tahun 1992, diresmikan keberadaan Batalyon VI Muhammadiah, menyusul pendirian Batalyon V Tridinanti.

Saat ini, markas satuan berada di jalan Jendral Ahmad Yani di Plaju, Palembang.